（1）稽查局
組織實施稅務稽查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、司法部門處理與稅務稽查有關的工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作。專項檢查工作。
稽查局設8個內設機構（副科級），分別是：辦公室、綜合選案科、稽查局：辦公室、綜合選案科、稽查科、監察科、稽查隊、案件審理科、案件執行科、舉報中心。
（二）車輛購置稅征收管理分局
組織實施車輛購置稅征收管理規章制度和規範性文件；承擔車輛購置稅稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務等工作；承擔車輛購置稅征收綜合管理工作；提出核定各類車輛最低計稅價格的建議；管理車輛購置稅票。
（三）直屬稅務分局
負責轄區內納稅人納稅申報審核、稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務、催報催繳等工作，處理壹般違法違紀行為。
直屬稅務分局設5個內設機構（正股級），即：辦公室、稅政股、稅源管理壹股、稅源管理二股、辦稅服務廳。
（四）第壹稽查局
負責吳江區、鎮江區轄區內的稽查工作，業務上受市局稽查局指導；組織貫徹執行稅務稽查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織、協調、監督稅收違法案件的查處；受理稅收違法案件的舉報，辦理重大稅收違法案件的立案查處；受理稅收違法案件的舉報，辦理重大稅收違法案件立案查處的有關事項並提出審理意見；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治；配合公安、檢察、審判機關處理與稅務稽查有關的工作。
第壹稽查局設5個內設機構（正股級），分別是綜合選案股、稽查壹股、稽查二股、案件審理股、案件執行股。