■ 主線流程篇
故事從張翠山夫婦回到中原，張無忌被玄冥二老虜走開始。張無忌被關在武當山下的屋內，調查屋子的門離開小屋，然後從地圖右上的出口上武當山（山道上的戰鬥輸贏都可以繼續發展劇情）。武當山上上演張翠山夫婦自刎劇情，張無忌在大殿內因寒毒發作暈厥。
兩年後，無忌醒來先去紫霄殿內殿找張三豐，對話後去找宋遠橋、俞蓮舟、張松溪讓他們傳授武功，分別會獲得梯雲縱秘籍、六和勁秘籍、武當長拳秘籍和小擒拿手秘籍（有了秘籍才可以進行沖脈修煉）。隨後再去找張三豐，他會帶無忌上少林求取九陽神功秘。前往少林的路上發生的戰鬥讓張三豐打頭可以輕松解決所有敵人，但是在少林寺三大神僧斷然拒絕了張三豐的請求。無奈之下張三豐只得帶無忌返回武當，途中經過漢水時救下常遇春，常遇春為報答救命之命決定帶無忌去蝴蝶谷找胡青牛醫治，而同時救下的周芷若則由張三豐帶回武當。
在蝴蝶谷，胡青牛拒絕為無忌醫治，常遇春被打傷。無忌與小童對話知道在毒花林和百草林能找到何首烏、紫河車、大黃制成紫雪寶丹才能救常遇春。兩個林子裏的怪物只要學會了武當九陽功和小擒拿手就不難對手。成功地拿到需要的物品再回去醫治常遇春。
又過了兩年，無忌遇到了紀曉芙等人上門求醫。無忌先為她稍加診治，隨後再去請示胡青牛，胡青牛不治非明教底子，但是無忌會以巧妙的方法套出藥方，隨後在百草裏和毒花林裏找到藥材桃仙、大黃、五味子、五靈脂、熊膽、玉蜜蜂漿便可讓小童配藥。但是當晚發現有人在藥裏下毒，次日與紀曉芙商議後得知是金花婆婆害了這些門派的人，胡青牛得知此事趕去救王難姑，按照胡青牛的藥方救下王難姑就會發生胡青牛講述與王難姑前塵往事的劇情，之後金花婆婆來到，在無忌的幫助下，金花婆婆颯羽而歸，無忌因此獲得了醫經與毒經。
滅絕師太來到蝴蝶谷要紀曉芙去殺楊逍，紀曉芙寧死不從而遭滅絕殺害。她臨終前讓無忌帶著楊不悔去昆侖山坐忘峰找楊逍。
去昆侖山途中遇到中毒的詹春與蘇習之，找到南星就可以給他們解毒。地圖下方有壹個郎中，從他那裏買得南星，給兩人解毒後會結伴同上昆侖山。見到何太沖後知道它的愛妾五姑重病求醫。無忌診斷其病需要靈脂蘭。在房屋邊上打壹條蛇就可得靈脂蘭，隨後何太沖設宴款待，但是宴席上的酒卻有毒。無忌保護楊不悔巧妙地逃出了昆侖派，在山腳下何太沖夫婦前來追殺，楊逍及時出手相救，這樣楊家父女得以團聚。在告知楊逍紀曉芙之死真相後，無忌離開昆侖山。
無忌在返回途中迷路，在出口打倒壹條狗救下小猴子，但無忌受傷昏倒。醒來後發現身在朱武連環莊，去大殿見到衛壁和武嬰前來拜年，隨後無忌偷聽眾人談話，但卻因為笑出聲而被迫動手，獲勝後朱長齡前來維護無忌，隨後囑咐朱九真照顧無忌。
次日假冒金毛獅王的人來朱武莊生事，無忌將其識破並說出自己的真實身份。就在眾人要與無忌壹起準備前往冰火島的時候，某日晚無忌跟蹤朱九真發現了他們欲借無忌之手奪取屠龍刀的陰謀，無忌被迫在大殿與朱長齡決戰，在逃離朱武莊時與朱長齡壹起跌落懸崖。
醒來後無忌身在驚神峰山谷，打倒白熊後發現壹只死亡的白猿。再其肚子裏發現了《九陽真經》。隨後就開始修煉此功，功成之日再去找朱長齡，但是無忌卻被朱長齡設計摔斷了雙腿。在壹村莊內無忌遇到了蛛兒。此時無忌化名曾阿牛。不久壹群人來找蛛兒尋仇，無忌暗中出手擊退眾人。就在蛛兒要帶無忌離開山谷的時候卻遇到了滅絕師太，滅絕將二人帶到了大漠，在滅絕與明教的交手中，無忌挺身而出接下滅絕三掌。但是蛛兒卻在關鍵時刻被韋壹笑擄走，無忌趕緊追了上去，但是韋壹笑沒追到卻在大漠邊緣見到了布袋和尚說不得。之後無忌被他裝入乾坤袋帶去了光明頂議事廳，明教精英盡在於此。但是所有人均被成昆偷襲，無忌及時出手擊退成昆，並追著他進入了明教密道。在密道內無忌見到了楊不悔和小昭，楊不悔趕去了議事大廳，而無忌與小昭繼續追成昆，可是兩人中了陷阱。在尋找道路的時候無忌在練功室獲得了乾坤大挪移心法（註意，按劇情需要修煉此功才能離開密道，但是遊戲裏不需要修煉即可離開）。之後需要在不同的房間內切換才能走出去，光明頂密道32個房間對應如下：
