截至2015年1月，該校建有農業生物多樣性應用技術國家工程研究中心、省部***建國家重點實驗室、國家級新農村發展研究院和中國—東盟教育培訓中心等國家級科研和社會服務中心5個；普洱茶學教育部重點實驗室、生物多樣性與雲南特色農業協同創新中心等31個省部級科研平臺；雲南省高校作物種質創新及可持續利用重點實驗室等12個雲南省高校重點實驗室和研究中心 。建有生物多樣性與雲南特色農業協同創新中心、高原山地牧業種質創新與養殖加工關鍵技術協同創新中心；學校還建有24個校級研究所（中心） 。 省部級科研平臺 科研平臺名稱主要負責人 所屬學院批準部門 級別批準時間 農業生物多樣性與病蟲害控制教育部重點實驗室 王雲月 植保學院 教育部 部級 2002 普洱茶學教育部重點實驗室 盛軍 普洱茶學院 教育部 部級 2011 農業部雲貴高原作物有害生物綜合治理重點實驗室 朱有勇 植保學院 農業部 部級 2011 農業部雲南茶樹及茶葉加工科學觀測實驗站 盛軍 普洱茶學院 農業部 部級 2011 農業部雲南耕地保育科學觀測實驗站 鄭毅 資環學院 農業部 部級 2011 國土資源部“土地利用—雲南陸良野外基地” 余建新 水院 國土資源部 部級 2011 雲南省滇型雜交水稻研究中心 李本遜 農學院 省政府 省級 1985 雲南省植物病理重點實驗室 葉敏 植保學院 科技廳 省級 1993 雲南省動物營養與飼料重點實驗室 高士爭 動科院 科技廳 省級 1995 雲南省版納微型豬近交系重點實驗室 曾養誌 動科院 科技廳 省級 2001 雲南省香料研究中心 秦太峰 香料所 省政府 省級 2004 雲南省特優畜牧產品精深加工工程研究中心 葛長榮 食品學院 省發改委 省級 2009 雲南“三農”問題與新農村建設研究基地 張海翔 經管學院 省委宣傳部 省級 2009 雲南省茶深加工工程技術研究中心 盛軍 普洱茶學院 雲南省科技廳 省級 2010 雲南省優勢中藥材規範化種植工程研究中心 楊生超 農學院 省發改委 省級 2011 雲南省畜產品加工工程技術研究中心 葛長榮 食品學院 省科技廳 省級 2011 雲南省雜交粳稻工程技術研究中心 譚學林 農學院 省科技廳 省級 2011 雲南省滇臺特色農業產業化工程研究中心 黃毅 園林學院 省發改委 省級 2012 雲南省土地資源利用與保護工程實驗室 余建新 水院 省發改委 省級 2012 雲南省農業節水工程技術研究中心 文 俊 水院 省科技廳 省級 2012 雲南省反芻動物工程技術研究中心 毛華明 動科院 省科技廳 省級 2012 程順和院士工作站 覃鵬 農學院 省科技廳 省級 2012 官春雲院士工作站 林良斌 農學院 省科技廳 省級 2012 生物多樣性與雲南特色農業協同創新中心 盛軍省財政廳
省教育廳 省級 2012 新農村發展研究院 張海翔省科技廳、省教育廳 省級 2012 高原特色農業產業研究院 盛軍雲南農業大學 校級 2013 雲南省農業環境汙染控制與生態修復工程實驗室 李元 資環學院 省發改委 省級 2013 雲南省蔬菜種業工程技術研究中心 朱海山 園林園藝學院 省科技廳 省級 2013 校級研究所（中心）序號平臺名稱所屬學院主要負責人成立時間1 稻作研究所 農學與生物技術學院 譚學林 1985 2 東方蜜蜂研究所 食品學院 和紹禹 1985 3 水利水電設計研究所 水利水電與建築學院 龔愛民 1993 4 農村發展研究所 經濟貿易學院 許玉貴 1993 5 農業教育研究所 職業與繼續教育學院 劉福軍 1994 6 花卉研究所 園林園藝學院 李枝林 1994 7 動物遺傳育種研究所 動物科學學院 苗永旺 1995 8 甘蔗研究所 甘蔗研究所 楊清輝
李富生 1997 9 機械設計研究所 工程學院 陽厚森 1997 10 薯類研究所 農學與生物技術學院 郭華春 2000 11 食用菌研究所 農學與生物技術學院 李榮春 2000 12 科學技術史研究所 人文社會科學學院 諸錫斌 2000 13 雲南省中藥材規範化種植技術指導中心（中藥材研究所） 農學與生物技術學院 楊生超 2001 14 生態環境研究所 資源與環境學院 李 元 2002 15 土壤與肥料研究所 資源與環境學院 湯 利 2002 16 東南亞薯類作物科研與培訓中心 植保學院 謝世清 2003 17 水資源與節水灌溉重點實驗室 水利水電與建築學院 文 俊 2004 18 雲南普洱茶研究院 龍潤普洱茶學院 邵宛芳 2005 19 建築工程檢測中心 建工學院2006 20 農村發展政策研究中心 經管學院 袁國友 2009 21 國土資源科學工程研究中心 水利水電學院2009 