新抗生素的篩選仍然是發現新抗菌藥物的重要途徑。目前，各種抗生素都有所發展，β-內酰胺類抗生素，尤其是頭孢菌素在抗生素領域仍占主導地位。第四代頭孢菌素[頭孢匹隆、非匹美、頭孢唑蘭、頭孢噻利]；出現了；發現了具有免疫調節作用的頭孢菌素頭孢地嗪。壹批性能優於現有品種的第三代口服頭孢菌素和第壹、二代口服頭孢菌素，
第二代口服頭孢也陸續上市；在保持碳青黴烯類藥物對腎脫氫肽酶穩定性的基礎上，其抗菌活性、安全性和藥代動力學特性得到了不斷提高。
大環內酯類抗生素從第壹代發展到第三代。目前主要的研究趨勢是繼續通過化學和生物方法對其進行結構修飾，提高其耐藥性，開發其抗菌以外的應用。首個第三代大環內酯類藥物也於2002年首次上市。
氨基糖苷類抗生素通過結構改造明顯提高了其耐藥性。近年來，針對MRSA的新型氨基糖苷類藥物不斷被研發出來。阿貝卡星不易被氨基糖苷類失活酶攻擊，但對氨基糖苷類耐藥菌較多。阿貝卡星對革蘭氏陽性菌和陰性菌的活性比阿米卡星強，尤其是對MRSA。依替米星對耐慶大黴素細菌比奈替米星更敏感，對MRSA也有很強的作用。
研究人員對四環素類抗生素的耐藥性問題也在探索中。新的研究表明，從五指毛桃發酵液中分離的四種四環素對耐四環素的革蘭氏陽性菌有作用。甘氨環素是壹種結構修飾的半合成四環素，對耐藥菌的作用源於核糖體保護和外排機制。叔丁基甘氨酸四環素(TBG米諾，GRA-936)對臨床重要致病菌(包括耐四環素、糖肽和氟喹諾酮類的革蘭氏陽性菌)具有廣泛的活性，其抗MRSA、PRSP(耐青黴素肺炎鏈球菌)和VRE(耐萬古黴素腸球菌)優於萬古黴素。
MRSA、PRSP和VRE是臨床上幾種重要的耐藥革蘭氏陽性菌。它們的出現給臨床治療帶來了很大的困難。近年來，這方面的研究取得了壹些進展。新型糖肽類抗生素奧利萬星(LY-333328)是壹種半合成糖肽類藥物，在體內半衰期長，對耐甲氧西林金黃色葡萄球菌、PRSP和VRE均有較好療效。它是抗VRE活性最強的藥物之壹。鏈黴素抗生素Synercid(RP-59500)為“奎那定/達福普定”復方制劑，可使細菌蛋白合成停止在肽轉化階段，阻斷核糖體合成蛋白外排而導致細菌死亡，對MRSA、MSCNS(甲氧西林敏感凝固酶陰性葡萄球菌)、鏈球菌、糞腸球菌等有較強的殺滅作用。近年來，其他新發現的抗生素對多重耐藥的金黃色葡萄球菌、耐甲氧西林金黃色葡萄球菌、VRE等均有較強的作用。包括酮內酯、脂肽、脂多糖、長鏈烯烴、噻唑和？唑環肽等。
對多重耐藥的非發酵革蘭陰性桿菌(如銅綠假單胞菌、不動桿菌、嗜麥芽窄食單胞菌、產超廣譜β-內酰胺酶的肺炎克雷伯菌、大腸桿菌和奇異變形桿菌等)有效的新型抗生素。)主要包括第四代頭孢菌素、碳青黴烯類、新喹諾酮類、β-內酰胺類/β-內酰胺酶抑制劑。近年來，對耐藥革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌有壹定抗菌作用的新抗生素有去甲酰化酶抑制劑BB-3497和放線菌素。
值得壹提的是，近年來多肽抗生素的研究非常活躍。迄今為止，在昆蟲、鳥類、動物和植物中發現了700多種內源性多肽抗生素。其高效廣譜的抗菌活性引起了世界各國學者的關註。壹般認為，多肽類抗生素分子可以在細菌的質膜上形成跨膜離子通道，使細菌不能維持正常滲透壓而死亡，細菌將很難產生耐藥性。