少陰主間 少陽主間 太陰主間 太陽主間
訟之間：5號門 無妄之間：2號門 旅之間：4號門 中孚之間：6號門
ブ間：4號門 同人之間：1號門 否之間：7號門 大有之間：9號門
困之間：4號門 屯之間：7號門 蹇之間：1號門 小畜之間：4號門 鼎之間：1號門 噬嗑之間：0號門 謙之間：8號門 泰之間：1號門 解之間：2號門 復之間：5號門 豫之間：5號門 覆之間：0號門 師之間：7號門 既濟之間：6號門 q之間：6號門 之間：8號門 井之間：8號門 離之間：9號門 艮之間：9號門 幹之間：9號門 坎之間：9號門 明夷之間：4號門 坤之間：0號門 歸妹之間：7號門
在以房間內獲得火系裝備是對付密道的火骷髏的有效道具。在訟之間滅掉癲狂骷髏，小昭就會告訴無忌離開的方法，按照小昭的提示最後會進入大石室，無忌推開石門即可離開。趕到聖火壇發現六大派已經開始與明教開戰，無忌出手與六大派高手壹壹對戰，勝利後在光明頂議事大廳無忌被推舉為新的教主。這時忽然得報有大量敵人來犯，因為明教此時元氣大傷，無忌令所有人全部退入密道內。解決光明頂之危，無忌與楊逍父女，以及無散人壹同前去冰火島迎接謝遜。 在山下眾人遇到了受傷的殷梨亭，看似少林武功所傷。查尋真相時眾人被請入綠柳山莊，在眾人覺得不對勁而離開山莊途中全部中毒，無忌回山莊找趙敏索取解藥時困在了地下迷宮內，在迷宮內找到趙敏後費了九牛二虎之力才讓趙敏交出解藥並離開地下迷宮。無忌帶著解藥救下教眾，返回山莊時卻發現山莊已經被燒毀。隨後眾人來到少林，在寺內卻發現18座羅漢像後被刻了明教欲稱王武林的字樣，無忌知道武當定會遭人襲擊，趕緊率眾人壹起趕去武當山。 在武當山下韋壹笑獨自抵擋攔路之人，而無忌先行進入了武當山化裝成了壹小道童。張三豐受到空相透析而受傷，礙於形勢張三豐將太極拳傳授俞岱巖。隨後在大廳見到了趙敏壹行人。無忌以武當弟子身份出手擊退三大高手，之後為得到黑玉斷續膏前往少林。 少林寺山下，跟蹤蒙古兵，擊敗他們的百夫長就可以得到黑玉斷續膏，但是回到武當才知道這黑玉斷續膏是假的，殷梨亭與俞岱巖雙雙出現中毒現象。趙敏此時出現，以要求張無忌答應自己三件事為條件來換取無忌兩位師叔的性命。 在得知朱元璋與徐達等人被囚於大都城萬安寺時，無忌與楊逍、韋壹笑趕緊來到大都，在客棧休息，當夜發現有人窺探，原來此人是範遙，他告訴了眾人武林各派人士均身中十香軟筋散之毒，而解藥則在玄冥二老身上。 返回客棧時遇到了趙敏，在壹起就餐的時候無忌答應帶趙敏前去冰火島壹看屠龍刀。這時萬安寺方向傳來信號。無忌趕了過去，進入塔內按照6、8、10、12、14、16樓的順序救下被關的武林人士。在16樓發現滅絕的時候，這個老尼姑怎麽也不肯要張無忌的解藥，無忌施計讓滅絕服下解藥，隨後擊敗玄冥二老後無忌帶眾人上到塔頂。滅絕因為不肯接受無忌恩惠而被玄冥二老所殺。塔的火勢興起，無忌擊敗玄冥二老後，明教因為救下眾門派而得以與武林正道化敵為友。 無忌來到客棧找趙敏。會面後聽到峨嵋派的哨音，趕去發現原來是丁敏君要與周芷若爭奪掌門之位而起爭執。金花婆婆出現後周芷若為救峨嵋服下毒藥，趙敏覺得事有蹊蹺而跟隨在壹行人之後。 跟著金花婆婆壹直走到港口，金花婆婆的目的地是冰火島，但是中途卻轉向了靈蛇島。果然，謝遜已經被金花婆婆帶到了靈蛇島上。謝遜在解決了丐幫陳友諒的偷襲後，金花婆婆想借其寶刀對抗倚天劍。