1、報銷比例不同；
甲類藥物費用由醫療保險基金全部報銷，乙類藥物費用由參保人承擔部分，剩下部分由醫療保險基金報銷；
2、概念不同；
甲類藥物是全國基本統壹、能保證臨床治療最基本需要的藥物，乙類藥物則是療效確切、價格或治療費用相對略高的可供選擇使用的藥品；
3、價格不同；
甲類藥物價格較低，由國家統壹制定，各地不得調整，乙類藥物價格略高，由國家制定，各地可根據實際情況適當調整；
4、標記不同；
甲類藥OTC標識為紅色，乙類藥OTC標識為綠色；
5、銷售渠道不同；
甲類藥必須在藥店出售，乙類藥可在藥店或藥監部門批準的其他商業企業中零售。
醫保藥品的支付標準：
1. 甲類藥品：通常為基本藥物或者是治療常見病、多發病的藥品；醫保基本上可以全額報銷；
2. 乙類藥品：包括壹些治療效果確切，但價格較高的藥品；醫保報銷比例較低，患者需要自付壹定比例；
3. 特殊藥品：某些特殊藥品可能需要患者先墊付再報銷，或者按照特定的比例進行報銷；
4. 自費藥品：不在醫保報銷範圍內的藥品，需要患者自行承擔費用。
綜上所述，醫保甲類和乙類藥物的區別在於報銷比例、概念、價格、標記和銷售渠道不同。甲類藥物費用由醫療保險基金全部報銷，而乙類藥物費用由參保人承擔部分。甲類藥物是全國基本統壹的藥物，能滿足臨床治療的基本需求，而乙類藥物則是療效確切、價格相對略高的可供選擇的藥品。甲類藥物價格由國家統壹制定，不得調整，而乙類藥物價格略高，可根據實際情況適當調整。甲類藥物的OTC標識為紅色，乙類藥物的OTC標識為綠色。甲類藥物必須在藥店出售，而乙類藥物可在藥店或其他商業企業中零售。
法律依據：
《城鎮職工基本醫療保險用藥範圍管理暫行辦法》
第八條
基本醫療保險參保人員使用《藥品目錄》中的藥品，所發生的費用按以下原則支付。使用“甲類目錄”的藥品所發生的費用，按基本醫療保險的規定支付。使用“乙類目錄”的藥品所發生的費用，先由參保人員自付壹定比例，再按基本醫療保險的規定支付。個人自付的具體比例，由統籌地區規定，報省、自治區、直轄市勞動保障行政部門備案。使用中藥飲片所發生的費用，除基本醫療保險基金不予支付的藥品外，均按基本醫療保險的規定支付。