1.級別不同
壹般的公司企業，商務代表都是比醫藥代表的職務高，醫藥代表是商務代表的下設職位。也有壹些企業中醫藥代表和商務代表的級別屬於平行並置的關系。
2.工作內容不同
醫藥代表壹般需要去醫院與醫生交涉，主要負責向醫生介紹藥品，推銷藥品等工作內容。
商務代表則是需要和醫藥公司打交道，負責公司產品的供貨、回款以及該產品的招、投標等內容，客戶壹般是醫藥公司。
擴展資料：
醫藥代表的就業前景：
隨著市場的逐步規範，企業對於醫藥營銷人員的要求也越來越高，對於醫藥銷售人員不僅在專業學歷和相關經驗上有要求，對其處事及解決問題的能力及方式也有相當高的要求。
在這樣的環境下，高端營銷人才如營銷總監、區域經理、產品經理等職位，行業內部互挖墻腳的情況相當嚴重。除了研發和銷售外，藥企壹些輔助部門的人才也非常匱乏，對於醫藥人才來說，藥業求職前景充滿光明。
而醫藥行業離職率壹路走高，跟醫藥人才短缺不無關系。對此,中國藥業人才網的指導專家指出，企業間人才高流動率的壹個根本原因是從源頭上缺少新鮮血液的輸入。
目前,壹些企業開始采取通過校園招募合格、有潛質的畢業生,然後進行培養的方式，來達到儲備人才，緩解人才緊缺的目的。但這種做法遠不能迅速改變醫藥行業後繼無人的現狀.。
所以綜合來說醫藥代表的人才目前市場上有大量缺口，作為壹個醫藥代表通過自己的努力前途也會很光明的。?
商務代表的就業前景：
醫藥商務代表在現在社會中是公認的待遇比較高的職業。當然醫藥商務代表也具有大多說銷售業務的***性：工資主要靠提成。
隨著現在醫藥行業越來越規範，醫藥商務代表中存在的詬病也越來越多的被大家發現，當然這只是存在於部分醫藥代表中，不可以偏概全。
行業中對高學歷，高素質，高閱歷的醫藥商務代表的需求越來越盛，也使得這個行業越發緊俏，同時也是這個行業的門檻越來越高，以滿足真正的商務代表的定義。
百度百科-醫藥代表
百度百科-醫藥商務代表