酸性農藥和堿性農藥混配容易發生酸堿中和反應，最容易導致農藥失效，絕大多數農藥都是酸性的，極少數農藥是堿性的，常使用的有氫氧化銅、波爾多液、銅氨合劑、石硫合劑等。
二次稀釋後混合對於可濕性粉劑和水分散粒劑，建議二次稀釋後再混合，壹般懸浮劑特別是油懸浮劑也可以稀釋後再混合，這樣有利於將制劑充分稀釋溶解。混合兩種藥劑時，壹般也是先讓壹種藥劑加水配置後，再加入另外壹種藥劑，不建議兩種藥劑壹起混入稀釋。
不同制劑混用要註意理由：某些不同的制劑混合後會出現絮狀物、大量沈澱、分層、浮油等現象，導致減效、失效，還會引起藥害！
可濕性粉劑舉例：如有機磷類的可濕性粉劑與其他類別農藥的可濕性粉劑混用，會導致懸浮率降低。可濕性粉劑與乳油混用，有時會出現“破乳”現象。可濕性粉劑與有些肥料混用，也會產生絮狀物質。
乳油舉例：部分水劑（如乙烯利、殺蟲雙等）與壹般乳油混用後，有時會出現“破乳”現象。嘧菌酯不能與乳油狀物質混用。乳油與某些肥料混用後，有時也會出現乳化性狀。
在農藥混用時應註意濃度的計算，不能搞錯有的人把1000倍的甲藥與1000倍的乙藥分別配好後再混合壹起，當作1000的甲、乙藥使用，其實混合後甲、乙兩種農藥的稀釋倍數已不是l000倍，而是2000倍了，應該在配成1000倍所需用的水量中包括1份甲藥和1份乙藥。如：50公斤水加50克甲藥和50克乙藥，則為1000倍的甲、乙混合藥。
相同作用機理的藥劑混合使用例如苯醚甲環唑和丙環唑均為病原真菌甾醇生物合成抑制劑，苯醚甲環唑+丙環唑制成的混劑30%愛苗懸浮劑是利用丙環唑和苯醚甲環唑在速效性上的互補性而配制的；多菌靈和乙黴威均為病原真菌有絲分裂抑制劑，影響有絲分裂所必需的紡錘絲中微管蛋白的合成，多菌靈+乙黴威配制成的50%萬黴靈可濕性粉劑是利用多菌靈與乙黴威之間存在著負交互抗性關系而配制的。相對以上兩種情況，這類混劑的使用比較少見。