政府事務和行政事務的綜合協調；負責重大衛生政策、重要政務和領導交辦事項的督辦和調研；負責綜合文稿、新聞宣傳、政務公開、消息處理、政務信息、會議組織、機要保密、檔案管理、信訪接待、安全保衛、值班等工作；組織辦理NPC代表建議和CPPCC提案；負責電子政務管理、衛生信息工作和網站建設；負責機關安全生產工作，綜合協調局機關所屬事業單位安全生產監管工作。
㈡人事科
組織制定全市衛生人才發展規劃和政策並組織實施；指導衛生事業單位人事制度改革；負責局屬醫療衛生單位領導班子和幹部隊伍建設；協助做好市直醫療衛生單位高級知識分子管理和衛生系統學科帶頭人選拔培養工作；組織和指導衛生管理幹部的在職培訓；負責市政府直屬醫療衛生單位的人事和機構管理；組織全市衛生系統表彰。
(3)計劃及財務審計組
制定全市衛生事業發展總體規劃，統籌規劃和協調全市衛生資源配置，指導區域衛生規劃的編制、實施和評估；指導和規範全市衛生系統財務、資產管理和內部審計工作；對醫療衛生服務價格、藥品價格、基本醫療保險費用結算等政策、制度標準和定額提出建議；制定藥品、醫療器械和衛生材料采購的相關規範；監督管理市政府直屬醫療衛生單位的國有資產；負責市政府直屬醫療衛生單位的財務、基本建設、大型醫用設備管理和內部審計；指導全市大型醫用設備的審批工作；負責全市衛生統計管理工作；負責財務和國有資產管理；協調國外衛生貸款和贈款的引進、利用和償還。
(四)衛生應急辦公室(公共衛生應急指揮中心)
制定衛生應急和緊急醫療救援的計劃、制度、方案和措施；指導突發公共衛生事件的預防與準備、監測與預警、救治與救援、分析與評估等衛生應急活動；組織協調實施突發公共衛生事件和其他突發事件的預防控制和應急醫療救援，組織實施突發急性傳染病的預防控制和應急措施；組織實施重大災害、恐怖活動、中毒事件、核事故和輻射事故的緊急醫學救援；發布突發公共衛生事件應急處理信息。
(5)疾病預防控制司(地方病防治領導小組辦公室、艾滋病防治辦公室)
制定全市嚴重危害人民健康和公共衛生問題的重大疾病防控預案和幹預措施，並組織實施；制定傳染病、地方病、職業病、慢性非傳染性疾病和公共衛生相關疾病的防治規劃並組織實施；組織實施國家免疫規劃和政策措施；制定公共營養規劃，管理營養性疾病的防治；完善重大疾病防控體系，預防和控制疾病的發生和疫情的蔓延；承擔法定報告中傳染病疫情信息的發布工作。承擔市地方病防治領導小組和市艾滋病防治辦公室的具體工作，聯系和協調愛國衛生運動委員會辦公室的工作。(6)基層衛生和婦幼保健司(新型農村合作醫療協調領導小組辦公室)
承擔全市農村基本醫療衛生和新型農村合作醫療的綜合管理工作；指導相關政策，規劃並組織實施；指導全市農村衛生服務體系建設和鄉村醫生管理工作；監督和指導農村衛生政策的實施，負責全市新型農村合作醫療的政策制定、組織實施、運行監督、技術指導、總體評價和信息化建設。制定全市婦幼衛生、社區衛生和健康教育的政策、規劃、規範並組織實施；起草和制定婦幼衛生技術標準；監督管理婦幼保健工作，牽頭組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾。
(7)醫學和政治學
擬訂全市醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理的相關政策、規劃、規範和標準並組織實施；建立醫療質量管理控制體系和制度；承辦醫療機構的設立、登記、變更、驗證、關閉和註銷；負責外籍醫師在我市短期執業許可的行政審批；負責采供血和臨床用血的監督管理；指導醫院藥學管理、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等相關工作；負責組織實施《中華人民共和國獻血法》並組織實施
(八)食品安全綜合協調和衛生監督部門
承擔食品安全的綜合協調工作；組織調查處理重大食品安全事故；組織食品安全監測、風險評估和預警；承擔重大食品安全信息的發布工作；組織制定食品安全地方標準並負責企業標準備案；指導和規範衛生行政執法工作；按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生和消毒產品以及涉及飲用水衛生安全產品的監督管理；負責傳染病的預防和控制；整頓和規範醫療服務市場；組織查處違法行為；組織查處重大醫療衛生違法行為。組織制定衛生政策和衛生改革方案；組織起草地方性衛生法規；承擔規範性文件的審核工作；主持重大行政處罰和行政許可事項的聽證；承辦行政復議和行政訴訟；組織法制宣傳教育。
(9)科技教育科
制定醫療衛生科技發展規劃並組織實施；組織實施醫藥衛生科研重點研究項目，指導醫藥衛生科技成果的推廣應用；承擔醫療衛生實驗室生物安全的監督管理工作；制定醫學教育發展規劃並組織實施；負責成人醫學教育的管理；承擔繼續醫學教育和畢業後醫學教育的組織工作；組織和指導衛生專業技術崗位培訓。
(十)醫藥衛生處(市衛生委員會辦公室)
制定全市醫療衛生工作的政策、規劃並組織實施；指導全市幹部保健事業的發展；負責市衛生委員會確定的保健對象的醫療保健和預防保健工作；負責統壹管理重點保健對象的日常保健、醫療和病情報告；負責保健對象的健康檢查、健康教育、重大咨詢和救助工作；負責重大活動、重要會議以及黨和國家領導人、重要外賓在我市期間的醫療保障工作；承擔市衛生委員會的具體工作。
(十壹)中醫(掛市中醫管理局的牌子)
制定並實施中醫藥行業發展規劃和年度計劃；組織實施中醫醫療、保健、康復、護理和臨床用藥管理規範，管理各類中醫和中西醫結合機構，指導其他醫療機構的中醫藥業務；負責中醫、中西醫結合醫療機構的審批和註冊，中醫、中西醫結合醫療機構執業醫師和護士的執業註冊；負責中醫、中西醫結合機構相關技術準入和中醫醫療廣告審核；制定中醫藥科技發展規劃並組織實施；組織中醫藥學術交流和科技合作；會同有關部門制定並組織實施中醫藥教育和人才隊伍建設規劃，負責中醫藥繼續教育、職業技術教育、成人教育、學徒教育和基層中醫藥人員專業培訓的宏觀管理。
離退休幹部工作科。負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。