因前列腺體表面有壹層脂質包膜，大多數抗生素很難通過此膜進入前列腺體內發揮治療作用，因此在選擇抗菌藥物時應遵循如下原則。
（1）藥物對細菌有較高的敏感性。
（2）確定應用的藥物應以高脂溶性、高滲透能力、與血漿蛋白結合率低、離解度高的藥物為其標準。
（3）兩種以上並有增效作用的藥物聯合使用。
（4）為使藥物在前列腺間質中達到有效濃度並防止尿道感染的發生，應提倡超大劑量和超時限（4～12周）的用藥法。
常用藥物如下。
（1）復方磺胺甲唑片。臨床上常用復方磺胺甲唑片，每次2片，每日2次，用藥至少4周。據報道，復方磺胺甲唑片對慢性前列腺炎的療效並不理想，主要因為前列腺液pH值增高，影響藥物透入前列腺，使之達不到足夠的殺菌濃度，故應用時療程應盡量延長。
（2）紅黴素+卡那黴素聯用。紅黴素有較強的穿透前列腺上皮的能力，且能在酸性環境中離解為非脂溶狀態，對全部金黃色葡萄球菌、鏈球菌均高度敏感，但對革蘭陽性桿菌無效。卡那黴素雖僅有少量進入前列腺，但對金葡菌、大腸桿菌均高度敏感，故有協同作用。具體用法：紅黴素2片（0.2g），每日4次，口服，卡那黴素0.5g，每日2次，肌內註射，連續10天後，改用復方磺胺甲唑片2片，每日2次，***10天，最後再用紅黴素加卡那黴素10天（用量同前），總***30天。
（3）利福平+甲氧芐啶聯用。每日口服利福平3～4片（450～600mg），磺胺增效劑200mg，服用15天，改為利福平300mg，磺胺增效劑100mg，服用105天，標準療程4個月。其缺點為利福平對肝臟有毒性，故應定期檢查肝功能。
（4）諾氟沙星。每次服用0.2g，每日3次；或環丙沙星口服0.5g，每日2次，連用15天。
（5）米諾環素。成人每次100mg，每日2次，連用4～6周為壹個療程。
盡管長期使用上述抗生素，慢性前列腺炎的治療失敗率仍可達30％～40％，但反復幾個療程或長期預防性應用抗生素對壹些患者確有幫助。