根據上述職責，自治區商務廳設17個內設機構：
（壹）辦公室
協助廳領導了解和掌握全面情況；負責文電處理、會務、接待、機要以及政務工作的組織協調等機關日常工作；負責信息、保密、宣傳、政務公開、提案辦理、信訪、修誌、對口扶貧等工作；負責廳機關固定資產管理和住房制度改革等有關工作。
（二）人事教育處
負責廳機關和直屬單位的機構編制、人事、勞動工資、職稱、檔案等工作；按照幹部管理權限，負責工作人員的調配、考核（察）、任免、獎懲、政審以及幹部和後備幹部隊伍建設工作；負責公務員教育培訓；指導商務系統教育培訓工作；制定商務系統人力資源開發和人才培訓規劃；指導廳屬事業單位的人事、綜合治理、安全保衛和計劃生育工作。
（三）政策研究室
跟蹤研究經濟全球化、區域經濟合作、國際貿易投資、沿邊開放、現代市場體系和現代流通方式的發展趨勢；研究新疆擴大對外開放、內外貿易流通體制改革並就重大問題提出意見和建議；研究提出自治區健全現代市場體系的綜合政策建議；組織協調和參與國內外調查研究及重大經貿活動；負責牽頭起草全區商務綜合性重要會議領導講話；負責組織協調並參與全區商務重大戰略問題的研究及重要課題的確定和申報。
（四）綜合處
組織擬訂新疆內外貿易和國際經濟合作的發展戰略、規劃；監測分析商務運行狀況；提出自治區國內外貿易、國際經濟合作以及健全現代市場體系、推動內外貿壹體化的綜合性政策建議；負責起草有關商務綜合性重要文件；歸口管理商務統計及信息發布工作；指導、監督廳屬各類學會、協會的工作；指導國有商務企業改革和結構調整，指導廳直屬企事業單位的改革。
（五）財務處
負責管理廳機關財務會計、行政經費、外事經費、基建投資、清產核資等工作；負責國內外貿易促進資金、國際經濟合作資金及各類專項資金的管理、使用和監督工作；負責廳機關及廳屬事業單位部門預決算的編制、匯總、上報；負責廳機關國有資產的賬務管理工作；負責廳機關政府采購工作；參與擬訂與促進我區商務事業發展相關的財稅、外匯、價格、金融、保險等政策及實施辦法和政策建議；負責廳屬事業單位國有資產的監管和財會工作的指導；負責廳內部審計工作；負責烏洽會的財務管理工作；指導、監督廳屬學會、協會的財務管理工作。
（六）市場秩序處
（自治區畜禽屠宰管理辦公室）
承擔協調整頓和規範市場經濟秩序的相關工作；執行國家有關健全、規範市場體系的法規、規章和標準，協調打破市場壟斷、行業壟斷和地區封鎖的有關工作；參與組織打擊侵犯知識產權、商業欺詐等工作；推動商務領域信用建設，指導商業信用銷售，建立自治區商務領域市場誠信公***服務平臺；指導商務領域綜合行政執法工作。承擔全區畜禽屠宰行業管理工作，貫徹執行有關的法律、法規、規章、技術標準，制定實施畜禽屠宰行業發展規劃，研究提出政策建議，推動加強屠宰執法隊伍及執法監管隊伍建設。
（七）市場體系建設處
組織擬訂健全規範全區市場體系和引導國內外資金投向市場體系建設的政策；負責內貿標準化歸口管理、制訂、修訂和實施國內貿易標準；牽頭組織規範零售企業促銷行為；指導大宗產品批發市場規劃和城市商業體系建設；推進農村市場和農產品流通體系建設；按有關規定對拍賣、典當、租賃、汽車流通和舊貨流通行業進行監督管理。
（八）商貿服務管理處
承擔全區商貿服務業（含餐飲業、住宿業）的行業管理工作；推動流通標準化和連鎖經營、商業特許經營、物流配送、電子商務等現代流通方式的發展；指導再生資源回收工作；指導社區商業發展、流通領域節能降耗工作。
（九）市場運行監測調節處
監測分析自治區市場運行和商品供求狀況，負責市場預測、預警和信息發布並提出市場運行及調控政策建議；承擔建立健全自治區生活必需品市場供應應急管理機制相關工作；承擔肉類、食糖、邊銷茶等重要消費品儲備管理和市場調控的有關工作；會同有關部門管理散裝水泥的相關工作；按照有關規定對成品油流通進行監督管理；負責國內貿易統計及綜合分析工作；組織指導“三綠工程”，負責“菜籃子”產品流通行業管理的相關工作；負責自治區繭絲綢協調工作。
（十）對外貿易處
貫徹執行國家進出口商品貿易管理政策和措施；負責進出口商品配額、關稅配額的編報、下達分配及監督管理；根據商務部授權簽發各類進出口許可證件；組織實施重要工業品、原材料和農產品的進出口計劃；組織實施進出口商品配額招標；負責國營貿易管理商品、國家重點管理進出口商品企業經營資質的審核申報和管理工作；負責自治區對外貿易經營者及國際貨物運輸代理企業備案登記工作；負責自治區國際貨物運輸代理行業的業務管理，聯系指導新疆國際貨運代理協會；負責外國非經濟組織常駐自治區代表機構的審批管理工作；負責進出口貿易標準化工作；指導自治區出口商品基地、進出口商品質量管理體系和出口品牌建設的相關工作。
（十壹） 服務貿易處
