負責政府事務；負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承擔信息公開、保密、信訪、建議、提案、史誌、年鑒等工作；承擔重要醫藥衛生文稿的起草工作；負責推進依法行政的全面工作；承辦本機關行政復議、行政賠償案件和行政訴訟的應訴代理，組織行政聽證；承擔本機關行政規範性文件的合法性審查；負責直屬單位的獻血工作；負責機關及下屬單位的治安、安全生產、安全宣傳教育和綜合治理工作；承辦重要事項的組織和監督。
黨委辦公室
負責全區醫療衛生系統人才工作的宏觀管理，組織、協調和實施本系統高層次人才隊伍建設；負責基層黨組織、黨員、基層領導班子和領導幹部的管理和教育；組織開展衛生系統精神文明建設活動；組織實施本系統領導幹部的理論學習和理論培訓；負責黨的統戰工作和老幹部管理工作；負責工會、* *團委、婦聯和武裝部的協調管理工作；承擔衛生局黨委的日常工作；負責基層領導班子的考察和推薦；組織本系統政治工作職稱評審；負責管理系統性邪教。
紀檢監察科
1.衛生局監督科派駐區監察局監督科。接受區監察局和區衛生局的雙重領導，負責衛生系統的行政監督工作，對區監察局負責並報告工作。
2.衛生局監督處的監察對象為:衛生局機關及其國家公務員、衛生局任命的直屬單位人員和衛生系統內政府部門任命的其他人員。
3、檢查監督對象遵守和執行法律、法規和政府決定、命令的情況。
4、負責制定衛生系統黨的紀律檢查、行政監察等工作計劃和措施，檢查監督工作計劃的落實。
5、負責黨風廉政建設責任制實施的組織協調。協調各部門抓行業作風建設。監督檢查衛生系統院務公開和政務公開情況。
6.受理對監察對象違反黨紀、政紀的投訴和檢舉，調查處理監察對象違反黨紀、政紀的行為。
7.受理被監察對象不服主管行政機關作出的行政處分決定的投訴，以及法律、行政法規規定由監察機關受理的管理範圍內的其他投訴。
8、監督檢查衛生系統及其公務員勤政廉政，宣傳教育法律、法規和行政紀律；負責衛生系統監督幹部的專業培訓。
9.完成區監察局和衛生局行政領導交辦的其他工作。
人事科
承辦機關及直屬單位人事、機構編制和公務員隊伍建設工作，負責衛生系統人事制度改革；負責衛生系統人才隊伍建設；負責轄區內衛生系統專業技術職務的管理和衛生系列專業技術資格的註冊和組織工作；負責本系統的計劃生育工作；參與基層領導幹部考察推薦。
財務審計科
參與制定發展衛生事業的經濟政策和經濟管理規章制度；負責衛生系統的財務管理、業務指導和監督；負責項目和區衛生機構的財政、審計、物價、國有資產和社會保險的監督管理；參與制定區醫保基金保障機制的相關政策；負責衛生系統內部審計，對下屬單位的經濟活動進行專項和跟蹤審計；負責下屬單位領導幹部的經濟責任審計；指導基層單位開展內部審計工作；負責醫療衛生預決算的編制和審核以及預算執行的績效考核；負責本系統的政府采購；參與衛生系統審計人員的會計核算、繼續教育、業務培訓和業務指導；負責職責範圍內專項資金的申請、業務申報和監督專項資金及醫療設備資金的使用；負責醫療機構全成本核算和項目成本核算的指導以及成本信息的分析和上報；負責醫療機構醫療費用“總量控制、結構調整”的管理；負責醫療衛生單位的後勤改革和管理。
醫務政治部(衛生應急辦公室、中醫藥管理部、醫療器械管理部、血液管理辦公室、繼續教育辦公室)
