犯本罪的，處三年以下有期徒刑、拘役或者管制，並處或者單處罰金。嚴重損害患者健康的，處三年以上十年以下有期徒刑，並處罰金。致人死亡的，處十年以上有期徒刑，並處罰金。
為保護公民身體健康和生命安全，依法懲治非法行醫犯罪，最高人民法院發布《最高人民法院關於審理非法行醫刑事案件具體應用法律若幹問題的解釋》，自2008年5月9日起施行。
司法解釋進壹步明確了認定非法行醫罪的五種情形，並對刑法相關規定中造成“情節嚴重”和“嚴重危害患者健康”的情形作了詳細規定。
司法解釋規定，非法行醫的犯罪行為有五種:
1，未取得或者非法取得醫師資格從事醫療活動的；
2、個人未取得《醫療機構執業許可證》開辦醫療機構的；
3.醫師執業證書被依法吊銷期間從事醫療活動的；
4.未取得鄉村醫生執業證書從事鄉村醫療活動的；
5.家庭助產士執行除家庭分娩以外的醫療行為。
司法解釋還規定，有下列情形之壹的，應當認定為“情節嚴重”:
1，造成患者輕度殘疾，器官組織損傷導致壹般功能障礙；
2.造成甲類傳染病傳播、流行或者有傳播、流行危險的；
3、使用假藥、劣藥或不符合國家衛生標準的材料、醫療器械，足以嚴重危害人體健康的；
4.被衛生行政部門處罰兩次後非法行醫的；
5.其他嚴重情節。
有下列情形之壹的，應當認定為“嚴重損害患者健康”:
1，因器官組織損傷造成中度殘疾或嚴重功能障礙；
2、造成三級以上患者輕度殘疾，器官組織損傷導致壹般功能障礙。
司法解釋還規定，非法行醫罪構成生產、銷售假藥罪、生產、銷售劣藥罪、詐騙罪等罪的，依照刑法處罰較重的規定定罪處罰。