1959年5月29日，經衢化黨委批準成立衛生處和職工醫院（二塊牌子，壹套班子），醫院下設辦公室、內科、外科、總務科、工衛科等六個科室，職工總數為50人，黨員13人，劉文秀為衛生處處長兼醫院院長。院址設在衢化集體宿舍2號樓，形成了醫院的雛形，時稱衢州化工廠職工醫院。
1964年4月，醫院遷至現址。當時有床位80多張，職工152人。由於醫院醫護人員少，設備簡陋，主要承擔常見病多發病的防治工作。
1966年底，院職工增至200人，黨員35人，胡海南為黨支部書記。醫院床位也增至180張，下設內科、外科、婦產科、藥房等科室、以及廠區多個保健站，同年成立了衛生防疫科，隸屬衛生處。整個衛生醫療系統已初具規模。在搶救大面積燒傷和急性中毒方面取得了顯著成績。該醫療項目被列為省重大科技成果展出。 “文革”開始後，黨政組織受到了沖擊，處於癱瘓狀態。醫院成為武鬥據點壹年多，建築、設備遭受嚴重的破壞，醫療器械、藥品大量損壞和丟失，盡管如此，大部分醫護人員仍堅守崗位救死扶傷，堅持為職工服務。
1968年9月，衢化革委會批準成立醫院革委會，任命胡海南為革委會主任，俎憲章為革委會第壹副主任，程同祥、吳新亮為革委會副主任。1973年10月，省衛生廳批準醫院為二級綜合性醫院。
（四）撤消院革委會，恢復衛生處（職工醫院）
1978年，衢化黨委批準，撤消醫院革委會，恢復衛生處，下設職工醫院（科級建制）、療養所。馬常榮任衛生處黨委總支書記，劉秀文、俎憲章、楊其禹任副書記；劉秀文任衛生處處長，任中原、俎憲章任副處長。
1981年6月，衢化黨委批準，衛生處與職工醫院分開建制，處、院相對獨立，各司其職。衛生處隸屬廠部機關，主要負責防疫、環衛、計劃生育等工作，劉文秀為衛生處處長，俎憲章為副處長，程立中為黨支部書記。職工醫院負責醫療工作，陳星曙為黨總支書記，楊其禹為副書記；任中原、馬元章、劉永仁為副院長，任中原主持工作。 1983年4月，衢化黨委批準，處院合並，實行三塊牌子（衛生處、職工醫院、職防所），壹套班子的體制。黨總支書記由陳行代理，副書記陳瑞田；院長宋燧，副院長吳召南、俎憲章、周躍慶。1983年醫院被評為省級先進醫院。
1984年8月，衢化工廠改名為衢州化學工業公司，實行經理負責制。衢化職工醫院改名衢化公司職工醫院。1985年3月職工醫院實行院長負責制。同時衢化公司經理王大森聘任吳召南為院長，俎憲章、周躍慶為副院長。1986年3月聘任宋燧為副院長。
1987年1月，衢化公司經理王大森聘任宋燧為院長，俎憲章、陳瑞田為副院長，同年7月聘任童渭金為副院長。 隨著我國改革開放的不斷深入，醫院也逐步步入市場化軌道。
1990年11月，引進安裝Decta-50FSCT壹臺並投入使用（浙西醫院第壹家）；當年在“優質醫療、優質服務”活動中被評為浙江省、衢州市最佳醫院。
1992年1月，中***衢化公司職工醫院第二次黨員大會在醫院召開，大會選舉產生中***衢化公司職工醫院第二屆委員會，吳維雲任書記。1992年 月浙江省石化廳批準同意衢化公司職防所成立“化工急救中心”和“勞動環境監測中心”；《特大面積氯磺酸燒傷伴重度吸入性損傷搶救技術》獲浙江省科技進步優秀獎，衢州市科技進步二等獎。
1992年11月，衢州化學工業公司經國家經貿委批準，更名為巨化集團公司。1993年8月11日，巨化集團公司電化廠發生氯氣泄漏，醫院***收住中毒和吸入病人207人，張啟楣副省長率衛生廳副廳長喻華芝、醫政處長沈世弘親臨現場組織、指導搶救工作，浙壹醫院、省人民醫院、金華市中心醫院派出三個專家分隊來巨化參加援救。經二十多天搶救，病人全部痊愈出院，搶救成功率為100%。
1994年3月中***巨化集團公司委員會任命戴念危為黨委書記；9月行政領導班子調整，盛步南任副院長（主持工作）、職防所副所長、衛生處副處長。
1995年6月通過省衛生廳二級甲等醫院驗收；8月25日通過國家愛嬰醫院驗收。
1996年巨化勞資[1996]333號文件批準撤消衛生處。巨化集團公司計劃生育委員會辦公室、公司愛國衛生運動委員會辦公室劃轉到巨化生活委，衛生處其它職能由職工醫院承擔。
1997年8月20日巨化集團公司任命顏哲仁、楊順江為職工醫院副院長；12月28日經衛生廳批準為浙江省高等醫學院校教學醫院。
1999年4月12日巨化編制[1991]101號文件恢復巨化集團公司衛生處建制，與職工醫院和職業病防治所實行三塊牌子、壹套班子合署辦公，盛步南為衛生處處長。1999年3月20日，浙衛發[1999]140號文件授予巨化職工醫院為省級文明醫院稱號；12月18日醫院綜合住院大樓開工。
