畜禽養殖場的消毒方法主要包括三大類：物理消毒、化學消毒和生物性消毒。
（1）物理消毒
物理消毒主要包括機械性清除、陽光及紫外線消毒和高溫消毒等。
①機械性清除。用清掃、鏟刮、洗刷等機械方法清除降塵、汙物及被汙染的墻壁、地面以及設備上的糞尿、殘余飼料、廢物、垃圾等。必要時舍外的表層土，也壹齊清除，以減少感染疫病的機會。另外，通風可以減少空氣中微粒與細菌的數量，減少經空氣傳播疫病的機會。
②陽光及紫外線消毒。直射陽光具有較強的消毒作用，是壹種可普遍利用的天然消毒劑。壹般病毒和非芽孢的菌體，在直射陽光下，只需幾分鐘到1小時，就能被殺死。即使是抵抗力很強的芽孢，在連續幾天的強烈陽光下，反復暴曬也可變弱或被殺死。因此，利用直射陽光消毒牧場、運動場及可移出舍外、已清洗的設備與用具，既經濟又簡便。散射光也能將畜禽舍內的微生物殺死，但作用弱得多。陽光的灼熱使水分蒸發引起的幹燥亦有滅菌作用。
紫外線對微生物的作用主要有兩個方面；壹是可以使細菌的酶、毒素等滅活；二是紫外線能使細胞變性，進而引起菌體蛋白質和酶代謝障礙而導致微生物變異或死亡。因為這種射線穿透力甚微，只對表面光潔的物體才有較好的消毒效果，空氣中的微粒能吸收很大部分紫外線，不能達到普遍滅菌的目的。紫外線對不同的微生物滅活所需的照射量不同。病毒對紫外線的抵抗力更大壹些。
③高溫消毒。高溫消毒主要有火焰、煮沸與蒸汽三種形式。火焰可用於直接燒毀壹切被汙染而價值不大的用具、墊料及剩余飼料等。對鐵制設備及用具、土墻、磚墻、水泥墻縫等均可用此方法，木制工具表面也可用燒烤的方法消毒。由於火焰噴射器靠短暫高溫來消毒，效果難以保證。而煮沸與蒸汽消毒效果比較好，主要消毒衣物和器械。
（2）化學消毒法
消毒藥的作用機理：壹是藥物為菌體細胞壁所吸收，破壞菌體壁；二是藥物滲入細胞的原生質或與細胞中壹個或壹個以上的成分起反應，使菌體的蛋白質變性；三是藥物包圍菌體表面，阻礙呼吸使之死亡。應用某些化學藥物使其和微生物的蛋白質產生凝結、沈澱或變性等作用，引起細菌和病毒的繁殖發生障礙或死亡以達到消毒目的。
選用的消毒劑必須消毒力強，性能穩定，消毒時的有效濃度低；易溶於水、作用速度快；毒性及刺激性小，對人、畜（禽）危害小，並對畜禽舍、器具等無腐蝕性；不易受各種物理、化學因素的影響；在畜禽產品中不易殘留；價廉易得，易配制和使用。
（3）生物學（生物熱）消毒法
該法是利用微生物分解有機質而釋放出的生物熱，溫度可達60～70℃，各種病菌、病毒及蟲卵等經數日即相繼死亡。這是壹種經濟、簡便、有效的糞便消毒方法，常用於對患傳染病和寄生蟲病的畜禽糞便的消毒。