2.成本歸集。成本歸集是成本核算的重點和難點。歸集所依據的標準與成本核算結果有密切關系。在醫療成本核算中通常用以下歸集方法：（1）辦公費、勞務費、業務費和材料費按實際發生數計算。（2）固定資產折舊費直接影響醫療成本，目前還沒有統壹的折舊標準，各醫院作法各異。常用的折舊方法有：①直線折舊法：將固定資產價值按其使用年限平均計入各個時期醫療成本。該方法比較適用於房屋、圖書、壹般設備等折舊。②加速折舊法：是指每期折舊數額，在使用初期計提的多，後期計提的少，相對加快折舊速度的壹種方法。包括雙倍余額遞減法、年數總和法等。加速折舊法適用於中等價值而折舊年限短的設備。③單位工時數法：是指固定資產的原值在使用壽命期間規定完成的工作總量，按工作時數平均計算固定資產折舊的方法。適用於固定資產在各個期間的使用程度很不均衡而且使用磨損特別大的情況。如大型醫療設備CT、ECT等。各醫院可根據自身的實際情況，選擇適合的折舊方法。
3.間接成本分攤。所謂間接成本就是指發生在管理部門和職能科室不能直接計入到某個科室的費用，如行政、後勤部門的人員以及公用支出，離退休人員的工資等。在進行核算時，首先我們應盡量采用壹些方法使它變成直接成本，因為直接成本科室都能認可。其次，尋找壹套科學合理的分攤方法也很關鍵。如按人頭、項目、科室病人占用床日和科室占用房屋面積等分攤。不管采用哪種方法，都應結合實際情況，盡可能做到“公平、公正、科學、合理”以及核算的可操作性。