甘肅省食品藥品監督管理局設9個內設機構： 全稱：甘肅省食品藥品監督管理局稽查局
主要職責 受理、登記群眾舉報、投訴及有關部門移送的藥品、醫療器械、保健品、化妝品等案件；
負責辦理藥品、醫療器械、保健品、化妝品等案件的立案調查取證和移送工作；
依法查處生產、銷售、使用假劣藥品、醫療器械、保健品、化妝品等的違法行為和責任人；
負責辦理甘肅省內藥品、醫療器械、保健品、化妝品等重大復雜案件和跨地區案件；
負責國家食品藥品監督管理局督辦案件、外省涉甘藥品、醫療器械、保健品、化妝品等的協查工作。 全稱：甘肅省食品藥品檢驗所。
主要職責：
承擔轄區內藥品的監督檢驗、註冊檢驗、強制檢驗、復驗和委托檢驗等工作；
承擔省局委托的轄區內藥品的抽驗計劃的組織實施工作；
承擔國家和本轄區藥品計劃抽驗的抽驗和檢驗工作；
提供轄區內藥品質量公告所需的技術數據和質量分析報告；
承擔國家藥品標準的起草、修訂及藥品註冊試行標準轉正的有關技術復核和檢驗工作；
承擔國家食品藥品監督管理局和省食品藥品監督管理局指定或規定的申請註冊藥品的技術資料審查、復核和檢驗工作，並提出復核意見；
經過國家食品藥品監督管理局授權，承擔西北五省區生物制品的檢驗和批簽發工作；
承擔全國中藥材市場專項檢查抽驗；
承擔國家食品藥品監督管理局或省食品藥品監督管理局下達的藥用輔料和藥包材的標準復核和檢驗工作；
協助省食品藥品監督管理局對下壹級藥品檢驗所進行檢驗項目的資格認定等工作；
承擔我省藥品檢驗機構業務技術工作的指導、檢查和協調工作；
開展藥品質量標準、檢驗方法、標準物質與藥品質量分析相關的研究工作及與藥品安全性、有效性相關的研究工作；
開展對轄區內藥品生產、經營企業、醫療機構檢驗部門的業務指導和培訓工作；
負責收集、整理、綜合上報和反饋轄區內藥品質量信息；承擔國家食品藥品監督管理局和省食品藥品監督管理局交辦的其他工作。 全稱：甘肅省藥品醫療器械安全監測與評價中心。
主要職責 配合甘肅省食品藥品監督管理局完成國家食品藥品監督管理局下達的抽驗任務；
承擔甘肅省食藥監局、甘肅省技監局下達的監督抽驗和評價性抽驗任務
註冊檢驗；
委托檢驗；
標準起草與復核；
仲裁檢驗；
配合甘肅省食藥監局質量監督檢查等。