這樣最後造成的結果有以下幾點：
1、基層醫療單位由於進不了出基本藥物之外的其他好藥，巧婦難為無米之炊，有些病無法治好，特別是現在抗菌素耐藥比較嚴重的普遍存在的情況下，即時是壹般的感染都未必治得好，如果按國家提倡那樣小病去社區醫院治療的話，有不少病人會白白浪費了金錢和時間，尤其是慢性病這壹塊尤為嚴重。
2、基層醫院由於國家的補貼不到位和不足量，醫療條件會越來越差，病人流失嚴重，醫院難以為繼，最後醫務人員也會不斷流失，特別是優秀的醫務人員會不斷流向大醫院或者其他領域，最後基層醫院會淪為空殼。醫院為了維持收支平衡唯有加大檢查單的用量，最後使得在基層就診的病人就醫費用不會降低之余看不好病的情況還越來越多。
3、由於大醫院特別是三甲醫院不受基本藥物限制，藥品價格不會降下來，再加上大量在基層看不好的題難雜癥病人和慢性病人都會擠到大醫院，造成大醫院看病難看病貴越發嚴重。由於資源以及人才都嚴重響大醫院傾斜，馬太效益無可避免會放大最後受害的是病患者以及基層醫院。
總結以上幾點，國家在基層醫療單位實行的基本藥物零差價政策純屬是忽悠老百姓的又壹個註定失敗的政策！