1、購買人群不同
實體藥店的顧客群受門店商圈的限制，社區店基本上是步行15分鐘能到門店的顧客，商業街店、店中店往往受商業街、門店的客流影響較大。
網上藥店的顧客受上網人群限制，而且上網人群變化又是常態的，但，壹定時期內，上網人群是可以量化的，也是可以細分的，總的人群以年輕人為主。
2、提供商品不同
傳統藥店以老年人為主，因此心腦血管、糖尿病等慢性病商品為核心商品，而網上藥店以年輕人為主，那麽壹些因社會發展而帶來的焦慮、失眠、肥胖等因社會變化而帶來的疾病往往是網上藥店商品核心主流，商品類別不壹樣。
此外，網上藥店是無法銷售處方藥的，要購買處方藥只能去實體店。
3、購買方式不同
傳統藥店基本上是顧客上門購買，而網上藥店是提供便利的購買系統，提供送貨上門服務。在實體店購買藥物買了就能用，但在網上購買可能需要等待壹段時間。
4、價格不同
網上藥店的藥品價格基本都低於實體店，雖然藥房售價都在國家限定價格範圍內，但由於網店直接從廠家進貨，而實體店從供應商進貨，並且實體店還要考慮店鋪租金、人工成本等因素，因此網上藥店購買藥物更便宜，這也是為了搶占網上市場。
網上藥店有哪些優缺點
1、優點
網上藥店最大的優點就是藥品相對比較便宜、方便。藥品種類會比較多、齊全；消費者可以在網上藥店購買到壹半零售店藥店比較難見到的非處方藥藥品，還可以充分保護自己的隱私等等。
2、缺點
網上藥店的缺點就是對處方藥有嚴格限制要求，尤其是精神類、麻醉類的藥品，購買處方藥只能去實體店。此外，網購藥物需要壹段時間才能送達，對壹些急需要用藥的消費者不太方便。另外，壹些網上藥房不支持醫保卡報銷。正規網上藥店的資質雖然得到審核和監察，但壹些非法的網上藥店可能會誤導消費者。