對病毒已整合到肝細胞內，抗病毒治療無效者，采用免疫調節治療，可以減輕細胞毒素對肝細胞繼續損害。
（1）免疫促進劑①胸腺素：臨床常用的胸腺素是從小牛的胸腺中提取，具有興奮細胞免疫與調節體液免疫的作用，壹般用於重肝與慢肝的治療。
②抗乙肝轉移因子：淋巴細胞產生的淋巴因子中的壹種，分子量低，無抗原性。能將特異性細胞免疫從供體轉移給受體，起到壹種免疫信息作用，其療效正在觀察中。其用法是抗乙肝轉移因子2ml肌內註射，每日1 次，連用3 個月為壹個療程。
③左旋咪唑：主要是提高細胞免疫，對體液免疫無影響。當人體的丁淋巴細胞和巨噬細胞功能降低時，用此藥物治療可增強細胞免疫力。
④特異性免疫核糖核酸（iRNA）：采用此藥治療的目的是提高慢性肝病患者的特異性功能，增強機體的免疫力，清除乙肝病毒，中止乙型肝炎的慢性感染狀態。其用法是每周2 次，每次2mg，4 ～ 6個月為壹療程。該法能降低表面抗原滴度，促進e 抗體轉陰，清除病毒。
⑤豬苓多糖：為中藥豬苓中提取的有效成分，實驗證明有減輕肝損傷及促進肝臟再生的作用。
（2）免疫抑制劑①腎上腺皮質激素（潑尼松、潑尼松龍、地塞米松等）：激素治療病毒性肝炎的新概念是抑制遲發型免疫反應，可使胸腺萎縮，破壞、從而減少淋巴細胞的生成。激素可增加肝糖原，促使肌肉和骨骼的蛋白質分解，相反，在肝內可促使肝細胞合成蛋白質。
文獻報道小劑量激素能促進機體巨噬細胞的吞噬作用，中、大量激素有抑制細胞的吞噬功能，故患者長期使用激素易發生繼發感染。激素有保護肝臟細胞的溶酶體膜和線粒體的作用，並能促進毛細管內膽汁的排泄，故而有退黃利膽的作用。本品有抑制抗體產生，招致形成肝炎病毒攜帶狀態的可能，故應嚴格掌握適應證。慢性活動性肝炎應用激素的指征為：a. 病情反復波動，伴有肝外自身免疫狀態的癥狀和體征，如慢性多發性關節炎、慢性腎小球腎炎、慢性潰瘍性結腸炎、橋本氏甲狀腺炎、脈管炎、皮肌炎等；b. 肝功能異常，如血清球蛋白明顯增高，A/G 倒置，轉氨酶反復異常，且AST ∶ ACT>5 ∶ 1，伴黃疸經其他治療無效者；c. 免疫球蛋白明顯增高，類風濕因子（RF）和自身抗體（如抗平滑肌抗體、抗核抗體、抗線粒體抗體、抗甲狀腺抗體、抗腎抗體、抗膽管抗體、抗心肌抗體等）
持續陽性者；d.HBV 標誌以陰性為宜；e. 無激素治療禁忌證者（如高血壓、糖尿病、潰瘍病、高脂血癥等）；f. 慢性淤膽型肝炎等。
②強力寧、甘利欣：該類藥物具有腎上腺皮質激素樣作用而無其他的副作用，具有調節免疫功能，減輕肝細胞變性壞死，防止纖維化形成，促進肝細胞再生，並有解毒、抗炎、利膽、抗變態反應作用，對各類型肝炎均可使用，療效較好。