1、監督內部控制
醫院審計內部審計機構和審計人員對醫院的財務收支、經濟活動的真實、合法和效益進行獨立監督審核。
（1）醫院的業務收入壹般包括醫療收入、藥品收入及其他收入等的業務收入對其執行國家政策法律法規的評價。
（2）對業務支出的評價：醫療支出、藥品支出和其他支出等情況醫院支出是否遵守國家相關法律法規的所規定《醫院財務制度》及《醫院會計制度》的範圍當中列支。還有醫院的醫療收費標準、藥品招標采購是否遵守衛生系統收費標準和相關審批程序；再有，醫院決策和業務活動的落實情況。
2、檢查財務信息和業務活動信息
內部審計對財務信息和業務活動信息的檢查可能包括檢查用以確認、計量、分類和列報此類信息的方法，以及對個別項目實施的專項調查。專項調查通常包括對某些交易和賬戶余額進行詳細測試，監督向監管部門提交報告的可靠性和及時性等。
3、評價業務活動的效率和效果
效率強調收入與支出比，效果強調達成什麽樣的結果。內部審計對業務活動效率效果的評價包括對被審計部門非財務的控制活動，妥善保管資產的措施等的評價。
4、評價對法律法規等外部要求及管理層政策等內部要求的遵守情況
內部審計可以對被審計部門在醫療活動中遵守相關遵循性標準的情況作出相應的評價，包括評價國家相關法律法規的遵守情況、衛生系統和醫院部門政策遵守情況、醫院發展目標和財務計劃的遵守情況、業務活動的預算和財務預算的遵守情況、醫院制定的各種程序標準的遵守情況、醫院簽訂的各類合同的遵守情況等。