雲南省農業廳機關內設20個處室和機關黨委、離退休人員辦公室、駐廳監察室：
（壹）辦公室
負責組織協調機關政務工作，協助廳領導處理日常事務；負責文秘、文書檔案、行政許可、政務信息、政務公開、督查、信訪、保密、保衛、綜合性會議組織等工作；負責組織辦理省人大代表建議和省政協委員提案；負責對外宣傳、新聞發布和公***關系；協調組織綜合問題的調研，起草部分綜合性文件、報告；負責我廳對臺事務；負責機關財務、財產管理等工作；負責機關社會保險工作。
（二）人事處
負責廳機關和直屬單位的組織、人事、機構編制、勞動工資、安全生產、科技幹部管理、技術職務評聘、工人技術職務考試考核評聘、出國人員政審、落實政策、人事檔案、僑務等工作；負責廳系統享受政府特殊津貼、省級以上有突出貢獻的優秀科技人才、勞動模範、先進人物的推薦、審查；負責全省農技幹部培訓，擬定全省農技幹部隊伍建設規劃和有關政策，經批準後實施；指導和組織全省農業系統勞動工資統計、工資制度改革，指導管理全省農業系列專業技術職務評審和全省農、牧、漁、農機業工人技術等級以及技師考評，指導全廳系統社會保險工作。
（三）產業政策與法規處（雲南省人民政府減輕農民負擔辦公室）
綜合指導、監督全省農業系統貫徹執行國家關於發展農業和農村經濟的方針、政策；貫徹農村體制改革政策並組織實施；組織或參與雲南省農業和農村政策、法規、規章的調研、起草工作，對其他部門起草的法規、規章中與農業和農村經濟有關的條款提出修改意見；負責全省農村經濟經營管理的政策調研，指導全省農村經濟經營工作；負責全省減輕農民負擔工作的法律、法規、政策的貫徹實施和監督檢查，協助有關部門查處涉及農民負擔的重大惡性案件；負責全省農業行政執法的監督、檢查，開展全省農業系統法制宣傳和培訓；負責廳發規範性文件的審查、報備案、清理和匯編；審核廳機關擬作出的行政處罰、強制等具體行政執法決定；承擔農業行政復議工作；負責組織農村勞動力轉移“陽光工程”項目的實施，承擔雲南省農村勞動力轉移及勞務輸出領導小組辦公室的日常工作。（註：減輕農民負擔和農村經濟經營管理的具體工作由雲南省農村經濟經營管理站承擔）
（四）發展計劃處（雲南省農業資源區劃辦公室）
擬訂農業和農村經濟發展戰略、農業發展中長期規劃，編制年度計劃；提出農業和農村經濟發展的有關政策建議；組織農業資源區劃工作，引導農業結構調整；編制農業指導性計劃並監督實施；研究提出省年度主要農產品、重要農業生產資料的進出口政策建議，擬訂農業開發規劃並監督實施；承擔農業固定資產投資的有關工作；承辦農業綜合開發項目的有關工作；會同有關部門做好村容村貌政治工作；完成廳領導交辦的其他事項。
（五）財務處
提出扶持農業農村發展的財政、信貸和保險等有關政策建議；編報部門預算並組織執行；承擔提出扶持農業農村發展的財政政策和項目建議，經批準後會同有關部門***同制定實施方案並指導實施；指導、監督財務、國有資產、政府采購管理等工作；組織開展內部審計；完成廳領導交辦的其他事項。
（六）對外交流合作處
承擔農業貿易促進和農業經濟、技術的對外交流與合作工作；參與農業對外援助政策和規劃制定，協助有關部門組織實施農業援外項目；綜合歸口管理農業對外交流合作工作；負責實施、管理農業利用外資項目。
（七）科技教育處（雲南省農村勞動力轉移及勞務輸出領導小組辦公室）
貫徹執行農業科技、教育和農民培訓、生態環境和農村可再生能源的發展戰略、方針、政策及有關法規；編制制定全省有關科技、教育發展戰略、中長期規劃、年度計劃；指導全省農業科技、教育體制改革工作；負責農業科技項目的儲備；負責有關科技項目及科技產業化項目計劃管理；負責現代農業產業技術體系建設管理工作；負責農民科技培訓、農業繼續教育和農業職業教育工作；負責農業轉基因生物安全監管、農業植物新品種保護、農業野生植物保護、外來物種管理、農業生態環境保護及農業生物多樣性保護工作；負責農業科教宣傳工作；組織農業重大科技攻關、技術開發；組織農業新技術、新品種試驗、示範及推廣；承辦農業科技成果管理及表彰獎勵。
（八）種植業管理處
