根據上述職責，省食品藥品監管局設17個內設機構：
（壹）辦公室。 負責文電、會務、機要、檔案、督查等機關日常工作，承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開等工作，擬訂食品藥品安全信息統壹公布制度，承擔食品藥品安全新聞、信息發布和對外交流工作。 （二）規劃財務處。 編制全省食品藥品監管事業發展規劃並組織實施；安排、管理有關項目經費，組織開展財政支出績效評價；組織編報機關和直屬單位的經費收支預算、決算草案；承擔機關和指導直屬單位政府采購、行政事業性收費、內部審計、財務和資產的管理等。
（三）政策法規處。 研究食品、藥品、醫療器械、化妝品監督管理重大政策；負責組織起草有關地方性法規、規章草案；承辦有關規範性文件的審核、協調和發布工作；承擔行政執法監督工作；承辦有關行政復議、行政應訴和聽證等工作；組織開展食品藥品安全科普宣傳工作。
（四）綜合協調處（應急管理處）。 承擔省食品安全委員會辦公室日常工作；承擔食品安全統計工作，分析預測食品安全狀況，組織開展食品安全風險預警和風險交流；參與制定食品安全風險監測計劃，並根據該計劃開展食品安全風險監測；推動食品藥品安全應急體系建設，組織編制應急預案並開展演練，承擔重大食品藥品安全事故應急處置和調查處理工作，指導協調地方食品藥品安全事件應急處置工作。承擔有關部門和地級以上市人民政府履行食品藥品安全監督管理職責的考核評價工作。
（五）食品生產安全監管處。 掌握分析生產環節食品安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可、履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為；承擔食品生產加工環節的質量安全監管工作；承擔食品強制檢驗工作。
（六）食品市場安全監管處。 掌握分析流通環節食品安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可、履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。組織實施流通環節食品安全監督檢查、質量監測及相關市場準入制度；承擔酒類流通監督管理工作。
（七）食品餐飲安全監管處。 掌握分析消費環節食品安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施餐飲服務許可、履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。承擔消費環節食品安全狀況調查、監測、監督管理工作；優化行政許可管理流程；指導協調重大活動食品安全保障工作。 （八）藥品註冊處。 監督國家藥品標準的執行；承擔地方藥品標準的制定及監管工作；審核、審批藥品、藥用輔料、直接接觸藥品的包裝材料和容器的註冊申請；承擔醫療機構制劑註冊的審批工作；承擔藥品再註冊以及不改變藥品內在質量的補充申請行政許可；優化註冊管理流程；組織實施中藥品種保護制度。
（九）藥品生產安全監管處。 掌握分析藥品生產安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議，督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可、履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。組織實施藥品生產、中藥材生產、醫療機構制劑配制、藥物臨床試驗、藥物非臨床研究質量管理規範；監督管理特殊藥品；承擔藥品生產、醫療機構制劑配制、放射性藥品生產經營、醫療機構放射性藥品使用等許可證的核發工作；承擔藥品委托生產的審核審批工作；優化行政許可管理流程；配合有關部門實施國家基本藥物制度；組織開展藥品不良反應監測、再評價。
（十）藥品流通安全監管處。 掌握分析藥品流通安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可、履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。組織實施處方藥和非處方藥分類管理制度；組織實施藥品經營質量管理規範；承擔藥品經營許可證的核發工作；承擔藥品廣告的核準工作；承擔互聯網藥品信息服務、藥品交易行政許可工作；優化行政許可管理流程。
（十壹）醫療器械註冊處。 監督國家醫療器械標準的執行；承擔醫療器械標準的有關監管工作；監督實施醫療器械分類管理；承擔相關醫療器械註冊申請的審核、核準工作；承擔國產第三類醫療器械不改變產品內在質量的變更申請行政許可；優化註冊管理流程；承擔醫療器械廣告核準工作。
（十二）醫療器械安全監管處。 掌握分析醫療器械安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可、履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。組織實施醫療器械生產、經營質量管理規範；承擔醫療器械生產企業許可證的核發工作，擬訂醫療器械經營企業準入條件並監督實施；組織開展註冊真實性核查工作；組織開展對醫療器械不良事件的監測、再評價和淘汰工作；優化行政許可管理流程。
（十三）保健食品監管處。 掌握分析保健食品安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可、履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。督國家保健食品標準的執行；承擔保健食品質量和標準的有關監管工作；審核保健食品註冊申請；承擔保健食品生產許可證的核發工作；承擔保健食品廣告的核準工作；優化註冊和行政許可管理流程。
（十四）化妝品監管處。 掌握分析化妝品安全形勢、存在問題並提出完善制度機制和改進工作的建議；督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可、履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。監督國家化妝品標準的執行；組織實施化妝品監督管理辦法；承擔化妝品質量和標準的有關監管工作；審核化妝品的註冊申請；承擔化妝品生產企業衛生許可證的核發工作；承擔化妝品的生產許可和強制檢驗工作；承擔進口非特殊用途化妝品行政許可工作；優化註冊和行政許可管理流程。 （十五）人事處（與機關黨委辦公室合署）。 負責機關和指導直屬單位的人事管理、機構編制、勞動工資、教育培訓、離退休人員服務和黨群工作；組織指導食品、化妝品、藥品和醫療器械等有關專業技術職稱資格審評工作；指導監督執業藥師註冊工作。 （十六）科技和標準處。 組織實施食品藥品監督管理重大科技項目，推動食品藥品檢驗檢測體系、電子監管追溯體系和信息化建設。擬訂食品藥品檢驗檢測機構資質認定條件和檢驗規範並監督實施。參與擬訂食品安全標準。 （十七）稽查局。 負責組織查處跨區域或重大食品藥品安全、醫療器械、化妝品違法案件，指導和監督市縣稽查工作，規範行政執法行為，推動完善行政執法與刑事司法銜接機制；實施和監督問題產品召回和處置工作；擬訂、組織實施全省食品、藥品、醫療器械、化妝品監督抽驗計劃，並發布質量公告；組織開展互聯網違法食品藥品信息的監測和查處工作。