大多數患者的皮損經治療後可得到改善或消退。治療可能會減少人乳頭瘤病毒感染，但可能無法根除感染。如果選擇不治療，尖銳濕疣有可能自行消退，有可能保持不變，也有可能加重加重。
雖然治療可能會導致人乳頭瘤病毒DNA的減少，但尚不清楚這是否會減少未來的傳播。雖然尖銳濕疣治療後復發率較高，但通過正確的治療，大多數患者最終可以達到臨床治愈。
壹般療法
目前治療包括院外治療和院內治療，往往需要多次治療。目前沒有公認的最佳治療方案，也沒有適合所有患者的確定治療方案。
院外治療是指在家自我治療，主要是咪喹莫特乳膏等局部藥物治療。院內治療是指在醫療機構內由醫生進行的治療，主要是物理治療和手術治療。
醫生會根據患者的大小、數量、部位、治療費用、副作用、治療經驗等制定個體化治療方案，采取綜合防治策略，達到最滿意的療效。此外，患者的偏好、依從性、醫生的專業水平也會影響治療方案的選擇。
為了增加療效，臨床醫生有時會合並治療，如同時選擇院外和院內治療。
免疫功能低下的患者和免疫功能正常的患者治療沒有區別。但在免疫功能低下的患者中，尖銳濕疣治療成功率較低，可能需要更長的療程和更頻繁的隨訪評估。
藥物
院外治療可選擇3.75%或5%咪喹莫特乳膏、0.15%或0.5%鬼臼毒素乳膏/凝膠、10%或15%賽卡汀軟膏。以上三種藥物是國際上公認的首選治療藥物，其中咪喹莫特乳膏在國內比較常用且易得，鬼臼毒素次之。
醫院治療可選用80%~90%的三氯乙酸溶液。另外，鬼臼樹脂和5-氟尿嘧啶對尖銳濕疣有效，但因副作用明顯，不推薦作為首選。偶爾會在皮損處註射幹擾素來治療尖銳濕疣，但與其他治療方法聯合使用效果更好。
目前還沒有明確有效的證據證明系統使用免疫調節劑，如白細胞介素-2、卡介苗多糖核酸、胸腺肽等。
物理療法
常用的物理療法包括冷凍療法、激光療法、電灼/電凝療法、離子療法和微波療法等。這些物理療法通過直接破壞來去除皮膚損傷。
氨基酮戊酸光動力療法(ALA-PDT)是藥物和機械的結合，通過光敏化學物質和特定的光照射達到治療目的。這些治療由醫生操作，屬於“院內治療”。
外科療法
當病變僅發生在小範圍內時，可能不需要手術。如果尖銳濕疣分布較廣，且藥物、冷凍等治療無法去除病竈，可以選擇手術切除。
手術的成功與尖銳濕疣的數量有關。當數量少、體積小時，手術成功率較高，需要額外治療的可能性較小。但術後壹般需要繼續用藥。
如果高危人乳頭瘤病毒導致宮頸塗片結果異常(提示宮頸細胞異常增殖)，可能需要進行某些類型的手術。手術時經常需要麻醉，治療費用通常高於其他方法。
此外，手術還可能增加尖銳濕疣擴散的概率，患者應在術前與醫生充分討論可能的收益和風險，做出最佳選擇。
中國傳統療法
中醫藥在治療尖銳濕疣中的地位不容忽視。據報道，中醫藥治療尖銳濕疣和人乳頭瘤病毒亞臨床感染有效且安全，但需要相關專業人員用藥以保證療效和安全性。
前沿療法
研究證實，以下治療方法對尖銳濕疣有效，如外用硝酸鈉聯合檸檬酸、分支桿菌W疫苗、外用氮鋅復合物、巨噬細胞巴豆酸甲酯凝膠、病毒樣顆粒免疫療法等。但是，在這些治療方法得到推廣之前，還需要進壹步的研究。