新型農村合作醫療試點工作開展以來，各地認識明確，組織有力，工作紮實，穩步推進，取得了明顯成效，受到了廣大農民的歡迎，為探索新形勢下做好農民醫療保障工作、逐步完善新型農村合作醫療制度積累了經驗。根據國務院第101次常務會議和2005年全國新型農村合作醫療試點工作會議精神，從2006年起，將調整有關政策，加大力度，加快進度，積極推進新型農村合作醫療試點工作。現就有關問題通知如下：
壹、高度重視試點工作。高度重視新型農村合作醫療試點工作
建立新型農村合作醫療制度，是從我國的基本國情出發，解決農民看病難問題的壹項重大舉措，對於提高農民健康水平，緩解農民因病致貧、因病返貧，統籌城鄉發展，實現全面建設小康社會的奮鬥目標具有重要作用。各有關部門要從執政為民、以人為本、構建和諧社會的高度，充分認識開展新型農村合作醫療試點工作的重大意義，按照國務院的部署和要求，統壹思想，明確目標，精心組織，紮實工作，把這件惠及廣大農民群眾的大事抓緊、抓好、抓出成效。各省（區、市）有關部門要認真組織開展調查研究，完善試點方案，規範運行機制，形成2至3個比較成熟的試點模式，為今後推廣工作提供借鑒。
二、明確擴大試點的目標和要求
各省（區、市）要在認真總結試點經驗的基礎上，加大工作力度，完善相關政策，擴大新型農村合作醫療試點。2006 年，全國試點縣（市、區）數達到全國縣（市、區）總數的 40%左右；2007 年擴大到 60%左右；2008 年，在全國基本實施；2010 年，實現新型農村合作醫療制度基本覆蓋農村居民的目標。東部地區可在規範管理的基礎上加快推進步伐，有條件的地區可探索多種形式的農村醫療保障。在推進試點工作中，各地區要貫徹自願、互助、公開、服務的原則，堅持農民以家庭為單位自願參加，不搞強迫命令；堅持合作醫療制度的互助****財政性質，動員農民****共同抵禦疾病風險；堅持公開、公平、公正，規範操作，加強監督；堅持便民利民，真正讓農民受益。
三、加大中央和地方財政支持力度
為體現黨和政府對農民健康的關心，提高農民受益水平，引導農民踴躍參加，從2006年起，中央財政對中西部地區除市區以外參加新型農村合作醫療的農民由每人每年補助10元提高到20元，地方財政也要相應增加10元。財政確有困難的省（區、市），可在2006年和2007年分別增加補助5元，兩年內落實到位。地方財政增加的合作醫療補助資金，應主要由省級財政承擔，原則上不占省、市、縣平均分成比例，不能增加困難縣的財政負擔。農民個人繳費標準暫不提高。同時，將中西部地區農業人口占總人口比重高於70%的市轄區和遼寧、江蘇、浙江、福建、山東、廣東六省的試點縣（市、區）納入中央財政補助範圍。中央財政對遼寧、江蘇、浙江、福建、山東和廣東省按照中西部地區壹定比例的補助標準安排補助資金。各級財政部門要認真落實新型農村合作醫療補助資金，在年初預算中足額安排，並及時撥付到位，為新型農村合作醫療的順利實施提供必要的資金保障。
四、不斷完善合作醫療籌資和監管機制
各地要認真總結試點單位好的做法，積極探索農民個人繳費方式，充分發揮基層組織的作用，建立穩定的籌資機制。如農民個人自願，經村民代表大會討論同意，村民自治組織可代表村民收取農民個人繳費。要加強基金管理，做到專戶儲存、專款專用，嚴格實行基金封閉運行，確保合作醫療基金和利息全部用於參合農民的醫療補助。要建立健全既方便農民又便於監督的合作醫療審核報銷辦法，實行基金使用管理縣、鄉、村三級公示制度，把合作醫療報銷作為村務公開的重要內容，探索農民參與監督、民主管理的長效機制，確保農民的知情權和監督權。要加強合作醫療基金管理使用情況專項審計，發現問題，及時整改。
五．科學合理制定和調整農民醫藥費用補償方案
隨著試點數量的增加和政府補助水平的提高，各地要在分析總結合作醫療制度和基金運行情況的基礎上，認真測算，科學制定和調整農民醫藥費用補償方案。方案的制定和調整應把握以下原則：壹是合作醫療基金要在建立風險基金的基礎上，堅持做到收支平衡，略有結余；二是新增中央和地方財政補助資金要主要用於大病統籌基金，也可適當用於小額醫療費用補助，提高合作醫療補助水平；
三是補償方案要統籌兼顧，相鄰縣之間差距不宜過大；四是補償方案調整從新年度開始實施，保持政策的連續性和穩定性。
六是加強合作醫療管理能力建設
試點縣（市、區）要加強經辦機構的建設和管理。要按照規定解決合作醫療經辦機構編制，同時支持保險公司參與試點合作醫療業務服務。要按照新型農村合作醫療試點的基本原則和政策要求，明確政府有關部門、經辦機構（保險公司）和定點醫療機構的權利和義務，維護參合農民的合法權益，為農民提供方便和良好的服務。要繼續加強對合作醫療管理人員和經辦人員的政策和業務培訓，提高合作醫療管理能力。要加快合作醫療信息化建設，逐步實現網上審核報銷、監管和信息傳輸，加強規範化管理。試點縣（市、區）財政部門要將管理機構的人員經費和工作經費納入年度財政預算，確保不從合作醫療基金中提取。地方各級人民政府要為新增試點縣（市、區）提供適當的啟動資金。中央財政通過專項轉移支付支持中西部地區試點工作。