目前，轉基因技術已廣泛應用於醫藥、工業、農業、環保、能源、新材料等領域 。 目前已有基因工程疫苗、基因工程胰島素和基因工程幹擾素等藥物。 其使用基因拼接技術或DNA重組技術（即轉基因技術），指按照人們的意願，定向地改造生物的遺傳性狀，產生出人類需要的基因產物，以此生產出的藥物原料和藥品。
基因工程疫苗
使用DNA重組生物技術，把天然的或人工合成的遺傳物質定向插入細菌、酵母菌或哺乳動物細胞中，使之充分表達，經純化後而制得的疫苗。應用基因工程技術能制出不含感染性物質的亞單位疫苗、穩定的減毒疫苗及能預防多種疾病的多價疫苗。
已經商業化使用的部分基因工程疫苗：
乙肝疫苗 、丙肝疫苗、百日咳基因工程疫苗、狂犬病基因工程滅活疫苗 、腸道病毒71型基因工程疫苗、產腸毒素大腸桿菌基因工程疫苗、輪狀病基因工程疫苗、Asia Ⅰ型口蹄疫病毒(FMDV)的感染表位重組蛋白疫苗 、弓形蟲基因工程疫苗、腸出血性大腸桿菌基因工程疫苗等。
基因工程胰島素
在2013年舉辦的第七屆聯合國糖尿病日主題活動上，與會專家指出“中國目前糖尿病患者數達1.14億，全球的1/3”。糖尿病的病因是胰島素分泌缺陷或其生物作用受損，所以最常用的治療方法就是以註射胰島素的方式補充人體內胰島素。要獲得胰島素，最初只能從牛和豬的胰臟中提取。但是，每100千克動物胰腺只能提取出4-5克胰島素，產量低，遠不能滿足患者的需求。
1980年代初，美國壹家公司通過轉基因技術實現了人體胰島素的工業生產。其原理是，將人的基因中負責表達胰島素的那壹段“剪切”下來，轉入大腸桿菌或者酵母菌裏，通過後者的快速增殖達到人體胰島素的大量生產。全球大多數糖尿病人才得到了很好的胰島素治療。
基因工程乙肝疫苗產業化案例：
國家衛計委2013年7月26日公布，全球3.5億乙肝病毒攜帶者中有近1億中國人，全球每年大約70萬病毒性肝炎相關死亡人群中我國占近半。我國乙肝報告病例多年來居所有法定傳染病的首位，約占總傳染病總數的1/3。
20世紀80年代，轉基因乙肝疫苗被研制成功。其原理是，將乙肝病毒基因中負責表達表面抗原的那壹段“剪切”下來，轉入酵母菌裏。被轉入乙肝病毒基因的酵母菌生長時，就會生產出乙肝表面抗原。而酵母菌是壹種能快速生長繁殖的生物，於是乙肝表面抗原就被大量生產出來。這種疫苗技術1994年被引進中國，隨後建成了兩條生產線。1997年9月1日衛生部以衛藥發(1997)第57號文下達了《關於基因乙肝疫苗取代血源性乙肝疫苗有關問題的通知》，規定：1998年1月起停止陽性血漿的采集；已采集的陽性血漿1998年上半年允許投料生產；合格血源乙肝疫苗使用期限截止於2000年底。2001年以後全部使用高安全性的基因工程乙肝疫苗。
同年，利用酵母菌的轉基因乙肝疫苗被正式批準生產。從此，乙肝疫苗終於得以大量生產，中國政府也開始著手給兒童免費接種、甚至免費補種乙肝疫苗。2009至2011年，我國開展了15歲以下人群免費補種乙肝疫苗工作，***補種6800萬余人。全面、免費疫苗接種的開展，使我國5歲以下兒童慢性乙肝感染率降至1%以下；我國每年乙肝新發感染者人數也降到了10萬。根據衛計委的數據，1992年至2009年，全國預防了8000萬人免受乙肝病毒感染，減少了近2000萬乙肝病毒表面抗原攜帶者，減少肝硬化、肝癌等引起的死亡430萬人。 利用分子生物學技術，將某些生物的基因轉移到農作物中去，改造生物的遺傳物質，使其在性狀、營養品質、消費品質方面向人類所需要的目標轉變，從而得到轉基因農作物。以轉基因生物為直接食品，作為原料加工生產的食品，以及餵養家畜得到的衍生食品，在廣義上都可以稱為轉基因食品。因其安全性被廣泛質疑，國際社會對其尚存有很大爭議。
它的研究已有幾十年的歷史，但真正的商業化是近十年的事。90年代初，市場上第壹個轉基因食品出現在美國，是壹種保鮮番茄，這項研究成果本是在英國研究成功的，但英國人沒敢將其商業化，美國人便成了第壹個吃螃蟹的人，讓保守的英國人後悔不叠。此後，轉基因食品壹發不可收。據統計，美國食品和藥物管理局確定的轉基因品種已有43種。
如常見的農作物轉入Bt（蘇雲金芽孢桿菌）基因和Ht基因。Bt基因編碼的是蘇雲金芽胞桿菌分泌的壹種對鱗翅目鞘翅目昆蟲（比如小菜蛾）有毒的蛋白質，攜帶有Bt基因的農作物在生長時亦能自己產生這種毒性蛋白，因此不需要使用農藥，靠農作物自身殺蟲。這種毒蛋白只對蟲子有效，尚未證據顯示其對人類或其他哺乳動物有致毒致敏作用；Ht基因又叫抗除草劑基因，它指導的蛋白質能夠在植物體內分解除草劑物質，使植物獲得抵抗高濃度除草劑的能力。因此在田間噴灑除草劑之後，雜草會因為對除草劑的抵抗力不足而被殺死，而農作物得以正常存活。相對於非轉基因農作物使用機械來除草，種植轉Ht基因的農作物更加經濟。