根據上述職責，自治區食品藥品監督管理局設10個內設機構。
（壹）辦公室（政策法規處）。
負責文電、會務、機要、檔案等工作；承擔信息、安全、保密、信訪、新聞發布、宣傳、督辦查辦、綜合治理、政務公開、信息化建設、突發事件應急處置等工作；承擔有關規範性文件的審核；承擔行政執法監督工作；承擔行政復議、行政應訴、聽證和國家賠償等工作。
（二）餐飲服務食品安全監管處。
負責餐飲服務食品安全監管工作；負責餐飲服務許可管理和日常監督管理工作；監督實施餐飲服務食品管理規範；負責餐飲服務食品安全狀況調查評價和監測工作，發布與餐飲服務食品安全監管有關的信息；依法查處餐飲服務食品安全事故。
（三）保健食品化妝品監管處。
負責保健食品、化妝品衛生監督管理工作；負責保健食品、化妝品衛生許可工作；監督實施保健食品、化妝品生產經營管理規範；監督實施國家保健食品、化妝品標準和技術規範；負責保健食品、化妝品的監測和不良反應事件的風險評估工作；承擔保健食品和化妝品註冊的初審工作；承擔審查和監測保健食品廣告、發布與保健食品和化妝品安全監管有關信息的工作。
（四）藥品註冊處（中藥民族藥監管處）。
監督實施國家藥品標準；監督實施藥物非臨床研究、藥物臨床實驗質量管理規範；擬訂中藥飲片炮制規範和民族藥（壯藥、瑤藥）標準並監管實施；初審非處方藥目錄；承擔審核藥品、藥用輔料、直接接觸藥品的包裝材料和容器的註冊工作；承擔醫療機構制劑註冊的核準工作；組織實施中藥品種保護制度。
（五）醫療器械監管處。
監督實施國家醫療器械標準；承擔醫療器械註冊和監督管理工作；組織實施醫療器械生產、經營質量管理規範；組織開展對醫療器械不良事件的監測、再評價和淘汰工作；承擔醫療器械生產、經營企業許可證的核發工作；承擔醫療器械廣告的核準工作。
（六）藥品安全監管處。
監督實施藥品生產、中藥材生產、醫療機構制劑配制等質量管理規範；承擔特殊藥品的監督管理工作；組織實施藥品分類管理制度；承擔藥品生產、醫療機構制劑配制、放射性藥品生產經營、醫療機構放射性藥品使用許可證的核發工作；承擔藥品委托生產的審核工作；配合有關部門實施國家基本藥物制度。組織開展藥品不良反應監測和藥物濫用監測工作。
（七）藥品流通監管處（行政審批辦公室）。
監督實施藥品經營質量管理規範；監督實施處方藥和非處方藥分類管理制度和藥品召回制度；監督管理中藥材專業市場；承擔藥品經營許可及監管工作；承擔審批藥品廣告和藥品違法廣告監測工作；承擔互聯網藥品信息服務和交易行為的許可和監督工作；會同有關部門負責藥品招標代理機構資格認定及招標行為的監督；承擔特殊藥品、反興奮劑條例包含藥品經營許可和監管工作；負責醫療機構藥品使用質量監管和指導藥房規範化管理；負責農村藥品監督網、供應網建設管理工作；負責行政審批工作。
（八）稽查處。
組織查處餐飲服務食品安全和保健食品、化妝品、藥品、醫療器械等的研制、生產、流通、使用方面的違法行為；負責相關突發安全事件的應急處置和產品召回工作；指導和監督本系統的稽查執法工作；組織實施餐飲服務食品、藥品、醫療器械、保健食品、化妝品等有關抽驗工作，並發布質量公告。
（九）人事處。
負責機關和直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資工作；負責專業技術人員職稱評定和執業藥師、駐店藥師管理工作；監督實施相關涉藥從業人員資格準備資格準入制度；承擔中國—東盟食品藥品安全對外交流與合作工作。
（十）財務處。
負責機關財務工作，承擔部門基本建設規劃、裝備計劃的編制、部門內部審計、國有資產管理工作，負責政府采購計劃的編制及審核。
機關黨委 負責機關和直屬單位的黨群工作。
離退休人員工作處 負責機關離退休人員工作，指導直屬單位的離退休人員工作。