農學專業
學院傳統優勢專業，歷史可上溯至1936年，是學校最早設立的專業之壹，屬於農學學科，授予農學學士學位。創辦72年來，已具有明顯特色：壹是辦學思路明確，始終堅持教學、科研、生產三結合的理念，培養“厚基礎、寬口徑、強能力、高素質、廣適應”的高級農業復合型人才；二是培養體系完整，鑒於農學專業的應用性和實踐性強，對學生的專業技能和創新能力要求高的特點，建立了“三結合”、“三層次”和“二制度”的完整培養體系：三結合：教學與科研相結合、教學與生產相結合、教學與社會實踐相結合。三層次：基礎實踐、專業實踐、綜合實踐，堅持實踐四年不斷線。二個制度：實行本科生導師制和班主任制。三是學科積澱厚重，農學專業自20世紀70年代設作物栽培學與耕作學、作物遺傳育種兩個專業方向，學院優良的學科資源和雄厚的科研實力，為農學專業本科教學提供了強大的支撐和促進作用，高年級學生可根據社會需要選擇農學、煙草和種子三個方向；四是人才隊伍優秀，農學專業依托作物學科優勢，註重在科研和教學實踐中，不斷提升教師隊伍素質，同時，將優秀的博、碩士畢業生吸納充實到教師隊伍中來，師資隊伍朝著高學歷、高職稱、年輕化的方向發展。目前農學專業已發展為在國內同類專業中具有較大影響、與重點學科相匹配的優勢專業。
該專業培養具有紮實的作物生產基礎理論知識和基本技能，勝任作物栽培、良種培育、種子生產、煙草生產等方面的科學研究、技術普及、開發推廣和農業管理工作的復合型高素質農業科技人才。高年級學生可根據社會需要選擇農學方向、煙草方向和種子方向，並修讀相關課程。畢業生適宜在農業管理、農林院校、農業科研、農業企業、煙草公司、種子公司、農資公司等相關部門就業，從事行政管理、技術指導、成果轉化、科研教學、市場營銷等工作。
種子科學與工程專業
種子科學與工程是我校2010年新設立的本科專業，學制4年，修滿培養方案規定的學分，符合學士授予條件者授予農學學士學位。本專業依托我校作物遺傳育種國家重點（培育）學科、農業部重點學科和教育部重點實驗室等教學科研平臺，具備良好的教學和科研條件，擁有從本科到博士完整的學歷培養層次，分別於2003年和2004年被批準為碩士學位和博士學位授權點。本專業的專任教師是壹支高學歷、高職稱的教學團隊，其中教授占25%，副教授和高級實驗師58.3%，具有博士學位的58.3%人。博士生導師占16.7%，碩士生導師占75%。
種子科學與工程是作物（包括糧食、經濟、蔬菜、花卉等）改良、種子生產、種子加工、種子銷售、種子管理五大系統有機結合，為農業可持續發展所需的優良品質、優質安全種子提供理論和技術保障的新型交叉學科。本專業將按照國發〔2011〕8號《國務院關於加快推進現代農作物種業發展的意見》有關“農作物種業是國家戰略性、基礎性的核心產業，是促進農業長期穩定發展、保證國家糧食安全的根本”的精神，培養具備種子科學與工程技術方面的基本理論、基本知識和基本技能；能綜合運用生物科學與技術，研究植物種子的特征特性、生命活動規律和種子生產、加工、貯藏、檢驗新技術；勝任種子科學與工程技術的相關部門或單位從事教學與科研、新品種推廣與開發、經營與管理等工作的高級種子科學技術人才、種子行政管理人才和種子企業管理的高級人才。
農村區域發展專業
前身為學院於1996年設立的農業推廣專業，1999年根據教育部本科專業結構調整更名為農村區域發展專業，屬於管理學科，授予管理學學士學位。2003年持續發展與推廣學二級學科獲博士、碩士授權點；2008年農業多功能性產業二級學科獲博士、碩士授權點。在辦學歷程中，逐漸形成明顯特色：壹是優良的學科資源為該專業本科教學提供了必要的支撐和促進作用；二是專業人才培養明確定位為懂技術、會管理、謀發展；三是具有福建省鄉村休閑發展協會，福建農林大學農村發展研究所，福建省農學會庭園經濟分會等三大學術平臺，發揮學院農學與管理學學科互補優勢，促進對臺農業合作與交流和海峽西岸新農村建設。專業創辦10多年來，編寫了該專業通用主幹課教材4部，《農村發展規劃》、《現代科學與技術概論》、《農村發展研究方法》和《農村發展概論》，其中《農村發展規劃》獲得全國高等農業院校優秀教材獎；建設了省級網絡課程——《農村社會調查學》，建立了本科生課外實踐基地——“屏南縣屏嶺下鄉反季節蔬菜基地”，組建了本科生學術論壇——“三為論壇”，實施了低年級本科生導師制。目前農村區域發展專業已發展成為在國內同類專業中具有重要影響的專業。
該專業培養具有農村發展和農業推廣方面的基本理論、基本知識和基本技能，能在企業、推廣部門、政府及事業單位勝任計劃與發展、規劃與設計、推廣與創新、經營與管理、教學與研究等方面工作的復合型高素質專門人才。畢業生可從事農業推廣、行政管理、教學科研、情報管理與信息咨詢、農副產品與農資產品的營銷策劃、報社與出版社、傳播與教育以及科技開發與服務、區域發展規劃與管理等工作。