無忌在殷離要被金花婆婆偷襲時出手相救，就在無忌與金花動手之時，波斯三使來到，命謝遜殺了金花，壹番功夫拜托了波斯三使的追擊，回到船上檢查殷離與趙敏的傷勢，就在無忌與謝遜相認之時，波斯人再次追到，所幸有濃霧出現讓讓眾人逃離了追殺。這時候謝遜道出了金花婆婆是紫釤龍王黛倚絲之事。 不久波斯人追了上來，戰鬥之後無忌抓了對方的常勝王，要求波斯人以黛倚絲作為交換條件。之後小昭決定回波斯明教接任明教教主壹職。 小昭走後，眾人到了壹無人島上。某日之後趙敏與倚天劍、屠龍刀失蹤，殷離遭到殺害。在無忌後悔之際他與周芷若定下了婚約。數日後有壹小船來島上接眾人返回中原，無忌等人察覺此事可疑，將眾人殺死後乘此船返回中土，上岸後無忌將周芷若和謝遜安置在旅店裏，自己出去打探消息。 返回安平鎮時得知謝遜和周芷若被丐幫的人帶走，彌勒廟內無忌在丐幫聚會上見到了趙敏，宋青書揭穿了趙敏的偽裝，無忌救出趙敏，隨後得知宋青書欲借丐幫之手加害武當。於是兩人決定前往武當報信。在雪嶺時無忌碰到了宋遠橋、俞蓮舟、張松溪和殷梨亭，為了避免產生誤會，無忌和趙敏決定先行回避，但是卻發現了莫聲谷的屍體。趙敏出去引開了眾人，等無忌處理屍體後趕過去找到了身受重傷的趙敏。這時宋遠橋等人返回發現了莫聲谷的屍體，擊敗四人後宋青書、陳友諒等人來到。他們的對話正好幫無忌解了危。而無忌決定去救周芷若而將趙敏留在了旅店內。 壹龍來到盧龍鎮，無忌潛入丐幫卻只找到周芷若而沒找到謝遜。丐幫長老稱謝遜已先行離開。無忌擊敗史火龍，但是陳友諒卻抓了周芷若。危機時刻壹黃衣女子趕來揭穿了史火龍的假身份。隨後無忌來到豪洲的明教分舵，在客棧裏無忌見到了趙敏，但是他們這無意的相會卻被周芷若看在眼裏。為了履行無人島上與周芷若的婚約，無忌不得已要立刻與周芷若晚婚。就在婚禮上，趙敏出現。以金毛獅王的頭發要挾張無忌不得結婚，無忌追上趙敏，得知謝遜落在了成昆的手上，趙敏欲帶無忌前去謝遜的關押地，但是中途卻被趙敏的哥哥誤會而不得已要與神州八騎和玄冥二老開戰。擊敗這些人後汝陽王出現，在趙敏以死相逼的清苦那個下汝陽王只得讓二人離去。趙敏這時帶著無忌向囚禁謝遜的少林寺而去。 少林寺下見到了易三娘和杜百當。隨後無忌和易三娘上少林。無忌假裝在少林寺打雜，來到達摩堂，聽到了空聞、空智與圓真的對話，這才知道少林要開屠獅大會。無忌跟隨圓真來到謝遜的關押地，在圓真離開後無忌現身欲求三位神僧釋放謝遜，這壹戰非常艱苦，獲勝後無忌想趁有人前來偷襲引起騷亂時救走謝遜，但是謝遜卻固執地留了下來。 無忌見到趙敏向她說了事情經過，返回山下時發現杜百當與易三娘被殺，在五行旗信號的指引下，無忌見到了明教教眾。原來此時各門派都已經前來參加屠獅大會。 屠獅大會上，壹場明爭暗鬥後無忌見到了已經與宋青書完婚的周芷若。大會上圓真的陰謀被揭穿，群雄決定以擂臺戰決定誰來處決謝遜和屠龍刀。無忌兩戰後於壹旁觀戰。無忌之後為了救殷梨亭而被周芷若的九陰白骨爪所傷。晚上無忌前去拜會周芷若，然後卻只得到周芷若的冷言冷語。 次日，枯蟬林內無忌與三大神僧再戰，謝遜最終由無忌來決定生死。謝遜卻在人群中認出了成昆，成昆與謝遜交手後，謝遜大徹大悟決定皈依佛門。就在此時，五行旗通報有官兵圍剿少林，武林同道此時結盟***同對抗外敵。當夜，枯蟬林內無忌知道了當日在無人島上發生的壹切，再與趙敏壹起趕去救下被玄冥二老圍攻的周芷若後，趙敏盜得了周芷若身上的九陰真經和武穆遺書。在隨後的大戰中，明教援軍及時趕到擊退了官兵，無忌於慶功宴上將武穆遺書交給了徐達。 在群雄離開少林後，宋青書與周芷若的假夫妻身份告白於天下。本來以為死去的殷離卻出現了，無忌等人壹起前往枯蟬林尋找殷離，在周芷若的懺悔下，趙敏知曉了當日的壹切，而殷離也現身了，剩下的結局，誰都知道，張無忌與趙敏有情人終成眷屬。