壹、證書用處不同。
1、執業藥師考試是人事考試中心負責，執業藥師也是國家承認證書，藥店等藥品經營單位須要執業藥師，所以執業藥師側重藥店等藥品經營單位工作，壹般不能作為應聘醫院的依據。
2、藥師又稱作藥劑師，是藥學專業技術職稱系列（包括藥士、藥師、主管藥師、副主任藥師和主任藥師）中的壹種，壹般多存在於藥品使用單位即醫療機構（醫院）中。
二、分類不同。
1、執業藥師是藥品行業某些崗位必備的準入資格，無初、中、高之分。
2、專業技術職稱有等級之分：藥師（初級）、主管藥師（中級）、副主任藥師（副高）、主任藥師（正高）。
三、報名考試地點不同。
1、考執業藥師去當地市屬人事局人才中心報名。
2、考藥劑師得去衛生局報名。
四、報考條件不同。
1、執業藥師報考條件
1）取得藥學、中藥學或相關專業中專學歷，從事藥學或中藥學專業工作滿7年。
2）取得藥學、中藥學或相關專業大專學歷，從事藥學或中藥學專業工作滿5年。
3）取得藥學、中藥學或相關專業大學本科學歷，從事藥學或中藥學專業工作滿3年。
4）取得藥學、中藥學或相關專業第二學士學位、研究生班畢業或取得碩士學位，從事藥學或中藥學專業工作滿1年。
5）取得藥學、中藥學或相關專業博士學位。
2、藥師報考條件
1）取得藥學、中藥學或相關專業中專學歷，從事藥學或中藥學專業工作滿七年。
2）取得藥學、中藥學或相關專業大專學歷，從事藥學或中藥學專業工作滿五年。
3）取得藥學、中藥學或相關專業大學本科學歷，從事藥學或中藥學專業工作滿三年。
4）取得藥學、中藥學或相關專業第二學士學位、研究生班畢業或取得碩士學位，從事藥學或中藥學專業工作滿壹年。
5）取得藥學、中藥學或相關專業博士學位。
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