負責研究制定種植業發展規劃、計劃，指導種植業結構和布局的調整，合理利用資源；提出種植業發展的戰略措施和重大技術推廣項目，經批準後組織實施；開展種植業政策調查研究，及時反映生產中的情況和問題，提出建議；負責宏觀指導全省高產穩產農田建設和全省中低產田地改良工作；負責商品糧基地建設及優質經濟作物商品基地建設；負責農業生產資料需求計劃的橫向聯系；負責農作物種子、植物檢疫、肥料、農藥等行業執法工作，按分工管理指導全省農作物技術推廣、種子、植保、土肥等工作。
（九）漁業局（雲南省漁政漁港監督管理局、雲南省水生動植物自然保護區管理局）
研究擬定漁業行業的中長期發展規劃和年度計劃，制定漁業資源保護利用目標、規劃和措施，提出漁業發展戰略和政策、重大技術措施；制定水產科研、技術推廣的規劃，管理水產科技成果；監督檢查國家漁業法規的貫徹執行，參與制定本省的漁業法規；負責保護管理國家漁業資源、珍稀水生野生動植物和漁業環境；代表省政府行使漁政漁港監督管理權，維護國家和本省管轄水域的漁業權益，監督管理漁港、漁業專用港區、水域的港航安全秩序，協調處理漁事糾紛；負責指導漁船安全監督管理和船員考試培訓；負責漁業質量管理工作，承擔水產品質量和水產苗種、漁用飼料、藥物及漁機漁具等漁業生產資料的監督管理工作；負責雲南省水生動植物自然保護區的相關工作。
（十）畜牧處
組織擬定畜牧業發展戰略及政策，研究提出產業發展規劃、發展重點、重大技術措施及推廣項目；組織全省畜禽品種資源的保護、開發利用；組織對畜牧發展重點問題進行專題調研並提出工作建議；指導全省的畜牧科技推廣和科技示範，提出畜牧行業有關項目及投資建議，參與行業項目的組織實施及管理工作；負責全省的種畜禽管理工作，審核發放種畜禽生產許可證，審核登記省級畜禽新品種；負責畜牧經濟信息的收集、整理和分析，綜合分析畜牧業經濟運行情況和行業發展的重大問題。
（十壹）獸醫處（雲南省防治重大動物疫病指揮部辦公室）
組織擬定全省獸醫與獸藥行業發展戰略及動物疫病防治政策；負責擬定及組織實施全省獸醫及獸藥管理體系和隊伍建設發展規劃，以及重大動物疫病控制和撲滅計劃；提出獸醫及獸藥行業有關項目的投資建議，參與本行業項目實施及管理工作；負責動物疫情管理，統壹組織、協調全省突發重大動物疫情應急處理工作，依法監督、管理全省的動物防疫、檢疫工作；負責獸醫醫政和藥政管理工作，審核發放獸用生物制品供應（經營）許可證；負責獸醫公***衛生、動物及動物產品檢驗檢疫、獸藥殘留監控、動物及動物產品衛生質量安全監督管理工作；負責官方獸醫和執業獸醫管理、獸醫實驗室生物安全管理；承擔雲南省防治重大動物疫病指揮部辦公室的日常工作。
（十二）草山飼料處（雲南省飼料工作辦公室）
負責編制草原生態建設、資源開發和保護利用規劃並組織實施；監督執行草原管理方面的法律、法規；承辦草種生產許可證的審核發放和管理工作；負責全省飼料行業監督管理工作；組織擬定全省飼料行業發展戰略及政策，提出飼料工業行業發展和管理思路、目標、重點和政策措施；擬定飼料質量監測體系的發展規劃、計劃並組織實施；研究擬定全省畜產品加工中長期發展規劃和年度計劃；收集整理、分析畜產品加工、畜牧業產業化的情況；提出畜產品加工的方向、重點和措施，並組織實施；參與提出推進畜牧業產業化經營的目標、重點和政策措施；組織實施畜產品加工、畜牧業產業化、草食畜等方面的重大項目；負責全省的畜產品安全管理工作；承擔雲南省飼料工作辦公室的日常工作。
（十三）農業機械化管理處
研究擬定全省農業機械化發展的中長期規劃和年度計劃，研究提出農業機械化的重大技術措施和推廣項目，經批準後組織實施；引導農機新機具、新技術的科研推廣和農機產品的結構調整；指導全省農機使用（操作）人員的培訓管理工作；指導全省農機化服務體系建設和農機社會化服務組織的生產、經營、服務活動；負責全省農業機械的推廣、鑒定和培訓資質許可證核發工作；負責全省拖拉機、收割機等農業機械的安全監督管理工作；研究提出全省農機扶持和補貼政策的實施方案和分配計劃，並監督實施；組織協調重大農業機械化生產活動，指導全省農機救災抗災工作。
（十四）市場與經濟信息處（雲南省農業標準化工作領導小組辦公室）
