福建衛生職業技術學院坐落於福建省省會福州，它的前身福建衛生學校創建於1954年，原名福建省福州衛生幹部學校。 1953年，正是中國經濟建設由恢復時期進入第壹個五年計劃的頭壹年。當時衛生戰線面臨幾個急待解決的問題，壹是壹批在基層擔任衛生行政領導職務、建國前參加工作的同誌迫切需要提高文化知識和政策水平，以適應當時國民經濟的發展。二是大量初中級衛生人員需要培訓，提高他們的業務能力。國家衛生部據此通知各省立即創辦這類學校，以解決上述問題，在這種情況下，福建省衛生廳選派高胡同誌負責籌建學校。1953年開始選址、基建，1954年正式開辦。
當時的校址設在鼓樓區河東路得貴巷17號，占地面積約百畝，建校初期，開辦幹部文化班，開設藥劑士、檢驗土兩個專業。學員都是從福建省選送來的在職幹部。1955年，藥劑士、檢驗士專業開始面向福建省招收應屆初中畢業生。
1958年，福州醫士學校撤銷，衛生醫士專業調整到該校。 1959年初中畢業生大量增加，衛生幹部學校名稱已不相適應，於是學校正式定名為“福建衛生學校”。
1963年春，南安中藥材學校中藥材專業並入該校，調整時將中藥材專業改為中藥劑士專業。從此，該校***開設藥劑士、檢驗士、衛生醫士、中藥劑士四個專業。在此期間，學校還先後舉辦廠防疫幹部培訓班、婦幼保健幹部培訓班、工業衛生幹部培訓班、醫藥財會班、藥訓班等各種短訓班和藥學、檢驗專科函授班。
1966年.全國爆發“文化大革命”，學校停課鬧革命，人串連形成熱潮，不久，軍宣隊進駐學校，組織教工開展“鬥、批、改”和“清理階級隊伍”。學校處於癱瘓狀態，當年停止招生。
至1969午下半年，學校被撤銷，教工下放勞動鍛煉，校園校舍被外系統所占，圖書和儀器設備全部被分光。
由於“文化大革命”的影響，福建省醫藥衛生人才嚴重匱乏，影響了醫療衛上部門工作的開展。在社會的強烈需求下，學校於1972年在福州助產學校舊址籌備復辦，1973年恢復招生，仍然開設藥劑土、檢驗士、衛生醫士、中藥劑士專業。
1976年10月粉碎“四人幫”反革命集團，連續十年的“文化大革命”宣告結束，特別是黨的十壹屆三中全會，從根本上沖破了“左”傾錯誤的束縛，全國務條戰線發生了歷史性偉大轉折，祖國大地到處呈現壹派生機勃勃景象，該校也不例外。
1978年，開辦了藥學大專班。1979年，開辦檢驗大專班。1982年起，該校先後與閩清精神病防治院、福建省婦幼保健院、福建醫科大學附屬協和醫院、附屬壹院、二院、福建中醫學院附屬人民醫院、福建省職防院、福建省衛生防疫站、福建省腫瘤醫院等單位合作，以該校名義招生辦班，開設助產士、護土、衛生醫士等專業。
該校相繼成為中國藥科大學成人教育學院福建函授站、北京中醫藥大學校外遠程教育學習中心，成立了福建省鄉村醫牛培訓中心、醫學美容培訓中心。特別是中國藥科大學成人教育學院福建函授站，1987 年創建，培養高中起點藥學專科函授生，2001年開始培養專科起點本科函授生，函授站招生規模不斷擴大，在校生達750人，為促進福建省藥學事業的發展發揮了應有的作用。
1990年，藥學大專班掛靠福建醫科大學，更名為福建醫科大學藥學專科班，成為福建醫科大學專科班教學點;1998年，招收藥學、檢驗高職生，2000開始招收護理高職生。 1996年該校與福建黎明企業集團聯合創辦了福建省內首家民辦中等衛生學校——福建私立黎明衛生學校，由黎明企業集團投資建校，由該校組織實施教學，校企合作，優勢互補，開設藥劑、護理、護理(英語專門化)、醫學檢驗、助產、衛生管理等社會急需的專業。2003年來***招生1376人，向社會輸送了1006名中等衛生人才。
2003年，福建私立育才衛生學校並入該校。 2004年，該校與福建黎明企業集團再次合作，聯合創辦的福州黎明職業技術學院獲福建省政府批準，2004年秋季開始招生，開設食品衛生與檢驗、園林花卉、藥物制劑和藥品營銷四個專業。
2002年12月，福建省政府同意福州衛生學校並入該校，通過土地置換，籌集資金，遷址重建。組建福建醫學高等專科學校。
2003年，該校獲準以福建醫學高等專科學校(籌)的名義開始招生，首屆招生的專業有藥學、檢驗和護理三個專業。 據2014年10月學校官網顯示，學院與福建省立醫院、福建省腫瘤醫院、福建海王福藥制藥有限公司、福建惠好醫藥集團、國藥控股福州有限公司、深圳邁瑞科技有限公司、長春迪瑞醫療科技有限公 司等醫院（企業）簽訂了校企合作協議。學院舉辦了福建省立醫院護理班和臨床醫學（影像診斷方向）班、福建省腫瘤醫院護理班和醫學影像技術（放射治療 方向）班、福建惠好醫藥集團藥學專業訂單班、莆田九五醫院助產班、廈門鷺燕大藥房有限公司藥學班等8個校企合作基地班。
據2014年10月學校官網顯示，學院與美國、加拿大、日本、菲律賓、臺灣、香港、澳門等國（境）外十余所高校建立了合作關系。