22 節能減排檢測與研究工程中心 建工學院2010 23 雲南農業大學城鄉規劃設計研究院 建工學院2011 截至2015年1月，學校先後承擔聯合國全球環境基金、國家973計劃、863計劃、科技支撐計劃、公益性行業專項、國務院綜改辦、國家基金重點項目等各級各類項目2800多項，科研經費達10.6億元，獲聯合國糧農組織（FAO）科學研究壹等獎、國際農業研究（CGIAR）傑出科學獎、國家技術發明二等獎、何梁何利科學技術進步獎、雲南省科技進步特等獎等國際、國家及省部級獎勵350余項，審定登記滇撒豬配套系、龍陵黃山羊、武定烏骨雞、水稻、玉米、甘蔗、蔬菜、花卉、藥用植物、牧草等動植物新品種（系）150余個。
同時，學校立足雲南生物資源優勢，圍繞省委省政府重大戰略目標和“三農”發展需求，致力於重大科學問題理論創新、產業關鍵技術研發、產學研政企商相結合與農科教壹體化的社會服務體系機制創新，為高原特色農業產業發展提供人才科技和智力支撐。其中，李錚友教授等率先在國內實現了雜交粳稻“三系”配套，獲全國科學大會獎，創造了雜交粳稻單產1108.55千克的世界紀錄；曾養誌教授等潛心研究西雙版納微型豬近交系35年，繁育28世代，近交系數達99.96%，居國際領先水平；朱有勇院士團隊的研究論文在《Nature》上作為封面文章全文發表，創建的作物多樣性優化種植技術、冬季馬鈴薯無公害超高產技術被省委省政府列為重大科技成果推廣，累計推廣應用2億余畝；盛軍教授團隊研發的生物多酚代謝免疫調節技術、普洱茶精深加工技術、生態種植技術，及研發的普洱茶珍、多酚雲煙、辣木系列產品，為壹批龍頭企業提供了重要技術支撐。 《雲南農業大學學報》（自然科學版）（雙月刊，ISSN 1004-390X）由雲南省教育廳主管，雲南農業大學主辦。1986年創刊時為半年刊，1989年改為季刊，2004年改為雙月刊。本刊是面向國內外公開發行的學術研究刊物，是中文核心期刊、中國科技核心期刊、中國農業科學核心期刊。主要刊登生物技術和農業生物多樣性研究、作物遺傳育種研究、植物保護、土壤科學、園藝與食品科學、動物科學、農業生態與環境科學、農業工程等領域以第壹手資料撰寫的學術論文、研究報告、研究簡報等。
被《中國科學引文索引》（CSCI）、《中國學術期刊綜合引證報告》（CAJCCR）、《中國科技期刊引證報告》（CJCR）、《中國農業核心期刊概覽2006》、《中國科技論文與引文數據庫》（CSTPCD）、《中國期刊全文數據庫》（CJFD）、《中國生物學文摘數據庫》（CBAD）、《中國科學引文數據庫》（CSCD）、《中國期刊網全文數據庫》、《中國學術期刊綜合評價數據庫》（CAJCED）、《中國農業科技文獻數據庫》（CASDD）、《中文科技期刊數據庫》（CSTJD）、《萬方全文數據庫》、《全國報刊索引數據庫》（CPID）、《中國科學文獻計量評價數據庫》、《中文核心期刊要目總覽》2008年第五版等數據庫收錄。
《雲南農業大學學報》經雲南新聞出版局審批並同意雲南農業大學學報從2007年起增設社會科學部分。主要刊登哲學研究、社會學·管理學研究、政治學·法學研究、經濟學研究、教育學研究、語言學研究、文學·史學研究、科學技術史研究、圖書與情報學研究等較高水平的研究論文 。自2010年起被《中文科技期刊數據庫》全文收錄 。2011年6月，在由全國高等農業院校學報研究會主辦的評優活動中，《雲南農業大學學報（社會科學）》獲得“全國農業院校優秀社會科學學報”獎。 2013年10月，《雲南農業大學學報（社會科學）》編輯室在全國理工農醫院校社科學報評優中，榮獲“優秀團隊獎” 。 截至2015年1月，學校在劍川縣、會澤縣、馬龍縣創造性開展定點定人對口幫扶“3+3”校縣聯合行動，大力扶持當地發展優質、高產、高效現代農業；先後掛鉤扶貧尋甸縣、姚安縣，多形式為扶貧點辦實事、解難事；在鎮康縣、瀘水縣全面實施興邊富民工程，全力支援邊疆黨建長廊建設；在昭通、玉溪、紅河、文山、普洱、西雙版納等州（市）參與實施“百億斤糧食增產計劃”，大力推廣以糧食作物高產創建、間套種、覆膜種植、水改旱、集中育秧育苗為主的十大科技增糧措施；深入開展校地、校企合作，與昆明、文山、德宏、迪慶、大理等10余個州（市），與天士力、苗鄉三七等150多家龍頭企業簽訂合作協議，建立了全方位、深層次、寬領域的合作關系。
學校努力辦好國家級新農村發展研究院、雲南省高原特色農業產業研究院，積極探索建立以大學為依托、農科教相結合、教科推壹體化的科技服務新模式；依托雲南農村幹部學院、中國-東盟教育培訓中心、雲南省食品安全管理學院等優質培訓資源，***培訓農村基層幹部和實用技術人才2萬余人次 。