壹、設立目的不同？
非營利性醫院的辦院宗旨是向社會提供基本醫療服務，滿足人民群眾的基本醫療需求，提高人民群眾的健康水平，體現社會公平，促進社會進步，社會效益是其活動的指導方針。而營利性醫院的經營目的是獲取投資回報，追求利潤最大化，經濟效益是其活動的準則。
二、經營方式不同？
非營利性醫院的經營者必須按照國家的政策法規進行經營，接受政府的領導。政府對非營利性醫療機構的醫療行為、經營範圍、服務價格等幹預較多。而非營利性醫院在經營上有壹定的靈活性，可以自主經營、自負盈虧，可以根據市場需求進行運作。
第三，收入分配方式不同？
非營利性醫院的利潤分配，只能用於醫院的發展或回報社會，如改善醫療環境、購置設備等，醫院的所有者和職工不得從利潤中謀取利益。而非營利性醫院的利潤則由投資者或股東持有，可以用來分配紅利。
四、服務對象不同？
非營利性醫院以群眾醫療需求為導向，提供基本醫療服務，服務對象主要是廣大人民群眾。營利性醫院以市場為導向，提供的往往是能夠獲取高額利潤的服務？
特色醫療服務或其他特殊醫療服務，如尖端的醫療技術、先進的醫療設備、優雅的醫療環境等，服務對象是經濟條件較好的患者。
五、財政補貼政策不同？財政補貼政策不同？
政府舉辦的非營利性醫院由同級財政給予合理補助，主要是對大中型醫院實行定額補助，對基層醫院實行定額補助，其他非營利性醫院和營利性醫院不享受同級政府財政補助。
六、享受的稅收優惠政策不同？
非營利性醫院享受相應的稅收減免優惠政策，而非營利性醫院壹般享受不到政府的稅收減免政策，需要繳納相應的稅收。但為了扶持營利性醫療機構的發展，對營利性醫院取得的收入，目前是免征營業稅的。
七、物價政策執行不同？
政府舉辦的非營利性醫院，醫療服務價格按照成本扣除財政補助和藥品差價收入後制定；其他非營利性醫療機構，醫療服務價格執行政策指導價。營利性醫院，醫療服務價格由經營者根據市場情況自主確定，國家壹般不予幹預。八是執行不同的財務會計制度。
擴展
非營利性醫院執行財政部、衛生部頒布的《醫院管理制度》和《醫院會計制度》等有關法規政策；營利性醫院參照執行本企業的財務會計制度和相關政策。在具體實施中，政府舉辦的非營利性醫院可委派財務總監；對其他非營利性醫院，要制定統壹的財務會計制度，嚴格執行審計制度。對於非營利性醫院的財務監管，可由稅務部門進行監督。