1、按藥物的結構分類 按結構分類有利於比較壹類藥物的結構與功能的關系、分離制備方法的特點和檢驗方法。
（1）、氨基酸及其衍生物類藥物
天然氨基酸和氨基酸混合物及衍生物。蛋氨酸可防治肝炎、肝壞死和脂肪肝，谷氨酸可用於防治肝昏迷、神經衰弱和癲癇。5-羥色氨酸。
（2）、多肽和蛋白質類藥物
化學本質性同，分子量有差異。蛋白質類藥物：血清白蛋白、丙種球蛋白、胰島素；多肽類藥物：催產素、胰高血糖素。
（3）、酶和輔酶類藥物
酶類藥物按功能分為：消化酶（胃蛋白酶、胰酶、麥芽澱粉酶）、消炎酶（溶菌酶、胰蛋白酶）、心血管疾病治療酶（激肽釋放酶擴張血管降血壓）等。輔酶類藥物在酶促反應中傳遞氫、電子和基團的作用，輔酶藥物已廣泛用於肝病和冠心病的治療。
（4）、核酸及其降解物和衍生物類藥物
DNA可用於治療精神遲緩、虛弱和抗輻射，RNA用於慢性肝炎、肝硬化和肝癌的輔助治療，多聚核苷酸是幹擾素的誘導劑。
（5）、糖類藥物
抗凝血、降血脂、抗病毒、抗腫瘤、增強免疫功能和抗衰老。
（6）、脂類藥物
磷脂類：腦磷脂、卵磷脂可用於治療肝病、冠心病和神經衰弱癥。脂肪酸降血脂、降血壓、抗脂肪肝。
（7）、細胞生長因子
幹擾素、白細胞介素、腫瘤壞死因子等。
（8）、生物制品類
從微生物、原蟲、動物和人體材料直接制備或用現代生物技術、化學方法制成作為預防、治療、診斷特定傳染病或其它疾病的制劑。2、按來源分類 有利於對不同原料進行綜合利用、開發研究。
（1）、人體組織來源
療效好、無副作用，來源有限。人血液制品類、人胎盤制品類、人尿制品類。
（2）、動物組織來源
動物臟器，來源豐富、價格低廉、可以批量生產。但由於種屬差異，要進行嚴格的藥理毒理實驗。
（3）、植物組織來源
中草藥，酶、蛋白質、核酸。
（4）、微生物來源
抗生素、氨基酸、維生素、酶。
（5）、海洋生物來源
動植物、微生物。3、按生理功能和用途分類 （1）、治療藥物
腫瘤、艾滋病、心腦血管疾病等。
（2）、預防藥物
傳染性強的疾病，疫苗、菌苗、類毒素。
（3）、診斷藥物
速度快、靈敏度高、特異性強。免疫診斷、酶診斷、放射性診斷、基因診斷試劑。
（4）、其它
生化試劑、保健品、化妝品、食品、醫用材料。
二、特性
1、藥理學特性
（1）、治療的針對性強
細胞色素c用於治療組織缺氧所引起的壹系列疾病。
（2）、藥理活性高
註射用的純ATP可以直接供給機體能量。
（3）、毒副作用小、營養價值高
蛋白質、核酸、糖類、脂類等生物藥物本身就直接取自體內。
（4）、生理副作用時有發生
生物體之間的種屬差異或同種生物體之間的個體差異都很大，所以用藥時會發生免疫反應和過敏反應。2、生產、制備中的特殊性 （1）、原料中的有效物質含量低
激素、酶在體內含量極低。
（2）、穩定性差
生物藥物的分子結構中具有特定的活性部位，該部位有嚴格的空間結構，壹旦結構破壞，生物活性也就隨著消失。酶，很多理化因素使其失活。
（3）、易腐敗
生物藥物營養價值高，易染菌、腐敗。生產過程中應低溫、無菌。
（4）、註射用藥有特殊要求
生物藥物易被腸道中的酶所分解所以多采用註射給藥，註射藥比口服藥要求更嚴格，均壹性、安全性、穩定性、有效性。理化性質、檢驗方法、劑型、劑量、處方、儲存方式。3、檢驗上的特殊性 由於生物藥物具有生理功能，因此生物藥物不僅要有理化檢驗指標，更要有生物活性檢驗指標。