負責制定轄區醫療機構設置規劃；依法負責轄區內醫療機構、從業人員、醫療技術等醫療服務要素的準入審批和日常監督管理；負責轄區醫療機構藥事管理工作；負責轄區醫療機構大型醫用設備采購的初審；監督管理轄區內二級及以下醫療機構的醫療質量、醫療安全和醫院感染控制；組織實施醫療、護理、醫療技術質量和服務質量標準；指導醫院感染控制系統和醫療急救系統的建設；規範醫療機構執業行為，整頓醫療市場秩序，打擊非法行醫；承擔醫療衛生實驗室生物安全的監督管理工作；負責轄區內獻血、臨床用血和血液質量的日常監督管理，全面落實獻血制度；監督、管理和指導社區衛生服務中心和社區衛生服務站的業務工作，評價服務質量；負責新型農村合作醫療制度的綜合管理；開展醫療安全教育，依法受理醫療事故的申請和處理；負責制定繼續醫學教育規劃，制定區域醫學科技發展規劃，組織各類衛生專業人員和管理人員的在職培訓、專業培訓和繼續教育；貫徹《中醫藥管理條例》，負責中醫藥服務的監督管理，全面推廣中醫藥適宜技術；負責組織衛生對口支援工作；負責突發事件的衛生應急處理和大型活動的衛生保障組織工作；負責制定各種突發公共衛生事件的應急預案；組織轄區內突發公共衛生事件的應急處理；組織醫療急救；負責組織轄區內大型活動的公共衛生和醫療服務；定期開展突發公共衛生事件相關知識和技能培訓以及突發公共衛生事件應急演練；相關部門負責應急值班、應急視頻會議組織、應急信息統計和報告；承擔本區突發公共衛生事件應急指揮部辦公室的日常管理工作；承辦市衛生局應急辦和區應急辦交辦的其他工作。
婦女和兒童預防和保健部
制定公共衛生管理、疾病預防控制、婦幼保健、精神衛生保健和衛生監督執法方面的規範性文件；開展重大活動的公共衛生保障工作；在法定權限內負責公共衛生、環境衛生、飲用水和食品消費的審批和監督管理；制定衛生防病計劃並監督實施；承擔衛生防病相關工作；指導重大疾病防控體系建設；負責本轄區疾病預防控制，組織重大傳染病、地方病、常見病、慢性病的綜合防治、監測、疫情報告和處置，實施重大疫情應急處理；制定全區健康教育和健康促進的規劃和計劃並組織實施；擬定全區婦幼衛生工作發展規劃並組織實施；依法對婦幼保健、母嬰保健、計劃生育技術服務機構和人員的資質進行審批、監督和管理；指導婦幼保健體系建設；制定全區精神衛生工作規劃並組織實施；指導精神衛生體系建設；組織協調重大活動期間的心理健康保障工作；負責流動人口的衛生防病管理；制定區域性農村初級衛生保健規劃並組織實施，指導鄉鎮初級衛生保健工作。
規劃和發展科
負責組織編制區域醫療衛生事業發展規劃和區域衛生規劃；會同發展改革、財政部門編制衛生系統中長期事業發展規劃和年度計劃，並組織實施本年度基本建設計劃；管理、監督、指導和協調衛生系統醫療機構的基本建設；會同鄉鎮政府制定鄉鎮衛生院(社區衛生服務中心)發展規劃；負責制定城鄉社區衛生服務體系建設規劃並組織實施；負責新建住宅區社區衛生服務機構的規劃和驗收；負責農村合作醫療改革。
宣傳科
負責本系統的新聞宣傳，承擔衛生新聞宣傳、重大活動新聞發布組織、媒體聯絡等工作；負責政府信息的收集和報送；組織開展健康科普。
合作醫療服務辦公室
為農村合作醫療提供管理保障，宣傳和落實農村合作醫療政策，制定實施農村合作醫療的具體辦法，籌集農村合作醫療資金，監督農村合作醫療資金的使用，管理農村合作醫療風險基金，審核農村合作醫療定點醫院。
社區衛生服務管理中心
主要負責質量管理、績效考核、人員培訓、運營管理、藥品和醫用耗材的發放和結算管理、信息統計等工作。
審計監督中心
主要職責:衛生局審計監督中心在單位主要負責人的直接領導下，依據國家法律法規和政策，獨立行使內部審計監督權，充分發揮審計“免疫系統”功能，為衛生經濟健康有序運行提供護航服務；衛生局審計監督中心對單位主要領導負責並報告工作；檢查督促內部審計機構和審計人員按照國家審計法律法規、衛生部《關於衛生系統內部審計的規定》(衛生部部長令第51號)和《房山區內部審計暫行規定》(法監發第201032號)及審計準則，結合衛生系統實際，開展內部審計工作。
衛生應急指揮中心
負責區衛生應急辦公室的日常工作。
安全管理中心
負責協助局辦公室做好衛生局所屬事業單位的安全保衛工作。
機關後勤管理處
負責機關後勤管理。
科教信息中心
負責統計、醫學會、醫學研究、醫學繼續教育、計算機網絡和信息安全管理。