利用吸附原理，即利用矽膠對中藥混合物中各種成分吸附能力的差異，將混合物中的成分進行分離。
矽膠柱色譜的操作方法及註意事項；
列加載
操作要點:裝柱前，柱底要墊壹層脫脂棉，防止吸附劑漏出。有兩種方法:幹包裝和濕包裝。
(1)幹填充柱:矽膠通過漏鬥填充入柱，不間斷，形成細流，緩慢加入管中。也可以用橡皮錘輕輕敲擊矽膠柱，使矽膠填充連續、均勻、緊密。裝柱後，打開下端活塞，然後倒入洗脫用的洗脫液，排出柱內空氣，並保持壹定液位。
(2)濕柱上樣:將最初準備使用的洗脫液裝入柱中，打開下活塞，使洗脫液緩慢流出。然後將矽膠緩慢連續倒入柱中(或將矽膠與適量洗脫劑混合成懸浮液，緩慢加入柱中)，矽膠在重力和洗脫劑的驅動下在柱中自由沈降，流出的洗脫劑要不斷補充回柱中，保持壹定的液位，直到矽膠完全加入並沈降在柱中。然後在矽膠上加壹小片濾紙或者壹點脫脂棉。根據樣品量，將洗脫液的液位控制在壹定高度。
(3)均質法:攪拌成勻漿。加入兩倍幹矽膠體積的溶劑，用玻璃棒攪拌。如果洗脫液是石油醚/乙酸乙酯/丙酮體系，用石油醚混合；如果洗脫劑是氯仿/乙醇系統，用氯仿混合。如果不能攪拌成勻漿，說明溶劑中水分含量過高，尤其是乙酸乙酯/丙酮。如果分配色譜不與水混合，必須事先用無水硫酸鈉幹燥很長時間。用無水氯化鈣幹燥氯仿以除去1%的醇。如果樣品對酸敏感，氯仿系統不能用於通過色譜柱。
樣品裝載
將待分離樣品溶解在少量上柱用的洗脫液中，制成小體積、高濃度的樣品溶液，加到色譜柱中的矽膠表面。如果樣品不溶於上柱所用的洗脫液，將樣品溶於揮發性溶劑中，加入適量矽膠(不超過柱中矽膠總量的1/10)混勻。除去溶劑後，將混有樣品的矽膠均勻地加到柱的頂部(始終保持洗脫液在壹定的水平)，然後蓋上壹層矽膠。
上樣時註意沿柱內壁緩慢加入，始終保持矽膠上表面平整；矽膠的裝載量為1/60~1/30。
洗提
洗脫劑的選擇可以通過TLC進行篩選。壹般薄層色譜展開時Rf值為0.2~0.3的溶劑系統為最佳洗脫系統，采用梯度洗脫法進行洗脫。
首先打開柱下端的活塞，保持洗脫液流速為1~2滴/秒。洗脫液連續加入到上端(加入速度可以通過分液漏鬥控制，以類似於下端的流出速度)。如果單壹溶劑洗脫效果不好，可以用混合溶劑進行洗滌(壹般不超過三種溶劑)，通常采用梯度洗脫。洗脫液的洗脫能力由弱到強逐漸增強。
收集和處理
將洗脫液分成等份收集，每份收集的量大約相當於所用矽膠的量。通過TLC定性檢查每種洗脫液，合並含有相同組分的洗脫液。單體組分通常可以在濃縮和重結晶後獲得。如果還是幾種單體成分的混合物，就不容易分出單體成分的晶體。需要進壹步的色譜或其他分離方法。？
註意:
(1)柱層析的分離能力優於薄層層析，特別是對於結構相似、性質相近、薄層層析難以分離的組分。
(2)不用含水的混合溶劑洗柱，盡量不用。