深圳海關直屬中華人民共和國海關總署領導，受廣東分署監管和指導。總部設在深圳，業務管轄範圍包括深圳和惠州。目前，全關共有幹部職工5800余人，處級以上機構48個，其中內設機構21個，下屬機構18個，派駐機構5個，其他機構4個。海陸空監管業務齊全。
深圳海關的職能是:依法監管經深圳口岸進出境的貨物、運輸工具、行李物品和郵遞物品；征收關稅和海關依法征收的其他稅費；查獲走私；進行貿易統計和辦理其他海關業務。
目前，深圳海關旅檢業務占全國的55%，加工貿易監管占1/5，快件監管占1/3，稅收征管占9%，運輸工具監管占70%。
深圳海關下轄海關包括:深圳樂瞳海關、深圳沙灣海關、深圳南頭海關、深圳布吉海海關、深圳福田保稅區海關、深圳機場海關、深圳梅林海關、深圳筍崗海關、深圳大鵬海關、深圳蛇口海關、深圳沙頭角海關、深圳灣海關、深圳福田海關、深圳羅湖海關、深圳文錦渡海關、深圳大鏟灣海關、惠州海關、惠州口岸海關。
中華人民共和國海關法第壹條為了維護國家主權和利益，加強海關監督管理，促進對外經濟貿易和科學文化交流，保障社會主義現代化建設，制定本法。
第二條中華人民共和國海關是國家的進出境關境(以下簡稱進出境監督管理機關)。海關依照本法和其他有關法律、行政法規的規定，監管進出境運輸工具、貨物、行李物品、郵遞物品和其他物品，以下簡稱進出境運輸工具、貨物、物品，征收關稅和其他稅費，查處走私，統計海關數據，辦理其他海關業務。
第三條國務院設立海關總署，統壹管理海關。
國家在對外開放的口岸和海關監管業務集中的地方設立海關。海關的隸屬關系不受行政區劃的限制。
海關依法獨立行使職權，對海關總署負責。