負責擬定全省大宗農產品市場體系建設規劃，經批準後組織實施；提出大宗農產品和重要農業生產資料的流通及價格建議；預測預報農業各行業產品及農業生產資料供求情況、價格等農業經濟信息；指導全省農業部門信息體系建設；指導全省綠色食品、有機農產品和無公害農產品工作，擬定有關綠色食品、有機農產品和無公害農產品的政策、規劃；負責促進全省品牌農業發展；負責全省農、牧、漁業綜合統計和農村基點調查工作；組織協調農業投入品和產出品的技術和質量標準的擬定、認證和管理；承擔雲南省農業標準化工作領導小組辦公室的日常工作。
（十五）茶葉產業處（雲南省茶葉產業辦公室）
編制全省茶葉產業中長期規劃和年度計劃並組織實施；指導全省涉茶社團組織的工作；負責擬定促進全省茶葉產業發展的政策、措施和規章；牽頭協調和管理茶葉產業種植、加工、流通、質量安全、科技等方面的工作；完成上級部門交辦的相關工作。
（十六）熱區經濟作物處
擬訂熱區經濟作物發展規劃；組織產業發展政策調研，提出發展建議；指導產業結構和布局調整、生產基地建設和技術推廣；指導熱區農業資源的開發利用。
（十七）鄉鎮企業處（農產品加工處、雲南省農業產業化經營與農產品加工領導小組辦公室）
擬訂鄉鎮企業發展、農業產業化經營和農產品加工業發展的政策、規劃、計劃並組織實施；指導鄉鎮企業體制改革；引導鄉鎮企業布局和產業、產品結構調整；指導鄉鎮企業財務會計、內部審計工作；進行鄉鎮企業經濟運行情況分析；研究制定縣域經濟發展戰略、發展規劃和有關配套措施；引導和鼓勵各類企業在縣城和重點鄉鎮集約發展；指導農產品加工業結構調整、技術創新和服務體系建設；指導龍頭企業發展；負責鄉鎮企業、農產品加工流通信息統計等工作。
（十八）農產品質量安全監管處
擬訂有關農產品質量安全的政策、規劃、計劃並組織實施；組織擬訂農產品地方標準並監督實施；負責農產品質量安全監測和信息發布的工作；負責農業檢驗檢測體系建設和機構考核工作；負責組織農產品質量安全監督管理的有關工作；承擔符合安全標準的農產品認證和監督管理的有關工作。
（十九）生物產業處
組織開展生物產業調查研究，擬訂發展生物產業相關法律法規和政策；組織編制生物產業發展規劃並組織實施；承擔省人民政府發展生物產業領導小組辦公室的日常工作，負責全省生物產業綜合協調和服務工作；承辦省農業廳交辦的其他事項。
（二十）花卉產業處
擬定花卉產業發展的政策、規劃、計劃並組織實施；指導花卉產業結構和布局調整及標準化生產工作；組織實施花卉產業重大技術推廣項目；牽頭協調和管理花卉產業種植、加工、流通、質量安全、科技等方面的工作；指導涉及花卉的社團組織工作；承辦省農業廳交辦的其他事項。
機關黨委
負責雲南省農業廳機關和廳屬單位的黨群工作。履行《中國***產黨章程》和《中國***產黨和國家機關基層組織工作條例》所賦予的各項職能；提出宣傳和執行黨的路線、方針、政策和各項黨組織的決議的計劃，發揮黨組織作用，支持和協助行政負責人完成我廳所擔負的工作任務；制定黨員幹部和職工政治思想理論學習計劃，並督促檢查落實；負責黨組織和黨員管理工作，做好發展黨員工作；定期開好民主生活會，了解幹部職工的思想、作風和工作情況，並及時向黨組反映；領導廳直屬機關紀委開展工作，受理黨員和幹部的控告和申訴；負責處理黨組織和黨員違反黨紀黨規的案件；領導廳屬單位的黨建工作；負責廳屬單位政工人員的培訓、管理，政工系列職稱工作；領導機關工會、***青團、婦委會等群眾組織開展工作；負責農民勞動模範的評選和推薦工作；協助廳黨組做好幹部管理工作，配合廳人事處對幹部進行考核考察，對行政幹部的任免、調動和獎懲提出意見和建議；協調有關處室、單位做好廳系統商業賄賂治理工作；協助黨組做好統壹戰線工作；配合省體育局和農民體協做好農民體育工作。
離退休人員辦公室
貫徹落實黨中央、國務院、省委、省政府關於老幹部工作的方針、政策；指導和協調廳屬單位的老幹部管理和服務工作，對老幹部工作各項方針、政策的落實情況進行督促和檢查；按照省委、省政府和廳黨組的要求，認真做好老幹部的思想政治工作，搞好調查研究，積極反映老幹部的心聲；組織、指導老幹部開展有益身心健康的各類活動；負責機關離退休幹部的管理和服務工作；完成上級領導交辦的其他工作。
駐農業廳監察室