當時駐守四川的第2軍軍長李延年升任第34集團軍副總司令，這給了胡宗南吞並該部的機會。鐘松的自薦，無疑令胡宗南欣喜不已，壹來胡宗南可以提拔鐘松使其忠心耿耿，另壹方面，鐘松並非自己的嫡系將領，派他接任第2軍也可以避免流言蜚語。不過，第2軍軍長李延年先下手為強，為了避免自己的部隊被吞並，他推薦了民兵出身的雜牌軍將領第2軍副軍長王淩雲接任第2軍軍長。
1942年8月，鐘松在瀘州軍部會見了王淩雲，他能明顯察覺到軍長對他的戒備。壹個月後，王淩雲被調到中央訓練團受訓，不久，軍委命令第2軍開赴貴州，鐘松作為副軍長，自然擔負起指揮全軍轉防的重任。12月，王淩雲回到軍部後，對鐘松 "自作主張 "的做法明顯不滿，這進壹步加深了兩人的矛盾。1943年3月，第2軍調雲南祥雲整訓，開始換裝美械。根據軍委會的命令，接受美械的部隊高級軍官必須輪流到印度羊角接受美國顧問的軍事訓練。王淩雲奉命前往受訓時，帶上了與鐘松關系密切的第9師師長張金亭和團長李劍霜，留下自己的親信、第76師師長夏德貴等人監視鐘松的壹舉壹動。王震完成為期六周的訓練後，將鐘松和夏德貴等人送往印度受訓，以盡量減少鐘松接觸第9師和新組建的第33師的機會。
鐘松對於王淩雲的戒備自是也知道的，為了避免矛盾繼續加深，他在想辦法解決問題。1943年秋，壹種名為 "回回病 "的傳染病席卷了順寧、雲縣、鎮康等地，使駐紮在這些地區的第2軍官兵感染了1000多人。鐘松主動深入基層調查走訪，在沒有把握解決問題的情況下，積極購買藥品為戰士們治療。此外，他還以王淩雲的名義聯系滇西少數民族，在他們的協助下，獲得了大量有關日軍的情報。這些努力終於讓王淩雲等人對他減少了戒心。
1944年4月，第2軍編入第11集團軍，準備向盤踞在滇西的日軍發起反攻。 向達日軍雖然只有壹個中隊，但憑借堅固的工事拼命抵抗。負責主攻的蔣之英的第二十七團苦戰數日仍無進展，鐘松遂讓張錦亭撤回第二十七團，改派李劍霜的第二十五團參戰。李建成用兩個營在正面進攻，第3營在濃霧掩護下，繞到日軍側翼的高地上，壹面用火力壓制日軍遊兵散勇，壹面引導炮兵向日軍碉堡射擊。兩天後，日軍放棄陣地，於6月23日退守芒市。湘大光復後，鐘松繼續指揮第9師主力進圍芒市。
日軍在芒市外圍工事堅固，火力配備精良，給進攻的第9師造成重大傷亡。經過壹個月的猛攻，第9師只攻占了柏柱尖山和桐柏嶺兩個據點，但已無力單獨發起進攻，鐘松被迫命令部隊改攻為圍，等待後續部隊增援。當友軍於9月23日、11月3日相繼收復平嘉、龍陵後，都陸續到達芒市並投入進攻。11月19日夜，鐘松指揮的第9師突入芒市，攻占了日軍第56師團司令部，繳獲了該師團的關防印信。其余各師隨即向芒市發起進攻，於11月20日肅清了敵人。第9師在進攻中傷亡慘重，收復芒市後奉命留在當地休整，鐘松被調往重慶中央訓練團受訓，兼任第1旅旅長。鑒於鐘松在芒市攻堅戰中的功績，1945年5月11日，軍委授予鐘松青天白日勛章，鐘松是第138位青天白日勛章獲得者。