首先，病毒進入人體，與人體細胞表面結合，並在體內釋放其遺傳物質（DNA 或 RNA）。這種遺傳物質開始在人體細胞內發揮作用，表達蛋白質。然後，這些蛋白質利用人體的蛋白質和遺傳物質來復制和組裝病毒顆粒。最後，病毒粒子從細胞中釋放出來，繼續感染其他細胞。
了解了這壹機制，我們就能設計出針對不同部位的藥物。
例如，病毒最初需要與細胞表面的蛋白質結合，才能吸附在細胞上。這樣，我們就可以事先設計出與細胞表面或病毒表面結合的藥物，以達到將病毒與細胞隔離的目的，從而終止病毒的作用。
另壹個例子是，病毒需要在細胞內組裝才能復制（蛋白質外殼和內部的遺傳物質組裝在壹起）。通過這種方式，我們也可以設計藥物來阻止這壹過程，從而使病毒發生流產感染（病毒進入細胞，但無法完成復制周期）。
再有，病毒最終需要從細胞中釋放出來。在釋放之前，病毒壹般需要與細胞膜融合。這樣，我們也可以在這裏做壹些事情，要麽讓它無法融合，要麽讓它在融合後無法釋放。
因此，您的問題必須具體分析是哪種病毒和哪種藥物（或藥物的哪種作用模式）。簡單地說，藥物總是作用於病毒、細胞表面和細胞內部。
補充回答：
RNAi的機理基本上在妳介紹的定義中已經闡明。但是，如果把 RNAi 用作治療工具，主要是為了盡可能不影響人體細胞本身，那麽 RNAi 的作用部位就應該是 RNA 病毒的遺傳物質（即 RNA）或 DNA 病毒的遺傳物質（即 DNA）的轉錄產物（仍然是 RNA）。這樣沈默的只是病毒中的基因，整個過程不會影響人體細胞中的任何生物過程。
但是，如果上述方法無法實現，而且病毒復制過程需要某種對細胞本身並不特別重要的細胞內酶，那麽作為最後的手段，我們可以讓細胞本身的基因沈默。但這將不可避免地導致細胞內的生物過程遭到破壞，從長遠角度來看並不可取。