1、普通門診醫療報銷流程和報銷制度：
（1）區內具備網絡即看結報條件的定點醫療機構持新農合有效卡就診，實行即看結報；
（2）由定點醫療機構直接予以審核報銷，沒有攜帶新農合有效卡，則事後不再給予報銷；
（3）因外傷等特殊原因不能即看結報的，須提供相關證明材料，到鎮合管辦，經審核通過後按規定審核報銷；
（4）外出務工類別的按有關規定進行審核辦理。
2、大額門診醫療報銷流程和報銷制度：
（1）半年或壹年集中符合規定的門診醫藥費發票（定點醫療機構或省市指定醫院門診醫藥費發票）、攜帶新農合有效卡、身份證件等有關材料到所在鎮合管辦辦理審核報銷；
（2）大額門診對象僅限於已經獲得門診慢性病或門診特殊病準入資格的患者。
3、住院報銷醫療報銷流程和報銷制度：
（1）在區內定點醫療機構持新農合有效卡和身份證件就診，實行即看結報，由定點醫療機構直接辦理審核報銷，沒有攜帶新農合有效卡，則事後不再給予報銷。因外傷等特殊原因不能即看結報的，須提供相關證明材料，到鎮合管辦，經審核通過後按規定審核報銷；
（2）在外住院治療符合報銷政策的，須攜帶相關材料（門診病歷、住院病歷或小結/記錄、原始發票、費用明細等，提供的材料需醫院蓋章確認）到所在鎮合管辦，經審核通過後按規定報銷。與我區合管辦簽訂協議的省市指定聯網醫院、具備即看結報條件的，按有關程序辦理。也可按程序辦理即看結報。
下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍：
1、應當從工傷保險基金中支付的；
2、應當由第三人負擔的；
3、應當由公***衛生負擔的；
4、在境外就醫的。
綜上所述，社會保險經辦機構根據管理服務的需要，可以與醫療機構、藥品經營單位簽訂服務協議，規範醫療服務行為。醫療機構應當為參保人員提供合理、必要的醫療服務。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》第二十八條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
第二十九條
參保人員醫療費用中應當由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。