2000年6月16日核磁***振（MRI）、數字減影血管造影機（DSA）、體外沖擊波碎石機投入使用。 2001年2月20日浙衛發[2001]37號文件批準，醫院更名為浙江衢化醫院，4月12日經巨化集團公司同意正式啟用；4月1日醫院臨床科室統壹冠名,腫瘤內科和神經內科獨立病區成立；6月16日醫院住院大樓正式啟用；9月30日建築面積15780平方米的7層門診綜合樓開工。
2002年1月25日，中***巨化集團公司委員會任命顏哲仁為黨委副書記（主持工作），7月12日在上海長海醫院指導下，開展了第壹例心臟直視手術；10月25日第壹例腎移植獲成功；10月11日醫院新門診大樓正式啟用。
2003年10月巨化集團公司總經理聘任邵誌華為副院長（主持工作）。
2004年4月醫院榮獲“浙江省價格計量信得過單位”；7月成立顧客服務中心；11月巨化集團公司任命邵誌華為院長，中***巨化集團公司委員會任命謝珂為黨委副書記（主持工作）；12月醫院被評為“省級綠色醫院”。
2005年8月醫院更新引進1.5T核磁***振及16排螺旋CT；9月衢化醫院形象識別系統投入使用；10月神經內科、眼科被評為衢州市重點學科。
2006年1月中***巨化集團公司委員會任命謝珂為黨委書記，職業病科通過省級評審,成為衢州市首家具有職業健康檢查和職業病診斷資質的醫療機構；3月，巨化集團公司授予醫院“十五”重才愛才先進單位；2006年衢化醫院成立腎內科，並與廣州軍區廣州總醫院腎移植治療中心合作成立浙西協作中心。
2007年7月，醫院率先在浙西地區推出了單病種收費服務，切實有效緩解了群眾“看病難、看病貴”的問題。9月，引進數字減影血管造影系統（800MADSA），並正式投入使用。9月18日，省衛生廳批準燒傷外科學為浙江省第四批醫學重點建設學科,是衢州市唯壹的省重點學科；職業病學（化學中毒）為浙江省第四批醫學扶植重點建設學科；化學燒傷實驗室列入衢州市重點實驗室建設計劃，成為市衛生系統首家列入該計劃的實驗室。
2008年1月，醫院啟動數字化醫院建設工作。3月，成為浙二醫院的協作醫院並建立了可視遠程會診中心；5月1日，醫院聘請22位全國知名醫院的著名專家為我院的特聘專家，並於5月1日成功在院內舉辦了特聘專家大型義診活動；12月份，腫瘤內科、心血管內科被評為衢州市重點學科。
2009年初，醫院順利通過了浙江省“平安醫院”創建活動檢查組對我院創建 “平安醫院”活動情況的檢查。2009年5月，以院慶50周年為契機，開展了主題為“情系醫院，情融百姓”的院慶系列活動，通過組織科普進社區講座活動、大型下鄉義診活動、院內特聘專家義診活動、召開浙西腎友會、護理人員走進養老院、成立醫療救助基金、組建流動血庫——誌願者急救獻血隊、推出醫療服務便民惠民新舉措等大型健康服務公益行動樹立醫院“以患為本”的社會形象；通過舉辦科級幹部培訓班、百家醫院公益講壇提升幹部的管理能力和員工的服務溝通技巧；通過召開老幹部座談會、社會監督員會議找出管理差距，不斷完善服務；通過舉辦“第三屆長三角化學傷害救治研討會”暨“急性化學損傷應急救援與臨床救治”繼續教育學習班、組織醫護人員參加由浙江省安全生產監督管理局、衢州市政府與巨化集團公司聯合舉行的化學事故應急救援演習，進壹步提升我院急性化學損傷應急救援與臨床救治能力；通過舉辦趣味運動會、文藝晚會豐富員工的業余生活。並通過在衢州日報、衢州晚報、農家報、巨化報和醫院內外網站等媒體及時報道院慶活動內容和展示醫院十年成果，對內激發員工對醫院的歸屬感和榮譽感，對外樹立醫院積極向上的健康形象。
2010年醫院通過“解放思想、轉型升級、創新發展”大討論活動，不斷轉變思想觀念和行為理念，以創建三級乙等醫院為主線，通過深化“醫療安全百日行動”和推進“醫療質量萬裏行”活動，保障醫療安全，持續改進醫療服務質量。10月份，醫院開展以“提高護理質量、提升護理服務水平”為目標的優質護理示範工程活動，提升了護理服務內涵，患者滿意度明顯增強。
接下來，醫院將全面實施“3+1”學科建設攀登工程，以3年為1個建設周期，使腫瘤中心、心臟（血管）中心、微創中心的總體水平達到國內先進水平，災害醫學救治中心學科群達到省內先進水平。
在“我用心，您放心”服務理念的倡導下，衢化醫院全體員工正以開拓進取，團結協作的精神，全面創新發展模式和品牌戰略，不斷提升醫院的核心競爭力，努力打造讓患者看病放心、治療放心、用藥放心的“放心醫院”。