首次揭示重型肝炎病人腸道微生態變化規律，闡明了腸道微生態變化與重型肝炎發生、發展的關系，豐富了重型肝炎發病機制的理論；
提出B/E值為腸道定植抗力的新指標，為腸道微生態基礎和應用研究提供了客觀依據；成功培育出無菌大鼠（已通過國家藥品生物制品檢定所鑒定），建立了無菌動物實驗研究平臺；
註重細菌耐藥研究，引領細菌耐藥研究小組發現六個β-內酰胺酶新基因型，研究成果分別於2001、2004年獲浙江省科技進步壹等獎；
主編了我國首部《感染微生態學》專著，奠定了感染微生態學的基礎。
率領課題組成功培養分離出SARS病毒並完成全基因測序，系中國大陸第二株登錄GenBank；首次發現PBMC中有復制型SARS-CoV存在，對揭示“非典”的發病機制具有重要意義。
在Journal Hepatology、Journal of Clinical Virology等國內外雜誌發表論文200余篇，其中SCI收錄20余篇；
主編專著11部，其中《傳染病學》系教育部全國高等學校醫學規劃教材，《人工肝臟》、《感染微生態》均為中國該領域的首部專著；
承擔國家863、973、“十五”攻關和國家自然科學基金等項目，
發表論文200余篇，SCI收錄20余篇。
主編教育部全國高等學校醫學規劃教材《傳染病學》等專著8部。
擔任中華醫學會副會長、中國醫師協會副會長、中華醫學會感染病學分會副主任委員、中華預防醫學會微生態專業委員會副主任委員、全國人工肝培訓基地和浙江省人工肝中心主任以及《感染病雜誌》主編、《中華傳染病雜誌》和《國際流行病感染病學雜誌》副主編等職。
2013.10.26下午，浙江大學醫學院附屬第壹醫院對外通報，我國科學家首次成功研制出人感染H7N9禽流感病毒疫苗株。也就是說，我國科學家已經做出了針對H7N9禽流感病毒的疫苗“種子”，壹旦出現老百姓最擔心的H7N9禽流感暴發流行，可迅速生產出疫苗，為老人兒童等重點人群接種，防止禽流感大流行。
這項研究表明，我國已經具備自主研發流感病毒疫苗株的技術和能力，首次打破和改變了我國流感疫苗株需由國外提供的歷史。
這項研究，是在國家傳染病科技重大專項支持下，由浙大壹院傳染病診治國家重點實驗室李蘭娟院士領銜，並作為研究主體，聯合香港大學新發傳染病國家重點實驗室、中國疾病預防控制中心、中國食品藥品檢定研究院和中國醫學科學院等多家科研單位協同攻關完成。