1. 登錄國家藥品監督管理局網站，進入藥品經營許可證網上申請系統頁面。
2. 註冊賬號並登錄，填寫企業基本信息和聯系方式。
3. 選擇藥品經營類型，包括批發、零售、進口、生產等，填寫相關信息。
4. 上傳企業營業執照、稅務登記證、組織機構代碼證、法定代表人身份證等相關證件材料。
5. 填寫藥品經營場所信息，包括經營場所名稱、地址、面積等。
6. 填寫藥品經營人員信息，包括藥劑師、藥品銷售人員等。
7. 填寫藥品庫房信息，包括庫房名稱、地址、面積等。
8. 填寫藥品品種信息，包括藥品名稱、規格、批準文號等。
9. 提交申請並等待審核，審核通過後，藥品經營許可證將會通過郵寄或快遞的方式寄送給企業。
需要註意的是，藥品經營許可證的申請流程可能會因地區和類型的不同而略有差異，企業在申請前應仔細閱讀相關規定和要求。同時，藥品經營企業在經營過程中也需要遵守相關法律法規和規定，確保藥品的合法合規經營。
法律依據：
《藥品經營許可證管理辦法》第五條開辦藥品零售企業，應符合當地常住人口數量、地域、交通狀況和實際需要的要求，符合方便群眾購藥的原則，並符合以下設置規定：
（壹）具有保證所經營藥品質量的規章制度；
（二）具有依法經過資格認定的藥學技術人員；
經營處方藥、甲類非處方藥的藥品零售企業，必須配有執業藥師或者其他依法經過資格認定的藥學技術人員。質量負責人應有壹年以上（含壹年）藥品經營質量管理工作經驗。
經營乙類非處方藥的藥品零售企業，以及農村鄉鎮以下地區設立藥品零售企業的，應當按照《藥品管理法實施條例》第15條的規定配備業務人員，有條件的應當配備執業藥師。企業營業時間，以上人員應當在崗。
（三）企業、企業法定代表人、企業負責人、質量負責人無《藥品管理法》第75條、第82條規定情形的；
（四）具有與所經營藥品相適應的營業場所、設備、倉儲設施以及衛生環境。在超市等其他商業企業內設立零售藥店的，必須具有獨立的區域；
（五）具有能夠配備滿足當地消費者所需藥品的能力，並能保證24小時供應。藥品零售企業應備有的國家基本藥物品種數量由各省、自治區、直轄市食品藥品監督管理部門結合當地具體情況確定。
國家對經營麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、預防性生物制品另有規定的，從其規定。