合成抗菌藥物的革新
近年來，各國已有十幾種新喹諾酮類藥物上市。與過去的第三代品種相比，在抗菌效果或藥代動力學方面有所提高。新開發的新喹諾酮類藥物不僅保留了對革蘭氏陰性菌的高活性，而且顯著增強了對革蘭氏陽性菌的活性，對厭氧菌、支原體、衣原體等也有壹定作用。克服喹諾酮類藥物耐藥性的研究也取得了新的進展。2-吡啶酮化合物ABT-719(A-86719)是壹種新的作用於不同靶標的DNA回旋酶抑制劑，對耐環丙沙星的金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、腸球菌和耐甲氧西林金黃色葡萄球菌具有很強的活性。新發現的喹諾酮外排泵抑制劑MC-207110可使左氧氟沙星的抗銅綠假單胞菌活性提高8倍。CJ-13136是由諾卡氏假單胞菌產生的壹種新喹諾酮類藥物，對幽門螺桿菌有很強的選擇性抗菌作用。
壹個引人註目的新發展是小說結構？唑烷酮類抗生素的發現。？惡唑烷酮類抗生素為抑菌劑，選擇性結合50S核糖體的23S亞基，抑制初始復合物的形成，阻斷細菌蛋白質在翻譯早期的合成。其獨特的作用特點使其與其他蛋白質合成抑制劑無交叉耐藥性。利奈唑胺是這些抗生素中的壹種，它比萬古黴素對MRSA和其他多藥耐藥革蘭氏陽性菌更有效。利奈唑胺和Syner-cid已獲FDA批準，可用於治療VRE引起的嚴重感染。
此外，研究人員在二氫葉酸還原酶抑制劑的研究中，發現了藥代動力學和抗菌活性更好的新型抗菌藥物；在篩選合成的新化合物時，發現了螺環異構體。唑類衍生物KY-9和喹啉-吲哚衍生物SEP-32196對多重耐藥金黃色葡萄球菌、耐甲氧西林金黃色葡萄球菌、VRE等有較強的抗菌作用。在抗結核分枝桿菌新藥研究中，發現了具有較強抗結核分枝桿菌作用的硝基咪唑並吡喃化合物PA-824和吡咯衍生物BM-212。
備受關註的新動向。
過去，抗菌藥物直接作用於細菌病原體。近年來，抗菌藥物的發展，除了繼續篩選對耐藥菌有效、具有新抗菌譜、新作用機制或新作用靶點的抗菌藥物外，還註重尋找提高和保護抗菌療效、增強機體防禦功能、減弱微生物致病性的物質。
抗生素增強劑可以明顯增強抗生素的抗菌功效。最近發現的β-內酰胺類增強劑MC-270252和MC-200616與β-內酰胺類藥物聯用，可使β-內酰胺類抗生素對銅綠假單胞菌的最低抑制濃度(MIC)降至1/500。
抗生素滅活酶抑制劑中的β-內酰胺酶抑制劑已成功應用於臨床並取得良好療效。克拉維酸、舒巴坦和他唑巴坦較為典型，但均不能抑制B型β-內酰胺酶。尋找新的β-內酰胺酶抑制劑已成為近年來抗生素研究的熱點之壹。研究人員先後發現其對A、B、C、D型β-內酰胺酶(如從碳青黴烯篩選出的J-110441)具有廣譜抑制活性，對B型β-內酰胺酶(如青黴胺碸衍生物CL-18618)具有較強的抑制活性。與大環內酯-林可黴素-鏈黴素耐藥性(MLS)相關的Erm甲基轉移酶抑制劑的研究正在進行中。
近年來，滲透促進劑、外排泵抑制劑、生物防禦功能調節劑、微生物感染途徑阻斷劑和病原性減毒劑等其他研究也備受關註。