對微生物具有有害效應的有機化合物種類很多，其中酚、醇、醛等能使蛋白質變性，是常用的殺菌劑。
酚：酚又名石炭酸。它們對細菌的有害作用可能主要是使蛋白質變性，同時又有表面活性的作用，破壞細胞膜的透性，使細胞內含物外溢。當濃度高時是致死因子，反之則起抑菌作用。
甲酚是酚的衍生物。殺菌力比酚強幾倍。甲酚在水中的溶解度較低，但在皂液與堿性溶液中易形成乳液。市售的消毒劑煤酚皂液（來蘇爾）就是甲酚與肥皂的混合液，常用3-5%的溶液來消毒皮膚、桌面及用具等。
醇：它是脫水劑、蛋白質變性劑，也是脂溶劑，可使蛋白質脫水、變性，損害細胞膜而具殺菌能力。乙醇是普遍使用的消毒劑，常用於實驗室內的玻棒、玻片及其他用具的消毒。50-70％的乙醇便可殺死營養細胞；70%的乙醇殺菌效果最好，超過70%以至無水酒精效果較差。
甲醛：甲醛也是壹種常用的殺細菌與殺真菌劑，效果良好。純甲醛為氣體狀，可溶於水，市售的福爾馬林溶液就是37-40％的甲醛水溶液。
鹵族元素及其化合物：
碘：是強殺菌劑。3-7%碘溶於70-83%的乙醇中配制成碘酊，是皮膚及小傷口有效的消毒劑。碘壹般都作外用藥。
氯氣或氯化物：這是壹類最廣泛應用的消毒劑。 氯氣壹般用於飲水的消毒，次氯酸鹽等常用作食品加工過程中的消毒。氯氣和氯化物的殺菌機制，是氯與水結合產生了次氯酸(HClO)，次氯酸易分解產生新生態氧，這是壹種強氧化劑，對微生物起破壞用。
表面活性劑：
具有降低表面張力效應的物質稱為表面活性劑。這類物質加入培養基中，可影響微生物細胞的生長與分裂。如肥皂、漂白粉、洗衣粉等。