1、申請人登錄原發證的食品藥品監督管理部門申報端或省級食品經營許可管理系統（網上申請），填寫《食品經營許可註銷申請書》並附相關申請材料；
2、申請人向原發證的食品藥品監督管理部門提交申請資料，材料齊全符合法定形式的，予以受理；申請材料有誤可以當場更正的，允許申請人當場更正；申請材料不齊全或者不符合法定形式的，應當當場或者在5個工作日內壹次性告知申請人需要補正的全部內容；
3、符合條件的，依法作出準予許可的書面決定；對不符合條件的依法作出不予許可的書面決定，在說明理由的同時作出書面許可決定，告知申請人享有依法申請行政復議或者提起行政訴訟的權利；
4、申請人到原發證的食品藥品監督管理部門食品藥品監督管理窗口領取《註銷通知書》或者不予註銷決定書。
食品經營許可證註銷材料目錄
1、《食品經營許可證》註銷申請書；
2、《食品經營許可證》正、副本原件；
3、法定代表人（負責人）身份證明復印件；
4、申請人委托他人辦理食品經營許可申請的，代理人應當提交授權委托書；
5、國家食品藥品監督管理局或者省、市食品藥品監督管理局規定的其他材料。
法律依據：《食品經營許可管理辦法》第三十六條
食品經營者終止食品經營，食品經營許可被撤銷、吊銷或者食品經營許可證被撤銷的，應當在30個工作日內向原發證的食品藥品監督管理部門申請辦理註銷手續。
食品經營者申請註銷食品經營許可證的，應當向原發證的食品藥品監督管理部門提交下列材料：
（壹）註銷食品經營許可證申請書；
（二）食品經營許可證正、副本；
（三）與註銷食品經營許可證有關的其他材料。