綜合協調局機關和直屬單位的工作，督促重大事項的落實；負責擬訂全市衛生工作的法規、政策並組織實施；負責局機關文電、會務、保密、信息公開、信訪、新聞宣傳等機關日常工作。
（二）醫政科
承擔醫療機構設置、醫療服務質量、安全監管工作；擬訂全市醫療機構設置規劃，依法負責醫療機構設置許可、執業登記和校驗；組織實施醫療執業標準，規範醫療技術應用；組織執業醫師考試，負責醫師、護士註冊管理；受理醫療事故爭議，負責醫療事故申請。受理醫療事故爭議申請，負責醫療事故的行政處理；指導醫療機構藥事、臨床實驗室管理、醫療感染控制和醫療廢物處置工作；負責轄區內壹類醫療機構麻醉藥品和精神藥品購進、使用的監管；協助有關部門實施重大傷亡事故的緊急醫療救援。
（三）疾病控制
擬訂並組織實施重大疾病預防控制規劃、免疫規劃和嚴重危害人民群眾健康的公共****、健康問題的幹預措施，完善重大疾病預防控制體系建設；負責組織全市傳染病的監測、預警，預防和控制疾病的發生和蔓延；承擔法定傳染病疫情報告和信息管理工作；擬訂並組織實施健康教育政策，規劃並實施健康教育工作；協助有關部門實施重大傷亡事故的緊急醫學救援。組織實施健康教育政策、規劃；承擔市艾滋病防治工作委員會的日常工作。
（四）保健科（市幹部保健委員會辦公室）
負責市幹部保健委員會確定的保健對象的保健工作；負責上級領導和高層次外賓來榕的醫療安排；管理和審核市直單位幹部保健對象的醫療經費支出；指導縣區幹部保健工作；承擔市幹部保健委員會的日常工作。
（五）中醫藥管理局
擬訂全市中醫藥、中西醫結合、民族醫藥發展規劃和政策；負責全市各類中醫、中西醫結合、民族醫藥的業務指導，監督管理中醫（中西醫結合）醫療質量和服務質量，監督檢查各項規章制度和技術規範的執行情況；承辦全市中醫、中西醫結合、民族醫藥醫療機構設置規劃、計劃和管理工作。中醫、中西醫結合、民族醫醫療機構設置規劃、審批許可、執業註冊和考核評價工作，組織實施中醫藥人員執業標準；推進中醫藥繼承與創新，協調指導中醫藥科學研究和科技成果的推廣應用；推動中醫藥防病治病知識的普及，促進中醫藥學術交流和技術合作。
（六）法規與監督
負責擬訂全市衛生法律、法規、技術規範和標準；負責衛生行政復議工作；指導衛生行政執法規範化建設；按照職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生、學校衛生和生活飲用水衛生監督管理等工作。負責餐飲業、食堂等食品消費環節的食品安全監管；會同有關部門負責超市自制自售熟食部、鹵味店等食品經營單位店前店後出廠加工環節的衛生許可，會同有關部門負責超市自制自售熟食部、鹵味店等食品經營單位店前店後出廠加工環節的監管；負責公共***場所衛生監督管理和傳染病防治監督工作；承擔實驗室病原微生物生物安全監督管理責任；承擔打擊非法行醫責任；負責衛生法律法規宣傳工作。 (七）規劃財務處
擬訂全市衛生事業發展規劃，統籌規劃和協調衛生資源配置；會同有關部門擬訂衛生財務管理規定和衛生服務價格標準；負責指導全市衛生規劃財務工作並實施財務監督管理；負責局機關和直屬單位財務預決算的編制和執行工作；負責直屬單位基建項目的監督管理和全市農村衛生項目建設工作。監督管理工作和全市農村衛生項目建設工作的實施、管理和監督；擬訂全市衛生機構醫療儀器設備管理辦法並組織實施；負責全市衛生統計工作；負責直屬單位內部審計工作；協調利用國外衛生貸款工作。
（八）婦幼保健科
組織實施《母嬰保健法》及其配套規章制度；組織實施婦幼衛生發展規劃和服務體系建設，落實婦幼政策措施和婦幼技術規範；負責婦幼保健工作的綜合管理和監督；牽頭組織預防和減少出生缺陷和先天殘疾工作。
（九）農村和社區衛生科
研究擬訂全市農村和社區衛生改革與發展規劃及相關政策，參與起草農村、社區衛生相關法律法規；指導農村、社區衛生服務體系建設，指導基層衛生服務工作，擬訂農村、社區初級衛生保健實施方案；開展新型農村合作醫療工作
（10）衛生應急辦公室
組織協調突發公共****、突發衛生事件應急處理工作，建立健全突發衛生事件監測預警和決策指揮體系；制定並組織實施突發公共****、突發衛生事件應急預案，組織開展應急培訓、演練和物資儲備等工作。指導各縣（市）區開展衛生應急工作；負責全市重要會議和大型活動的醫療衛生保障工作。會議和大型活動的全市醫療衛生保障工作；承擔市公共**** 衛生應急指揮部指揮中心日常工作。
（十壹）人事教育處
負責局機關和指導直屬單位的機構編制、人事管理等工作；負責局機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作；指導各醫療衛生單位的表彰工作；組織各類衛生專業技術人員資格評審和職稱評定工作；對衛生學校的教學工作進行業務指導；負責全市各類醫務人員繼續醫學教育工作。負責全市各類醫務人員醫學繼續教育工作；負責全市衛生系統醫療衛生科研管理工作，指導開展科研活動。
系統黨委辦公室
負責市直衛生系統黨委日常工作。
按照《黨章》規定設置的機關黨組織。