食品經營許可證在申請人所在地縣級以上地方食品藥品監督管理部門辦理。
《食品經營許可管理辦法》中規定：
第十二條? 申請食品經營許可，應當向申請人所在地縣級以上地方食品藥品監督管理部門提交下列材料：?
（壹）食品經營許可申請書；?
（二）營業執照或者其他主體資格證明文件復印件；?
（三）與食品經營相適應的主要設備設施布局、操作流程等文件；?
（四）食品安全自查、從業人員健康管理、進貨查驗記錄、食品安全事故處置等保證食品安全的規章制度。?
利用自動售貨設備從事食品銷售的，申請人還應當提交自動售貨設備的產品合格證明、具體放置地點，經營者名稱、住所、聯系方式、食品經營許可證的公示方法等材料。?
申請人委托他人辦理食品經營許可申請的，代理人應當提交授權委托書以及代理人的身份證明文件。
擴展資料
《食品經營許可管理辦法》中規定：
第十四條? 縣級以上地方食品藥品監督管理部門對申請人提出的食品經營許可申請，應當根據下列情況分別作出處理：?
（壹）申請事項依法不需要取得食品經營許可的，應當即時告知申請人不受理。?
（二）申請事項依法不屬於食品藥品監督管理部門職權範圍的，應當即時作出不予受理的決定，並告知申請人向有關行政機關申請。?
（三）申請材料存在可以當場更正的錯誤的，應當允許申請人當場更正，由申請人在更正處簽名或者蓋章，註明更正日期。?
（四）申請材料不齊全或者不符合法定形式的，應當當場或者在5個工作日內壹次告知申請人需要補正的全部內容。當場告知的，應當將申請材料退回申請人；在5個工作日內告知的，應當收取申請材料並出具收到申請材料的憑據。逾期不告知的，自收到申請材料之日起即為受理。?
（五）申請材料齊全、符合法定形式，或者申請人按照要求提交全部補正材料的，應當受理食品經營許可申請。