如何讀取質粒圖譜

大多數質粒都會有箭頭，箭頭有兩種解釋。壹種是轉錄方向，轉錄方向主要是從啟動子開始的壹個大箭頭，也就是啟動子起始序列的順序。另壹個是復制起始位點的方向，也就是該質粒的DNA在細菌或真菌（如大腸桿菌）中的復制方向。

還應該提到的是，F1 啟動子（圖中的 f1 ori）代表噬菌體的復制起始方向，它只能復制單鏈 DNA，但可用於測序。讀取轉錄方向，從而方便設計插入片段的位置和方向性。

2.第二步是讀取上面的標簽。

報告基因：通常會有壹兩種蛋白質，被用作報告基因，如常見的 copGFP（綠色熒光蛋白）、Puro（嘌呤黴素）、Lacz（乳糖操縱子）等。與抗性基因不同的是，這類報告基因並不是為了在大腸桿菌中擴增質粒而設計的。

相反，它們在質粒轉入表達系統後才起作用，基本上是為了顯示過表達或被敲除的基因是否正常工作。有些報告基因以融合蛋白的形式表達，有些則以單獨的啟動子表達（如在 shRNA 質粒中）。

3.第三步是看多重克隆位點：

MCS（Multiple Cloning Site），通常在圖中標出 MCS 上的酶切位點。上面酶切位點的順序壹般是按照 5`-3` 的順序往下排列的，要註意這樣幾點。

第壹點要註意的是，標有*的酶切位點壹般表示不只有壹個位點，不能作為質粒構建的酶切位點。

第二點要註意的是，有壹些酶切位點，序列中只有壹個，但也會標註*或（dam），這意味著這個酶切位點可能有壹個甲基化修飾的CpG島[常見的是XbaI，TCTAG(6m)A中的TC不能被切割]，壹般不能使用。但如果必須使用這個切割位點，就需要使用非甲基化的感受態細胞，如 JM109 或 JM110。

4.第四步是看多克隆位點的序列：

末端，如果有差異，可以把基因的 ATG（蛋氨酸）5`末端的 1-2 個堿基替換掉（變成 GTG 或 GCG 這樣），從第二個序列 就可以了，把 ATG（蛋氨酸）5`末端的 1-2 個堿基替換掉（變成 GTG 或 GCG 這樣），這樣從第二個氨基酸開始的序列就完全壹致了。通過擴增和消化，可使插入片段的 3` 端有冗余。

為了應對3'端冗余堿基，在多克隆位點序列後會有壹個解碼終止TAA碼，這樣即使插入片段在3'端引起移碼突變，表達的蛋白質仍能正常終止（在酵母雙雜合子AD質粒中，由於插入的cDNA是隨機cDNA，所以在AD載體上常見這樣的結構）。

擴展信息

分類

1.根據質粒能否通過細菌剪接，可將質粒分為剪接質粒和非剪接質粒。

剪接質粒攜帶與剪接傳播有關的基因。非拼接質粒在壹定條件下通過誘導或轉導與之共存的拼接質粒來傳播****。

2.根據質粒在細菌中的復制類型，可將其分為嚴格控制和松散控制兩類。

嚴控復制型質粒復制酶系統與染色體DNA復制****，只能在細胞周期的某壹階段進行復制，當細胞染色體停止復制時，質粒便不再復制。

松弛控制復制型質粒復制酶系不受染色體DNA復制酶系的影響，在整個細胞生長周期的任何時候都可以復制，在染色體復制已經停止時質粒仍可繼續復制。

3.根據質粒的不相容性，可分為不相容質粒和相容質粒。

不相容是指結構相似、親緣關系密切的質粒不能穩定****，存在於同壹宿主菌中的現象，反之為相容。常用於流行病學調查。

參考文獻：