協助中心領導負責行政、黨務、業務管理的協調工作；起草、印制綜合性材料；管理中心的人事、經費、財物、檔案和職工職稱、工資、福利、待遇等工作；宣傳教育、綜合治理、計劃生育和對外協調工作。
繳費申報審批科
負責基本醫療保險、工傷保險、生育保險、大額醫療費統籌擴面和大額醫療費征繳工作；建立參保單位和參保職工基本信息電子檔案；受理參保單位繳費申報、繳費審批、年度繳費工資表變換及相關數據錄入；受理參保單位變更登記、註銷登記、參保職工變更等參保單位增員工作。同時受理參保單位的變更、註銷登記和參保單位職工變更等業務的增減；受理基金申報表和申報表對賬，建立基金征繳電子臺賬。
居民醫保科
居民醫保擴面征繳，建立參保人員基本信息電子檔案，受理參保人員繳費申報，錄入繳費核定相關數據。參保職工個人賬戶的配置、個人賬戶的計息；死亡職工的銷卡、剩余資金的轉移和繼承；受理IC卡的充值和個人信息查詢。
工傷保險科
工傷保險浮動費率的測算；工傷事故申報的受理；參與工傷事故的現場調查；工傷事故的預防、工傷事故的處理、工傷事故的康復管理和工傷賠償的審核。
基金管理科
編制醫療、工傷、生育等保險基金預算；登記保險基金收支明細；與財政、銀行對賬；申請從財政專戶撥付資金到支出專戶，支付保險費用；編制基金月、季、半年、全年財務報表並對外報送；匯總會計憑證。受理普通門診醫療費用、特殊慢性病門診醫療費用、定點醫療機構住院醫療費用（含大額醫療費用）、異地安置人員醫療費用、定點零售藥店醫療費用的審核結算及相關數據的錄入；負責定點醫療機構住院結算標準的測算和年度醫療費用的測算。
醫療管理科
負責醫療、工傷、生育保險的醫療管理工作，建立定點醫療機構、定點零售藥店基本信息電子檔案和享受慢性病待遇患者基本電子檔案；在取得定點醫療機構和定點零售藥店資格的醫療機構和零售藥店範圍內選擇定點醫療機構和定點零售藥店，擬定並簽訂醫療服務協議，按照 "三個目錄 "對定點醫療機構和定點零售藥店的醫療費用進行審核結算。並對定點醫療機構執行 "三個目錄 "情況進行監督管理，降低不合理診療項目和藥品項目的醫療費用；監督定點醫療機構和零售藥店執行醫療保險政策情況；定期對 "兩定 "醫療機構進行抽查考核；參與年度綜合考核；受理參保職工對 "兩定 "醫療機構和零售藥店的申請。年度綜合考核；受理參保職工醫療投訴，協調醫患矛盾；受理轉診、轉院審批、購藥審批。
計算機信息管理科
計算機管理系統硬件維護、升級；網絡、終端設備維護；數據維護、軟件統壹開發；相關單位計算機人員培訓；醫療、工傷、生育保險各類數據統計、數據分析、上報。
綜合科
生育保險科