冷凍幹燥機的幹燥速度是指在單位時間內汽化水分經過單位幹燥面積到達氣體空間的數量。食品中的水分可分為結合水分和非結合水分。在壹定的溫度下，非結合水分的蒸汽壓是壹定的，等於同溫純水的蒸汽壓，但結合水分的蒸汽壓則隨結合力的不同而不同。
真空冷凍幹燥機的板層溫度的均勻性和平整度對產品質量的均壹性有很大的影響。如果溫度均勻性和平整度越好，則凍幹產品質量的均壹性也越好。凍幹機擱板溫度控制有加熱器型和中間流體型，采用中間流體控制板層的凍幹機擱板溫度均勻性和平整度好。這種凍幹機板層為空心夾層結構，板層的制冷和加熱均通過中間流體在板層內部的流體通道循環來實現，因此板層溫度均勻壹致。
影響冷凍幹燥機真空泵進水的原因主要涉及氣流問題、制冷及真空問題。氣流走向、氣流通道、系統制冷、相關的溫度、壓力、真空配置和控制工藝等都是相互影響的因素。解決真空泵進水問題需要綜合考慮這些因素。
在冷凍幹燥機冷凍樣品的過程中，當溫度逐漸降低時，可以將仍處於冰凍狀態的樣品取出回暖壹段時間後，再繼續幹燥，這樣可以縮短幹燥的時間。在冷阱中的冰完全化成水後，可以打開出水閥，然後用幹布將冷阱內壁清潔幹凈，還要記住大張濾紙防塵。
制冷及真空問題的原因主要是由制冷系統的配置合理性、壓縮機制冷量及配套膨脹閥等部件配置的有效性來決定的。當發生真空泵進水的現象時，需要排除制冷工況調整問題以外，檢查膨脹閥的調節、制冷系統泄漏、制冷系統各壓力溫度指標異常的情況。除了制冷能力和個別情況外，氣流組織、氣流通道、氣流走向、真空配置和控制工藝是影響真空泵進水的關鍵因素。