抗菌中草藥含有生物堿、黃酮類、香豆素類等有效成分，能抑制和殺滅多種病原微生物。常用的有以下幾種:
(1)黃連黃柏:小檗堿(小檗堿)為主要成分，具有廣譜抗菌作用，對誌賀氏菌、肺炎球菌、金黃色葡萄球菌、鏈球菌等多種革蘭氏陰性菌和陽性菌均有抑制作用。常用於腸炎、肺炎、血尿、瘡腫。
(2)黃芩:性苦寒，有清濕熱、瀉實火、止血安胎之功。黃芩對大腸桿菌、變形桿菌、綠膿桿菌、雞白痢菌和牛、羊、豬布魯氏菌等革蘭氏陰性菌和金黃色葡萄球菌、肺炎球菌等革蘭氏陽性菌有抑制作用，尤其對葡萄球菌和綠膿桿菌有抑制作用。常用於治療腸炎、布魯氏菌病、肺炎、流行性感冒和炎癥，也可用於預防雛雞白痢。
(3)金銀花:性味甘、寒，具有清熱解毒的作用。主治:溫病發熱、癰腫瘡毒、熱毒痢疾、咽喉腫痛等。其抗菌作用含有異綠原酸、金銀花苷等抗菌成分，對金黃色葡萄球菌的抗菌作用最強，其次是綠膿桿菌和大腸桿菌。可用於治療流行性感冒、腸炎、發熱性傳染病和外傷感染。
(4)板藍根、大青葉:性苦寒，有清熱解毒、涼血之功。對枯草芽孢桿菌、金黃色葡萄球菌、八球菌、大腸桿菌、腸桿菌科、溶血性鏈球菌有抑制作用，對流感病毒也有壹定作用。常用於細菌性感染、肺炎、腸炎、血痢、豬肺炎等。
(5)連翹:木犀科連翹的幹燥果實味苦，微寒，有清熱解毒、散結消腫的作用。對金黃色葡萄球菌有較強的抑制作用，對肺炎球菌、大腸桿菌、溶血性鏈球菌等也有抑制作用。，對流行性感冒、肺炎、腸炎等疾病有壹定的治療作用。
(6)穿心蓮:能抑制和殺滅肺炎球菌、金黃色葡萄球菌、大腸桿菌、變形桿菌、綠膿桿菌、鉤端螺旋體等。還能增強動物的免疫功能，具有解熱、抗炎作用。本品全草精制成註射劑，已廣泛應用於臨床。
(7)魚腥草。:含有癸酰乙醛，具有廣譜抗菌作用。對金黃色葡萄球菌、肺炎球菌、溶血性鏈球菌等革蘭氏陽性菌和流感桿菌等革蘭氏陰性菌有很強的抑制作用。用於肺炎、支氣管炎、尿路感染、仔豬痢疾和外傷感染。
此外，大蒜、蒲公英、紫花地丁、馬齒莧等中草藥也有壹定的抗菌作用，廣泛用於防治畜禽疾病。