可溶性氟化物，如最常見的氟化鈉，具有中等毒性，但與急性中毒有關的事故和自殺已有報道。盡管最小致死劑量未知，但據報道4g NaF對壹個成年人來說是足夠致命的。少至0.2g的氟矽酸鈉(Na2SiF6)及其含氟較多的化合物，約5-12h即可致死。其毒性機制是氟離子會與血液中的鈣離子結合生成不溶性氟化鈣，從而進壹步引起低鈣血癥。因為鈣對神經系統至關重要，其濃度的降低可能是致命的。相應的治療包括用稀氫氧化鈣或氯化鈣溶液阻止氟的進壹步吸收，註射葡萄糖酸鈣補充血鈣。氟化氫相比之下更危險，因為它具有腐蝕性和揮發性，所以可以通過吸入或皮膚吸收進入人體，引起氟中毒。葡萄糖酸鈣是壹種常見的解毒劑。
壹些有機氟化物毒性很大，包括壹些有機磷酸鹽，如沙林(甲基膦酸異丙酯)和氟磷酸二異丙酯。它們能與肌肉神經連接處的膽堿酯酶發生反應，從而阻止神經刺激傳遞到肌肉。在左圖中，抑制劑中的高活性F-P鍵是絲氨酸活性中心殘基的親核攻擊位點。反應後，F-離子離開，酶失活。
盡管聚四氟乙烯具有化學惰性且無毒，但當炊具溫度超過260℃時，它會變性，並在350℃以上分解，這些降解產物對鳥類可能是致命的，也可能導致人類出現流感樣癥狀。相比之下，脂肪、油和黃油在200°C以上會燒焦和變質，而肉類在200-230°C之間..
在1959(美國美國食品藥品監督管理局使用食品加工設備之前)的壹項研究中表明，塗層鍋在幹熱時散發的煙霧比使用普通油時普通鍋散發的煙霧毒性小。