巨細胞病毒藥物唾液、尿液、宮頸分泌物等標本離心沈澱，用姬姆薩染色顯微鏡檢查脫落細胞，檢查細胞核和血漿中的巨細胞和嗜酸性包涵體，進行初步診斷。標本可以通過分離培養接種到人胚肺成纖維細胞中。由於CMV生長周期長，細胞病變發生慢，為了快速診斷，可將培養24小時的感染細胞固定，與DNA探針原位雜交，檢測CMVDNA。ELISA法檢測lgM抗體和lgG抗體適用於早期感染和流行病學調查。IgG抗體可終生存在，lgM抗體與急性感染有關。無論是初次感染還是反復感染，發生病毒血癥時，可用葡聚糖溶液提取外周血單核細胞，制成塗片，加入CMV單克隆抗體，用免疫酶或熒光染色檢測。
用western blot和分子雜交技術直接從尿液和各種分泌物中檢測CMV抗原和DNA是壹種快速、靈敏、準確的方法。CMV感染診斷應註意的問題:CMV感染的診斷依據可在CMV感染診斷方案中找到，臨床應用時應註意以下問題。
1.CMV感染的診斷主要依靠實驗室檢測結果，所以從試劑選擇到結果判定都要保證實驗室操作的質量。當采用尚未得到國際認可的新方法時，應與“金標準”病毒分離的結果進行比較，以評估其可靠性。2.我國兒童中，原發感染多發生在嬰兒期，此時多處於中毒性感染狀態。以後隨著年齡的增長趨向於潛伏感染。但在患有其他疾病時，體內的病毒可被激活，表現為中毒性感染。例如，人們曾觀察到53例3歲以上的急性黃疸型甲型肝炎，除2例(3.8%)外，其急性期均伴有CMV感染，其中半數以上(64.2%)為反復感染，在後續隨訪中發現為潛伏感染，可作為證據。
3.3歲的孩子。CMV感染大多無癥狀，只有少數有癥狀，且大多數發生在患有先天性和圍產期感染兒童中。嚴重免疫缺陷者，可出現肺炎、肝炎等全身性疾病。
4.CMV感染可累及宿主機體的各個器官和系統，但發生嚴重病變的機會很少，靶器官的損害與患兒的年齡有關。中樞神經系統損害(如小頭畸形、智力低下等。)和先天畸形主要見於先天性感染；肝炎和肺炎也可見於嬰幼兒。因此，將兒童出生後感染的中樞神經系統損害和先天畸形歸為CMV感染是不科學的。
5.新生兒出生時，往往混有少量母親的血液，尤其是臍帶血。因此，用PCR從臍帶血或新生兒血中檢測CMVDNA來顯示新生兒感染是不可靠的。新生兒應重新檢查或通過其他病毒學測試進行驗證。
6.有癥狀的CMV感染的診斷，如肺炎和肝炎，僅依賴於尿液和血液中血清學或病毒學的陽性結果。因為這些檢測結果只能說明CMV在體內的存在或復制，而沒有定位意義。從病變肺和肝組織原位檢測陽性是可靠的，但難以實施。因此，肺炎患兒的下呼吸道分泌物應用於替代或排除其他病因和可引起相同疾病的病原體，才能作出可靠的診斷。
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