基本醫療保險藥品目錄由甲類藥品目錄和乙類藥品目錄兩部分組成。
甲類藥品是指由國家統壹制定的、臨床治療必需，使用廣泛，療效好，同類藥物中價格低的藥物，使用這類藥物所發生的費用納入基本醫療保險基金給付範圍，按基本醫療保險辦法的規定支付費用。乙類藥品是指基本醫療保險基金有能力部分支付費用的藥物，使用這類藥品產生的費用先由職工自付壹定比例的費用後，再納入基本醫療保險基金給付範圍，並按基本醫療保險的規定支付費用。
甲類藥廣泛應用於同壹類藥物，療效好，價格低廉，使用這些藥品所發生的費用，應當列入基本醫療保險基金的繳費範圍，並按照基本醫療保險辦法的規定繳納，100%的甲類藥品按報銷比例報銷。
甲類、乙類報銷：
甲類藥品100%按照報銷比例報銷。乙類要自付壹部分，報銷壹部分，具體的報銷比例根據各地政策和具體藥品而有所不同。要註意的是，進入基本醫療費的部分，在高於基本醫療費用起付標準後，才按照規定比例和標準報銷。
甲、乙類上櫃為紅色，乙類上櫃為綠色，甲、乙類藥品在醫療保險範圍內。《非處方藥管理辦法》中的甲類藥品必須在藥房銷售。乙類藥品不僅可以在藥店銷售，還可以在壹般商業企業和其他場所銷售。但是，必須經當地市級以上藥品監督管理部門核準登記，並按要求發給乙類上櫃藥品準銷售標誌。醫療保險目錄按照國家基本藥物目錄進行篩選。甲、乙類按療效價比確定。也就是說，療效肯定、成本低的，不自理，列入甲級。B類基本上有自付比例，由不同地區決定。地方勞動和社會保障局有權調整B類醫療保險品種。進出口總額控制在品種數量的15%以內，各地無權調整A類醫療保險品種。
在門診使用時，可使用卡上的醫療保險個人賬戶支付。在醫院、乙類藥品和其他乙類費用中使用時，被保險人結算時，乙類先承擔其自身費用的10%，再與甲類費用壹起計算基本醫療費用，並與超過醫院基本費用的部分壹起享受全額支付的比例。簡單地說，當B類費用住院時，他們自己支付更多。醫療保險住院報銷-不包括個人支出，B類費用在支付10%的費用後，如果超過閾值費用，可以報銷80%以上。不是預付現金，而是在指定的醫療保險醫院住院。