牽頭擬訂自治區服務貿易發展規劃、政策並組織實施；負責服務貿易促進工作；監督商貿企業貫徹執行國家運輸法規、條例及有關制度；負責做好自治區服務貿易統計工作及綜合分析工作；負責制定自治區商務會展規劃、年度計劃；指導境內外各種經貿交易會、展銷會、展覽會、洽談會及促進體系建設,擬訂和執行赴境外舉辦上述活動的管理辦法。
（十二）機電和科技產業處
（自治區機電產品進出口辦公室）
貫徹實施機電產品及高新技術產品進出口、加工貿易、國家進出口管制以及鼓勵成套設備出口的政策；擬訂並執行我區機電產品進出口中長期發展規劃和年度計劃並組織實施；擬訂機電產品和成套設備進出口招標投標管理辦法並組織實施，依法核準機電產品進口許可證件，負責機電產品國際招標機構的招標資格年度審核；參與擬訂國家高新技術產品出口目錄；會同有關部門實施科技興貿戰略，負責科技興貿出口創新基地管理工作；執行國家的技術貿易政策，負責技術進出口工作；實施兩用物項和技術進出口管制辦法，負責兩用物項和技術進口的最終用戶和最終用途說明監督管理工作；管理加工貿易業務，擬訂加工貿易業務管理辦法並組織實施。
（十三）外國投資管理處（涉外園區發展處）
分析、研究全區外商投資總體情況；貫徹執行國家關於吸收外商投資的法規、政策；參與制定我區外商投資的政策、管理規章、發展戰略和中長期規劃，提出我區吸收外資的法規及優惠措施建議；宏觀指導和管理自治區外商投資項目合同、章程的核準和批準證書發放工作；核準權限內外商投資企業合同、章程及其變更事項；負責國家規定的限額以上、限制投資和涉及配額、許可證管理的外商投資企業的設立及其變更事項的審核上報工作；負責全區外資統計和綜合分析工作；牽頭組織實施外商投資企業聯合年檢工作；負責管理、監督我區外商投資企業執行有關法律、法規、合同情況並協調解決有關問題；編報外商投資企業出口商品年度計劃及國家限制進口商品計劃並組織實施；負責外商投資先進技術企業和產品出口企業的確認與考核；負責外商投資企業加工貿易審批工作。聯系、指導全區國家級經濟技術開發區、中哈霍爾果斯國際邊境合作中心、邊境經濟合作區、出口加工區的相關工作，協調處理相關涉外商務事務。
（十四）對外經濟技術合作處
貫徹實施國家和自治區對外經濟技術合作的規章制度和辦法；組織和參與自治區對外經濟技術合作事務的談判並負責實施；指導和監督境外工程承包及勞務合作；執行中國公民出境就業的管理政策；承擔外派勞務和境外就業人員的權益保護相關工作；權限內核準境外投資項目和駐外機構，並協助駐外使(領)館經濟商務參贊處(室)實施監督管理；協助和監督管理對外援助工作；負責中亞區域經濟合作機制工作；負責對外直接投資、境外承包工程和勞務合作統計及綜合分析工作；申報和管理多邊、雙邊國際及民間無償援助項目；聯系國際組織及外國政府駐華商務機構。
（十五）進出口公平貿易處
（產業損害調查處）
建立和指導我區 WTO數據庫並開展世貿組織相關知識的宣傳；指導我區企業在國外的反壟斷應訴工作；組織協調自治區反傾銷、反補貼、保障措施的實施及其他與進出口公平貿易相關工作；建立進出口公平貿易預警機制；指導協調國外對我區出口商品的反傾銷、反補貼、保障措施的應訴及相關工作；參與重大經貿協議、合同章程和重大爭議案的研究與協調；負責商務行政復議、行政訴訟、行政賠償、行政處罰以及普法教育工作。負責有關產業損害調查及預警工作；監測分析國際經濟發展變化及進出口異常情況對自治區產業及產業競爭力的影響，研究並提出應對措施的建議；指導協調產業安全應對工作。
（十六）區域合作處（外事處）
負責自治區商務領域對外活動的組織協調；牽頭組織涉及多邊、區域及自由貿易區等經貿對外談判；參與商務部組織的各種經貿混委會活動；負責我區與周邊國家區域經貿合作地方協調機制的工作；研究、分析重點國家和地區特別是周邊國家的經貿政策和市場信息並提出政策建議；負責與我國駐外經商參處的聯系；負責廳系統外事工作；擬定自治區商務外事工作規章制度；協調並參與安排重要商務外事活動；接待或參與接待外國政府商務代表團及重要外商；根據授權負責本系統縣處級及縣處級以下人員從事經貿活動的審批事項，並出具出國境任務批件；邀請從事經貿合作的外國人來華從事經貿合作事宜；辦理廳機關及直屬單位人員的出國(境)有關手續。負責自治區中哈霍爾果斯國際邊境合作中心建設工作領導小組辦公室的日常工作。
（十七）信息化處
指導商務領域信息化建設；擬訂運用電子商務開拓國內外市場的相關政策、措施；建立完善商務信息公***服務體系；承擔廳電子政務及網站管理工作；指導進出口預警、市場運行和商品供求監測體系建設。
機關黨委負責機關及直屬單位的黨群工作。
監察室（與紀檢組合署辦公）為自治區紀委（監察廳）的派駐機構，負責機關和直屬單位紀律檢查和行政監察工作。
離退休幹部工作處負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。