來源：
正常機體之所以能保持健康狀態，具有抵禦和自我戰勝疾病的能力，正是由於生物體內部不斷產生各種與生物體代謝緊密相關的調控物質，如蛋白質、酶、核酸、激素、抗體、細胞因子等，通過它們的調節作用使生物體維持正常的機能。根據這壹特點，可以從生物體內提取這些物質作為藥。
生物藥物的原料來源：
天然的生物材料：人體、動植物、微生物和各種海洋生物。
隨著生物技術的發展，有目的人工制得的生物原料成為當前生物制藥原料的重要來源，如用基因工程技術制得的微生物或細胞。
分類：
按藥物的結構分類
按結構分類有利於比較壹類藥物的結構與功能的關系、分離制備方法的特點和檢驗方法。
（1）、氨基酸及其衍生物類藥物
天然氨基酸和氨基酸混合物及衍生物。蛋氨酸可防治肝炎、肝壞死和脂肪肝，谷氨酸可用於防治肝昏迷、神經衰弱和癲癇。5-羥色氨酸。
（2）、多肽和蛋白質類藥物
化學本質性同，分子量有差異。蛋白質類藥物：血清白蛋白、丙種球蛋白、胰島素；多肽類藥物：催產素、胰高血糖素。
（3）、酶和輔酶類藥物
酶類藥物按功能分為：消化酶（胃蛋白酶、胰酶、麥芽澱粉酶）、消炎酶（溶菌酶、胰蛋白酶）、心血管疾病治療酶（激肽釋放酶擴張血管降血壓）等。輔酶類藥物在酶促反應中傳遞氫、電子和基團的作用，輔酶藥物已廣泛用於肝病和冠心病的治療。
（4）、核酸及其降解物和衍生物類藥物
DNA可用於治療精神遲緩、虛弱和抗輻射，RNA用於慢性肝炎、肝硬化和肝癌的輔助治療，多聚核苷酸是幹擾素的誘導劑。
（5）、糖類藥物
抗凝血、降血脂、抗病毒、抗腫瘤、增強免疫功能和抗衰老。
（6）、脂類藥物
磷脂類：腦磷脂、卵磷脂可用於治療肝病、冠心病和神經衰弱癥。脂肪酸降血脂、降血壓、抗脂肪肝。
（7）、細胞生長因子
幹擾素、白細胞介素、腫瘤壞死因子等。
（8）、生物制品類
從微生物、原蟲、動物和人體材料直接制備或用現代生物技術、化學方法制成作為預防、治療、診斷特定傳染病或其它疾病的制劑。
按來源分類
有利於對不同原料進行綜合利用、開發研究。
（1）、人體組織來源
療效好、無副作用，來源有限。人血液制品類、人胎盤制品類、人尿制品類。
（2）、動物組織來源
動物臟器，來源豐富、價格低廉、可以批量生產。但由於種屬差異，要進行嚴格的藥理毒理實驗。
（3）、植物組織來源
中草藥，酶、蛋白質、核酸。
（4）、微生物來源
抗生素、氨基酸、維生素、酶。
（5）、海洋生物來源
動植物、微生物。
按生理功能和用途分類
（1）、治療藥物
腫瘤、艾滋病、心腦血管疾病等。
（2）、預防藥物
傳染性強的疾病，疫苗、菌苗、類毒素。
（3）、診斷藥物
速度快、靈敏度高、特異性強。免疫診斷、酶診斷、放射性診斷、基因診斷試劑。
（4）、其它
生化試劑、保健品、化妝品、食品、醫用材料。